К тому времени русским уже не нужна была помощь. Екатерина понимала, что, если Россия подавит восстание без чьей-либо помощи, она одна будет диктовать условия. Она поручила Румянцеву общее руководство войсками в Польше, а Суворову – тактическое командование. 10 октября Суворов победил Костюшко в битве, во время которой тринадцать тысяч русских одержали верх над семью тысячами поляков. Костюшко был тяжело ранен, взят в плен и отправлен в Санкт-Петербург, где его поместили в крепость Шлиссельбург. Затем Суворов отправился к Праге – укрепленному форштадту, находившемуся на другом берегу реки Висла в предместьях Варшавы.
Перед началом атаки Суворов напомнил солдатам об апрельской резне русского гарнизона в Варшаве. Войска выступили на рассвете. «Три часа спустя, – отчитывался Суворов, – вся Прага была усеяна телами, кровь лилась потоками». Численность убитых по разным источникам колебалась от двенадцати до двадцати тысяч. Русские позже заявили, что Суворов не смог сдержать своих солдат, которые жаждали мести за своих убитых весной товарищей, однако этот аргумент не мог оправдать убийства женщин, детей, священников и монахов. Суворов, таким образом, сделал предупреждение Варшаве: если они не сдадутся, то город постигнет участь Праги. Варшава немедленно капитулировала, и вооруженному сопротивлению в Польше пришел конец.
Екатерина объявила Костюшко агентом революционного экстремизма, она считала, что он состоял в переписке с Робеспьером. Именно в такой обстановке Екатерина и ее канцлер решали, как в дальнейшем поступить с поверженной Польшей. Они пришли к согласию, что поскольку якобинство по-прежнему угрожало России, было бы неправильно допустить существование польского правительства. Безбородко настаивал на том, что предыдущие столетия доказали невозможность мирного сосуществования с поляками; они всегда будут поддерживать врагов России, будь то Турция, Пруссия, Швеция или кто-либо еще. Подобное буферное государство могло представлять угрозу для России. Консул предлагал поступить с Польшей как с поверженным врагом: все польские регалии, флаги и государственный герб, а также содержимое архивов и библиотек было собрано и отправлено в Россию. Суворова назначили командующим русскими войсками в Польше.
Следующим этапом было установление договоренности о новом разделе территории Польши. Екатерина предпочла бы присоединить всю оставшуюся территорию Польши к России, но она знала, что Пруссия и Австрия этого не примут. Поэтому она предложила третий и финальный раздел Польши. Австрия колебалась, предлагая вернуть статус кво с наблюдением со стороны. Пруссия приветствовала раздел, либо полный, либо с сохранением маленького, незначительного буферного государства между странами-разделителями. Предложение Екатерины оказалось самым экстремальным: она хотела разделить оставшуюся территорию Польши и, таким образом, стереть с карты своего опасного соседа. Ее предложение было принято.
2 января 1795 года Россия и Австрия согласились на третий и финальный раздел Польши. Пруссия все еще вела войну с Францией, поэтому ей сообщили, что желаемую территорию она сможет забрать, когда будет готова это сделать. 5 мая Пруссия подписала мирный договор с революционной Францией и заняла причитавшийся ей кусок Польши. Россия получила Курляндию, оставшуюся часть Литвы, а также оставшуюся часть Белоруссии и Западной Украины. Пруссия забрала Варшаву и территорию к востоку от Вислы. Австрия взяла Краков, Люблин и Западную Галицию. После этого Екатерина не раз повторяла, что она не взяла себе «ни одного поляка», а просто вернула древние русские и литовские земли, населенные православными людьми, которые «теперь воссоединились со своей родиной – Россией».