При Бюро Совнаркома СССР был создан специальный Комитет по распределению рабочей силы. Позже на него были возложены функции ее учета. Затем образовался Комитет продовольственного и вещевого снабжения, главные управления по снабжению отраслей народного хозяйства углем, нефтью, лесом.
Перестройка государственного аппарата управления сопровождалась резким сокращением штатов наркоматов, различных учреждений и всего управленческого аппарата. Многие специалисты из учреждений направлялись на заводы и фабрики.
Во время войны в своей огромной работе по созданию и развитию военной экономики ГКО опирался на органы управления хозяйством, приспособленные в условиях войны к обслуживанию нужд фронта; на ЦК компартий союзных республик, крайкомы и обкомы; на создававшиеся городские комитеты обороны в прифронтовых городах, а также на Совет по эвакуации, Комитет по разгрузке транзитных грузов, Комитет по эвакуации продовольственных запасов, текстильного оборудования, мануфактуры, сырья и других товаров широкого потребления и Транспортный комитет при ГКО, координировавший работу всех видов транспорта.
Большую помощь ГКО оказывало Оперативное бюро ГКО. Через этот орган ГКО осуществлял оперативный контроль за выполнением военных заказов. Структура и состав Оперативного бюро претерпевали изменения в зависимости от тех хозяйственных задач, которые решались на том или ином этапе войны. Для быстрого рассмотрения и решения вопросов снабжения, а также для проверки потребности в продовольственных и промышленных товарах и выявления дополнительных товарных ресурсов была создана комиссия при Оперативном бюро ГКО.
Централизованное руководство перестройкой народного хозяйства и развитием военной экономики осуществлял Государственный Комитет Обороны. В поле зрения ГКО находилась работа всех отраслей народного хозяйства, и особенно промышленности, как главной, ведущей отрасли военной экономики, обеспечивавшей нужды фронта и тыла. В ГКО и его органах с участием Госплана СССР и соответствующих наркоматов регулярно рассматривались итоги работы, обсуждались и решались очередные задачи военной экономики. Деятельное участие в этой работе принимал Госплан СССР, ставший экономическим штабом советской военной экономики.
Совнарком СССР 1 июля 1941 г. принял постановление «О расширении прав народных комиссаров СССР в условиях военного времени». Наркомам и наркоматам предоставлялось право самостоятельно решать вопросы распределения и перераспределения материальных и финансовых ресурсов, необходимых для выполнения планов производства и строительства. На местах значительно возросла роль партийных органов. Их усилия были направлены на осуществление скорейшей перестройки народного хозяйства, на всемерное удовлетворение нужд фронта.
Перевод государственного и партийного аппарата на режим военного времени, усиление системы централизованного управления народным хозяйством обеспечили высочайшую мобильность и маневренность военной социалистической экономики.
Коммунистическая партия направила усилия советских людей на превращение страны в кратчайший срок в единый военный лагерь, как учил В. И. Ленин. Огромную роль в мобилизации всех сил советского народа на борьбу с немецко-фашистскими захватчиками сыграла директива СНК СССР и ЦК ВКП(б) от 29 июня 1941 г. В ней подробно излагались политические, идеологические, экономические и собственно военные мероприятия партии и правительства, в комплексе обеспечивавшие успешную борьбу с фашистской Германией.
Выполняя эту директиву, партийные, советские и хозяйственные организации развернули громадную организаторскую и военно-мобилизационную работу среди населения. Она обеспечила проведение ряда крупных военно-мобилизационных мероприятий, и в частности введение обязательного военного обучения и всеобщей обязательной подготовки населения к противовоздушной обороне.
Еще до войны, когда угроза военного нападения гитлеровской Германии на Советский Союз стала реальной опасностью, Советское правительство приняло мобилизационный план по боеприпасам на вторую половину 1941 и на 1942 г. В этом плане предусматривались мероприятия по перестройке работы промышленности, и особенно предприятий машиностроения, в условиях военного времени. В план были заложены конкретные задания предприятиям — по выпуску боеприпасов; по разработке технологии их производства (исходя из имевшегося на предприятиях оборудования); по изготовлению приспособлений, технологической оснастки и инструментов для выпуска боеприпасов; по созданию мобилизационных запасов материалов и полуфабрикатов, необходимых для обеспечения заданной программы производства боеприпасов.