Екатерина, разумеется, не взяла сторону архитектора против наследника своего престола: она слишком высоко ставила для этого престиж своего сына и царского достоинства. Но это столкновение само по себе не могло не произвести на нее тяжелого впечатления: она еще более укрепилась во мнении, что ее сын и наследник не умеет обходиться с людьми. Ее письма к нему и к невестке во время их путешествия были, впрочем, полны материнской заботливости и любви. Продолжительная разлука с сыном как будто смягчила и умиротворила Екатерину. Но, возвратившись и живя у нее на глазах, Павел опять стал для нее угрозой и причиной неумолчной тревоги. Разве не ходили прежде в народе слухи, что императрица только ждет его совершеннолетия, чтобы восстановить его права, т. е. вернуть ему престол, который она занимала?
После заграничного путешествия отношения Павла с матерью еще обострились. Он и великая княгиня жаловались на то, что императрица отнимает у них детей. Даже отправляясь в Крым, Екатерина хотела увезти с собой маленьких великих князей Александра и Константина Павловичей. Но на этот раз родители так горячо восстали против этого, что она не решилась пойти против их воли. Кроме того, и вопросы чисто государственного характера играли большую роль в этой ссоре матери и сына, становившейся изо дня в день все более ожесточенной. В июле 1783 года маркиз Верак, французский посланник в Петербурге, много раз предлагавший Екатерине услуги Версальского двора, чтобы уладить враждебные отношения между Россией и Турцией, писал о равнодушном, даже пренебрежительном приеме, оказанном ему императрицей и ее министрами, но в то же время указывал на антагонизм между Екатериной и Павлом, в котором видел в будущем надежду для Франции: «Великий князь решительный противник политической системы императрицы; этот принц, воспитанный в мудрых принципах покойного графа Панина, думает со смертельным огорчением о бедственном состоянии, до которого будет доведено его государство безграничной расточительностью его матери. Он смотрит на план нападения на турок как на проект, который вызовет полное разорение России, и лично крайне возбужден против императора, так как считает его зачинщиком этого дела».
Когда разразилась война, Екатерина не позволила великому князю принять в ней участие. «Это была бы для вас новая обуза», писала она Потемкину. А во время шведской войны она хотя и разрешила Павлу отправиться в Финляндию, но Кнорринг, командовавший одним из корпусов действующей армий, получил – как он уверял впоследствии – приказ не сообщать его высочеству планов военных операций. В 1789 году, когда поднялся вопрос о разрыве с Пруссией, положение Павла приняло угрожающее для него сходство с положением Петра в последние годы царствования Елизаветы. По Петербургу пошли мрачные слухи. Знаменитый греческий проект императрицы был тоже поводом к постоянным столкновениям между ней и сыном: Павел относился к нему с нескрываемым несочувствием. И наконец, видя постоянные смены временщиков, Павел отказывал иногда матери в сыновнем уважении, и фавориты, со своей стороны, не считали нужным щадить великого князя. Раз за обедом, когда цесаревич согласился с какой-то мыслью Зубова, тот спросил громко: «Разве я сказал какую-нибудь глупость?»
У молодого двора часто бывали большие денежные затруднения. В 1793 году Екатерина просматривала вместе со своим секретарем Державиным счета придворного банкира Сэтерланда, дела которого были настолько плохи, что он со дня на день мог прекратить платежи. Перечисляя его актив, Державин дошел до суммы, которую банкиру должно было «одно высокое лицо, не очень любимое государыней». Екатерина сейчас же догадалась, о ком идет речь. «Вот как мотает! – воскликнула она, – на что ему такая сумма!» Державин позволил себе тогда напомнить императрице, что покойный князь Потемкин имел обыкновение заключать еще более крупные займы; он указал на некоторые из них среди долгов Сэтерланду. Екатерина промолчала, и Державин стал читать дальше. Дошли до второго долга «высокого лица». – «Вот опять! – вскричала в гневе Екатерина, – мудрено ли после этого сделаться банкротом». Державин, желая подвести нового фаворита, Платона Зубова, который, по его мнению, платил ему за его преданность слишком скупо, обратил внимание императрицы на громадную сумму, недавно взятую Зубовым у банкира. Ничего не отвечая, Екатерина позвонила. «Нет ли там кого в секретарской комнате?» – спросила она. – «Василий Степанович Попов, ваше величество». – «Позови его сюда». Попов вошел. «Сядьте тут, – сказала ему Екатерина, – да посидите во время доклада; этот господин, мне кажется, меня прибить хочет…»