Пугачёвский мятеж подняли яицкие казаки, недовольные переменами в их казацком быту. В 1773 г. донской казак Емельян Пугачёв принял имя Петра III и поднял знамя бунта. Екатерина поручила усмирение мятежа Бибикову, который сразу понял сущность дела; важен не Пугачёв, сказал он, важно общее неудовольствие. К яицким казакам и к бунтовавшим крестьянам присоединились башкиры, калмыки, киргизы. Бибиков, распоряжаясь из Казани, двинул со всех сторон отряды в места более опасные; князь Голицын освободил Оренбург, Михельсон – Уфу, Мансуров – Яицкий городок. В начале 1774 г. бунт стал утихать, но Бибиков умер от изнеможения и мятеж разгорелся вновь: Пугачёв овладел Казанью и перебросился на правый берег Волги. Место Бибикова занял граф П. Панин, но не заменил его. Михельсон разбил Пугачёва под Арзамасом и загородил ему путь к Москве, Пугачёв бросился на Юг, взял Пензу, Петровск, Саратов и везде вешал дворян. Из Саратова он двинулся к Царицыну, но был отбит и под Чёрным Яром снова был разбит Михельсоном. Когда к войску прибыл Суворов, самозванец чуть держался и был вскоре выдан своими сообщниками. В январе 1775 г. Пугачёв был казнён в Москве.
С 1775 г. возобновилась законодательная деятельность Екатерины II, вполне, впрочем, и перед тем не прекращавшаяся. Так, в 1768 г. упразднены были коммерческий и дворянский банки и учреждён так называемый ассигнационный или разменный банк. В 1775 г. прекращено было существование Запорожской Сечи, и без того клонившейся к падению. В том же 1775 г. начато преобразование провинциального управления. Издано было учреждение для управления губерниями, которое вводилось целых двадцать лет: в 1775 г. оно началось с Тверской губернии и кончилось в 1796 г. учреждением Виленской губернии. Таким образом, реформа провинциального управления, начатая Петром Великим, выведена была Екатериной из хаотического состояния и закончена ею. В 1776 г. она повелела в прошениях слово р а б заменить словом в е р н о п о д д а н н ы й.
К концу первой турецкой войны получил особенно важное значение Потёмкин, стремившийся к великим делам. Вместе со своим сотрудником Безбородко он составил проект, известный под названием греческого. Грандиозность этого проекта – разрушив Оттоманскую Порту, восстановить Греческую империю, на престол которой возвести Константина Павловича – понравилась Екатерине. Противник влияния и планов Потёмкина, граф Н. Панин, воспитатель цесаревича Павла и президент коллегии иностранных дел, чтобы отвлечь императрицу от греческого проекта, поднёс ей в 1780 г. проект вооружённого нейтралитета. Вооружённый нейтралитет имел целью оказать покровительство торговле нейтральных государств во время войны и направлен был против Англии, что было невыгодно для планов Потёмкина. Преследуя свой широкий и бесполезный для России план, Потёмкин подготовил крайне полезное и необходимое для России дело – присоединение Крыма.
В Крыму, с признания его независимости, волновались две партии – русская и турецкая. Их борьба дала повод занять Крым и Кубанскую область. Манифестом 1783 г. объявлено присоединение Крыма и Кубанской области к России. Последний хан Шагин-Гирей отправлен был в Воронеж; Крым переименован в Таврическую губернию; набеги крымцев прекратились. Предполагают, что вследствие набегов крымцев Великая и Малая Россия и часть Польши с XV в. до 1783 г. лишилась от трёх до четырёх миллионов народонаселения: пленников обращали в рабов, пленницы наполняли гаремы или становились, как рабыни, в ряды женской прислуги. В Константинополе у мамелюков кормилицы, няньки были русские. В XVI, XVII и даже в XVIII вв. Венеция и Франция употребляли закованных в кандалы русских рабов, купленных на рынках Леванта, в качестве работников на галерах. Благочестивый Людовик XIV старался только о том, чтобы эти рабы не оставались схизматиками. Присоединение Крыма положило конец позорной торговле русскими рабами. Вслед за тем Ираклий II, царь Грузии, признал протекторат России.