При случае Толстой готов был предупредить князя о грозившей тому опасности, например о попытке Речи Посполитой лишить его земельных владений: «Король и Речь Посполитая намерены начать противное делать как о чине, так и о маетностях вашей светлости».
Самая серьезная опасность подстерегала Меншикова, когда он присвоил себе город Почеп на Украине и его обширную округу. Это дело в 1718–1719 годах еще не привлекло внимания царя, но князь, с порога отвергавший все выдвинутые против него обвинения, все же полагал, что ему несдобровать, если расследование возьмет в свои руки царь. Именно поэтому Меншиков лихорадочно спешил закрыть почепское дело, используя ходатайства множества людей, в том числе и Толстого. Петр Андреевич не заставил себя уговаривать. «Получил я вашей светлости письмо от господина Писарева о известном деле», — извещал он Меншикова. Под «известным делом» подразумевалось почепское дело. Тут же высказана готовность порадеть: «Буду трудиться по изволению вашей светлости колико возможность будет». Из последующих писем Толстого явствует, что речь шла об отправке межевщиком почепских земель Ивана Мякинина.
Расследование почепского дела, как и финансовых злоупотреблений князя, затянулось на многие годы. Положение Меншикова Петр Андреевич не считал безнадежным. Во всяком случае полагал, что время работает на светлейшего, и ему остается лишь вооружиться терпением: «Прошу вас, мой государь, употребить на несколько времени терпения, а я уповаю, что со временем все изправится в вашу пользу».
Письма Толстого интересовали Меншикова еще с одной стороны. Когда царь и царица находились не в столице, именно от Толстого светлейший получал информацию о состоянии их здоровья. Меншикову было лучше, чем другим, известно, что ни Петр, ни Екатерина не отличались хорошим здоровьем. Не хуже он знал и другое — все, что он имел: богатство, чины и должности — было получено от царя. Случись с ним беда — не миновать беды и светлейшему. Смерть царицы тоже страшила Меншикова, правда, меньше — в этом случае он лишился бы своей заступницы, не раз смягчавшей удары петровской дубинки. Поэтому князя настораживали письма Толстого, отправленные из Копенгагена, Амстердама или Парижа с известиями о болезни царя или царицы.
Не могло не вызвать тревоги у Александра Даниловича письмо Толстого из Амстердама от 18 января 1717 года с сообщением, что царица после родов продолжала жить в Везеле, «понеже от родимой болезни еще не в совершенном здравии. К тому ж, государь, и печаль о кончине государя-царевича Павла Петровича еще свежа в памяти». Нездоровилось и Петру, причем недомогание у него, как и у супруги, носило затяжной характер. 5 февраля Толстой писал: «Его царское величество, как и государыня царица, приходят в доброе здравие». «Приходят», но еще не пришли, то есть полное выздоровление не наступило. Лишь 17 января царь впервые вышел из покоев, о чем Толстой поспешил уведомить своего корреспондента: «Его царское величество вчерашнего числа изволил из квартиры своей впервые выттить во Адмиралтейство здешнее». Чувство тревоги оставило Меншикова лишь после утешительных сведений, полученных от Толстого из Спа, где в июле царь принимал воды: «Здешняя вода немалую пользу здравию его величества приносит».
Примерно с 1722 года наступает охлаждение в отношениях между Толстым и Меншиковым. Скорее всего, это было вызвано почепским делом. Толстой, как и другие вельможи, полагал, что Александр Данилович глубоко увяз и теперь ему не выкарабкаться, падение фаворита — дело недалекого будущего.
Свидетельством утраты прежней близости могут служить письма Толстого к Меншикову из Каспийского похода царя, в котором участвовал и Петр Андреевич. Они резко отличаются от писем, отправленных Толстым в 1716–1717 годах из Амстердама, Гааги и Парижа, насыщенных сведениями, столь необходимыми адресату. Теперь сведения о событиях, свидетелем или участником которых был находившийся на юге Толстой, полностью отсутствовали. Письма 1722 года можно, скорее всего, отнести к письмам вежливости, холодным и пустым по содержанию.