Императрица, торжествуя победу, все же чувствовала себя неловко. Это видно из ее письма к Вольтеру, в котором Екатерина пыталась изобразить себя в более благородном свете, а митрополита, наоборот, — в неприглядном, представив дело так, будто бы он воскрешает идею Никона о двоевластии. Екатерина извещала Вольтера, что Арсений, «фанатик, виновный в замысле, противном как православной вере, так и верховной власти, лишен сана и священства и передан в руки светского начальства. Я простила его, удовольствовавшись тем, что перевела его в монашеское звание». В этой информации множество неточностей — императрица зря приписала Арсению претензии на двоевластие и скрыла от фернейского мудреца факт ссылки митрополита в отдаленный монастырь, где больной старец должен был выполнять тяжелые работы.
Пребывание в монастыре на скудной монашеской пище, а также суровый режим, при котором ему разрешались прогулки лишь в сопровождении четверых солдат, не лучшим образом повлияли на строптивый характер Арсения. Вместо смирения он проявлял непослушание и раздражительность, в особенности после того, как до него донеслись слухи из столицы о двух важных событиях: о секуляризации церковных имений и о гибели Иоанна Антоновича. Арсений откровенно выражал свой протест в разговоре с караульными солдатами, говаривал им об Иоанне Антоновиче, что «невинно он смерть получил». Иногда монастырское начальство разрешало Арсению произносить проповеди, и тогда с амвона звучали обличительные слова. Все разговоры сходили ему с рук, пока в 1767 году протодиакон Иосиф Лебедев не настрочил донос в губернскую канцелярию. Об этом доносе стало известно Екатерине, и Арсений вновь привлек ее пристальное внимание. Непосредственное наблюдение за ходом следствия она поручила генерал-прокурору А. А. Вяземскому. В итоге Архангелогородская канцелярия получила указ, по которому поведению ссыльного дана была политическая оценка. Меру наказания определила сама императрица: она повелела лишить Арсения монашеского звания, облачить его в мужицкую одежду, назвать Андреем Вралем, переменить место ссылки и ужесточить режим содержания. Андрея Враля надлежало перевести в Ревель, лишив возможности общения с кем бы то ни было. Караульными были назначены солдаты, не знавшие русского языка.
Императрица понимала, что дело Арсения не украшает первые годы ее правления, и поэтому позаботилась о том, чтобы события в ее интерпретации стали достоянием не только Вольтера, но и просвещенной части французского общества. С этой целью, конечно же не без ведома Екатерины, была составлена статья о деле Мацеевича, переведенная на французский и предназначавшаяся для опубликования в газетах. Статья начинается с торжественной декларации, в которой сообщалось, что нет более милосердного и великодушного монарха, чем Екатерина, проявившая снисходительность к преступнику, выступившему «как против человеческих, так и против божественных законов». Далее следовало краткое изложение событий, к которым был причастен Мацеевич, причем без искажения. Екатерина, ознакомившись с содержанием статьи, наложила резолюцию: «Опробуется».
20 декабря 1767 года в губернской канцелярии состоялось расстрижение монаха Арсения. Сани с Андреем Вралем сопровождали два сменявших один другого офицера, каждому из которых вручалась инструкция: первый должен был везти его от Архангельска до Вологды, второй — от Вологды до Ревеля. Третья инструкция предназначалась ревельскому коменданту Тизенгаузену. О значении, придаваемом Екатериной ревельскому узнику, свидетельствует ее собственноручная записка коменданту: «У вас в крепкой клетке есть важная птичка, береги, чтоб не улетела».
Не обделен был вниманием императрицы Андрей Враль и в последующие годы. В 1769 году Тизенгаузена на посту коменданта Ревеля сменил Бенкендорф. В этой связи Екатерина отправила генерал-прокурору Вяземскому записку: «Не изволишь ли писать к нему (Бенкендорфу. — Н. П.), чтобы он за Вралем имел смотрение такое, как Тизенгаузен имел, а то боюсь, чтоб не бывши ему поручен, Враль не заводил в междуцарствии свои какие ни на есть штуки, и чтоб не стали слабее за сим зверком смотреть, а то нам от того не выливались новые хлопоты».