Добір конкретних способів дослідження визначається методологією наукового пізнання. Методологія наукового пізнання дійсності є вченням про принципи побудови, форми і способи науково-пізнавальної діяльності. Вона визначає принциповий підхід до вивчення явищ господарського життя і є центральним питанням розвитку кожної науки.
Обсяг змісту науки «економіка природокористування» невпинно зростає, процес оволодіння нею ускладнюється. Одним із головних шляхів розв'язання цієї проблеми є посилення уваги до методології дисципліни.
При дослідженні економічних явищ у природокористуванні необхідно використовувати діалектичні принципи, категорії і закони, згідно з якими всі сторони життя суспільства як єдиного організму повинні розглядатись у взаємодії, взаємозв'язку, в процесі розвитку, відмирання старих і виникнення нових форм зв'язку.
Застосування принципу взаємозв'язку і розвитку явищ об'єктивної дійсності в економіці означає, що економічні явища треба розглядати не ізольовано, у відриві від конкретно-історичних обставин, а всебічно — у взаємозв'язку і розвитку. Наприклад, потрібно аналізувати суттєві взаємозв'язки рівня розвитку продуктивних сил і ступеня раціональності використання природних ресурсів, природокористування в сільському господарстві і в) інших галузях народного господарства, їх підприємствах та підрозділах, окремих видів природних ресурсів.
Аналізуючи економічні відносини і явища у природокористуванні, треба керуватися і тим,1 що вони перебувають також у взаємозв'язку з політичними, юридичними, демографічними, ідеологічними та іншими соціальними відносинами, явищами природи і технікою (технологією, агротехнікою, зоотехнікою).
Принцип розвитку вимагає, щоб економічне дослідження велося за схемою: минуле—сучасне—майбутнє. Щоб зрозуміти суть економічного явища, треба знати його історію, без цього не можна побудувати теорію. Розглядаючи перспективи розвитку природокористування, слід орієнтуватися на виявлені під час дослідження зародки нового, передового, економічно та екологічно раціонального.
Економічні явища розвиваються відповідно до загального закону діалектики, перетворення кількісних змін в якісні, які є наслідком нагромадження кількісних змін. Кожна нова якість, що виникає, створює в своїх межах простір для нових кількісних змін. Ігнорування цього принципу в економіці природокористування може призвести до катастрофічних наслідків — переміщення окремих) видів ресурсів із розряду відновлюваних у невідновлювані, невичерпних — у вичерпні. А невідповідність комплексу заходів щодо раціонального використання певного виду ресурсів відповідному їх розряду може спричинити їх безповоротне вичерпання.
Економічної науки як такої не може бути без глибокого проникнення в суть економічної дійсності, яка сама по собі не лежить на поверхні явища. Інакше кажучи, явище і його суть, як правило, не збігаються. При цьому суть явища, тобто «нутро» економічної дійсності,) визначає природу цього економічного явища. Для виявлення цієї суті потрібно зібрати і опрацювати велику кількість фактів, здійснити складні економічні дослідження. І ступінь проникнення вчених-економістів у внутрішні зв'язки економічних явищ слід вважати критерієм глибини економічних досліджень.
Визначальним для будь-якого предмета є його зміст, в якому виражається суть і способом існування якого; є форма. При цьому форма залежить від змісту і активно впливає на нього, стимулюючи або сповільнюючи його розвиток. Так, зміст попереджувальних і компенсаційних витрат різний при командно-адміністративній і ринковій системах функціонування економіки. Тому для поліпшення економічних відносин добір і вдосконалення форм мають неабияке значення.
Важливою умовою наукового розуміння економічної дійсності в природокористуванні, прогнозуванні є знання причинно-наелідкових зв'язків, що існують в економіці природокористування, оскільки воно дає змогу передбачати і цілеспрямовано змінювати економічні явища. А висновки про причинно-наслідкові зв'язки в економіці та природокористуванні можуть вважатися науковими, якщо вони обгрунтовані економічними факторами і базуються на масових даних.
Саме такий методологічний підхід до економічних явищ і процесів дає змогу сформулювати і пояснити фундаментальні поняття і принципи економіки природокористування, а також правильно оцінити конкретні моменти розвитку цього процесу.
Вивчати економіку природокористування не можна без пізнання практики, постійних зв'язків з нею. При цьому мається на увазі не описове чи емпіричне пізнання практичних аспектів природокористування. Першочергового значення набуває наукове обгрунтування практики, виявлення закономірних тенденцій, обгрунтування перспектив розвитку галузі. Такий підхід дає змогу впроваджувати в практику все нове, передове. При обгрунтуванні та поширенні досвіду передового господарювання слід брати до уваги відмінності в умовах використання природних ресурсів у різних регіонах.
Використанні фактичного матеріалу при вивченні економіки природокористування відіграє важливу роль, а власне використання грунтується на застосуванні різних методів.
Серед методів дослідження розрізняють загальнонаукові та конкретно-наукові, або спеціальні. Перші застосовуються ширше. Серед них центральне місце щодо застосування до економічних наук посідає метод наукової абстракції. Його схематично зображають як рух від конкретного (від явищ, які спостерігаються безпосередньо, від зовнішніх уявлень про них) до абстрактного, і потім сходження від абстрактного до конкретного. Наукове абстрагування полягає у відстороненні від зовнішніх,; несуттєвих ознак явищ і виділенні в них загальних, суттєвих сторін (ознак), у пізнанні сутності явищ. Хоча абстрактне уявлення про явище є менш повним, воно дає змогу глибше зрозуміти в ньому головне, суттєве, дати наукове визначення явища. Абстрагування лежить в основі формування економічних понять, категорій. Значна частина, економічних категорій не може бути виявлена шляхом безпосереднього спостереження, а для проникнення в область цих явищ потрібне застосування наукового методу. Якщо прибуток, який одержують у результаті господарської діяльності, лежить на поверхні явищ, то прибуток від проведення природозахисних заходів, а тим більше — чистий дохід, виявити, не озброївшись науковим методом, неможливо.
Це перший ступінь методу наукової абстракції. Другий ступінь полягає у сходженні від абстрактного до конкретного, яке вже матиме вигляд не розрізнених поодиноких фактів, а явищ зі спільною суттю і пов'язаних спільними рисами з іншими аналогічними явищами і факторами.
Абстрагування може мати більш і менш глибокий характер, але ніколи не можна абстрагуватися від сутності економічних явищ.
У процесі наукового пізнання економічних явищ широко застосовуються аналіз і синтез. При аналізі відбувається розчленування економічних процесів і явищ на складові елементи, причому кожен елемент послідовно вивчається.: Синтез полягає в уявному об'єднанні окремих елементів об'єкта.
Прийоми аналізу і синтезу широко застосовують при вивченні структури явищ, .які спостерігаються: витрат па природоохоронні заходи, виробничих фондів природокористувачів тощо. Своєрідним вираженням методу аналізу-синтезу є метод статистичних групувань — статистична сукупність розділяється на групи, а висновків доходять на підставі всієї сукупності.
Індуктивний метод — це одержання загального висновку на основі поодиноких фактів, тобто від фактів дослідник йде до природи об'єктів. Дедукція передбачає рух дослідження від загального до окремого та одиничного.
Історичний метод пізнання передбачає дослідження конкретного процесу розвитку, конкретних явищ в їх історичній послідовності. Логічне —і це абстрактне, теоретично послідовне викладення процесу розвитку, яке нерідко не збігається з історичною послідовністю. Логічно процес може бути охарактеризований на матеріалах зон, галузей, підприємств-природокористувачів, де він досяг найбільшої зрілості. Конкретно-історичні дослідження можуть служити підставою для глибоких теоретичних висновків.