Насколько обоснованны опасения Екатерины? Действительно ли протест Арсения представлял серьезную угрозу светской власти. И в самом ли деле Екатерина должна была предпринять решительные меры, чтобы пресечь нависшую опасность? На поставленные вопросы можно дать отрицательный ответ: сорвать секуляризационные планы императрицы Мацеевич не мог, и это та прекрасно понимала. И если императрица уготовила бунтарю суровую кару, то эта ее акция, скорее всего, имела личную подоплеку: резкие и нелестные о ней отзывы, высказанные им еще в 1762 году. Во время второго следствия над Арсением в 1767 году доносчик писал: «Монах де Арсений говаривал слова такие: „ее да величество наша неприродная, и она де нетвердая в законе нашем и не надлежало де ей Российского престола принимать, а следовало Ивану Антоновичу, или лучше бы было, кабы ее величество за него вступила в супружество“.» Екатерина против этого текста сбоку написала: «Сии слова Арсений говорил и в 1762 году капитану Дурново, когда сей последний приезжал его брать в Синод, и так Алексеевский то не выдумал». Слова Арсения, как видим, столь глубоко задевали Екатерину, что она их помнила и пять лет спустя.
Обрушившиеся на Арсения кары осуществлялись в годы, когда императрица усердно сочиняла свой «Наказ» и созывала Уложенную комиссию. Идеи «Наказа» резко контрастировали с жестокостью, проявленной императрицей по отношению к Арсению. Поведение Екатерины кажется странным еще и потому, что Арсений до 1767 года наивно полагал, что ей неведомы подлинные его доводы против секуляризации, что она пользовалась донесениями Синода и вельмож, намеренно искажавшими его мысли, и что стоило ей почитать его подлинные донесения, как она проникнется его, Мацеевича, идеями и отменит секуляризацию.
Третье следственное дело связано с волнениями приписанных к уральским заводам государственных крестьян. Специфика этого следствия состояла в том, что следователи не ограничивались только дознанием, выявлением зачинщиков, но прибегали и к использованию воинских команд, вооруженных, помимо стрелкового оружия, еще и пушками.
Волнения начались в середине 50-х годов, вскоре после передачи казенных заводов вельможам, то есть задолго до вступления на престол Екатерины II. Они были вызваны хищнической эксплуатацией крестьян новыми владельцами. В погоне за барышами вельможи обременяли крестьян непомерно высокими нормами повала леса и жжения древесного угля: они считали для себя невыгодным использовать наемных работников, поскольку установленная казной еще в 1724 году оплата труда приписных крестьян была в три-четыре раза ниже рыночной.
Приводить крестьян в повиновение Екатерина поручила генерал-квартирмейстеру Александру Алексеевичу Вяземскому. В декабре 1762 года была составлена инструкция, которая разъясняла, как ему надлежит действовать. Первым делом Вяземский должен был привести заводских крестьян к послушанию, то есть принудить их выполнять возложенные на них повинности, и только после этого заняться выяснением причин, вызвавших их недовольство. Ведя следствие, Вяземский должен был опираться на жалобы обеих сторон, исследовать их «беспристрастно», ибо, говорилось в инструкции, «как крестьянская продерзость всегда вредна, так и человеколюбие наше терпеть не может, чтоб порабощали крестьян выше мер человеческих, особенно с мучительством». Вяземскому, располагавшему воинской командой, было предоставлено право чинить суд и расправу не только над зачинщиками волнений, но и над приказчиками, отличавшимися жестоким обращением с крестьянами. При наказании приказчиков «надобно брать предосторожность, чтоб крестьяне не возмечтали, что их начальники и тогда должны их бояться, когда им не нравится и правильная работа». В случае, если крестьяне будут продолжать упорствовать, в них разрешалось стрелять.
Кроме того, Вяземскому вменялось в обязанность изучение состояния уральских заводов, их оборудования, производительности, обеспеченности рабочей силой. Ему также поручалось дать аргументированный ответ на вопросы, не целесообразнее ли отказаться от использования труда приписных крестьян и заменить его вольнонаемным и не следует ли все казенные заводы передать в частные руки.
За выполнение поручения Вяземский и сменивший его генерал Александр Ильич Бибиков заслужили похвалу императрицы. Оба они действовали жестоко, оставляя кровавый след в приписных деревнях. По свидетельству Екатерины, генералы, унимая непокорных, «не единожды принуждены были употребить против них оружие и даже до пушек».