Несмотря на невообразимое по масштабам поражение, Панипат не изменил политических раскладов в Северной Индии ни в какую сторону. Абдали пришлось спешно покинуть Индию, столкнувшись с возможным мятежом в своих войсках из-за невыплаты жалования. Тем не менее, долгосрочные последствия битвы были достаточно важны. Одно из них касалось внутренней конституции маратхского владычества. Вскоре после Панипата правящий пешва умер, по сообщениям, от шока. Статус пешвы-владыки в доминионе прекратился. Потеряв способность к дальнейшим завоеваниям, войска маратхов из Бунделкханда и Малвы перегруппировались и совершили набеги на западные Гангские равнины и восточный Раджастхан, но военное руководство перешло к Синдхии и Холкару. Последовавшие за этим жестокие споры о престолонаследии лишили пешву всяких моральных притязаний на статус верховного вождя. Внутри владений маратхов было мало мира. Если один из пяти составляющих "обманчиво подчинялся велениям пешвы, другой открыто заявлял о своем превосходстве".20 Любая попытка сплотиться была подорвана недоверием, с которым составляющие относились друг к другу.
По мере ослабления Пешвы уменьшался и поток дани в политический центр. К 1770-м годам территория Пешвы была сильно задолжала банкирам и потеряла финансовую способность поддерживать крупномасштабное военное предприятие. Даже ее выживание как государства было под вопросом. Исследование Мичихиро Огавы, посвященное фискальным реформам во владениях Пешвы в последние десятилетия правления в Пуне, показывает, что государство в больших масштабах передавало налоговые права военным командирам.21 Из земельных доходов, которые собирали джагир-дары или владельцы военных владений, лишь небольшой процент поступал в центр. У центра были и другие доходы. Но и этот небольшой процент говорит о том, что центр передал право на управление местным вождям вместе с военными и фискальными полномочиями. Это была история отчаяния и потери контроля.
В последней четверти XVIII века Махаджи Синдхия (1730-94) собрал мощную североиндийскую армию под командованием французского наемника Бенуа де Буаньи. Новая армия была настолько успешной и грозной, что на рубеже веков на короткий миг показалось, что северные маратхи превзошли британскую и французскую Ост-Индскую компании в военном потенциале, используя сочетание местных и европейских элементов.22 Британская Ост-Индская компания имела опорный пункт в Бомбее в опасной близости от территорий маратхов и теперь начала проявлять пристальный интерес к делам маратхов. Компания приняла сторону пешвов в спорах о престолонаследии. Во второй половине 1770-х годов произошла серия коротких сражений между Синдхией и Холкаром и войсками Компании. Махаджи Синдхия добился первых успехов в 1777 году, но в последующие три года потерпел поражение. В конце концов, между маратхами и Компанией был объявлен мир, который сохранялся в течение 20 лет.
В 1802 году Компания стала союзником Пешвы в спорах о престолонаследии. Война между другими составляющими и Компанией стала неизбежной. Вторая англо-маратхская война велась на двух театрах: в Северной Индии, где французские полководцы Синдхии сражались с армией Жерара Лейка, и в Центральной Индии (в основном в деревне Ассайе близ Булданы в штате Махараштра).
Смерть Махаджи в 1794 году и уход де Буанье через год после этого ослабили и разделили военное командование в лагере Синдхии. Новый генерал, Пьер Кюилье-Перрон, не пользовался доверием ни короля, Даулатрао Синдхиа (1779-1827), ни многих офицеров, как индийских, так и европейских.23 Зависимость от деморализованного европейского командования дала армии Лейка под Дели возможность подкупить офицеров. Перрон некоторое время сопротивлялся искушению, прежде чем поддался на предложение и, по слухам, перешел на другую сторону с большим личным состоянием, заработанным на предыдущей службе.
В отличие от этого, сражение при Ассайе проходило без обмана, и сильно превосходящие по численности войска Компании вели ожесточенную борьбу, прежде чем одолеть кавалерию маратхов и французских стрелков. Война привела к значительным территориальным потерям, включая хорошо возделываемый Бунделкханд на севере Индии и Ориссу на востоке. Но маратхи остались в одиночестве в центральной Индии, а Синдхия продолжал требовать дань с раджпутанских штатов. С потерей доходов можно было справиться только с помощью доходного земледелия, которое укрепляло власть промежуточных групп, не связанных с земледелием.