В условиях военного времени строжайшим образом соблюдалась жесткая плановая и производственная дисциплина, повысилась личная ответственность руководящих кадров.
В годы войны возросла централизация в планировании народного хозяйства, обусловленная потребностями военного времени. Перераспределение ресурсов народного хозяйства в первую очередь в пользу военного производства, а также вызванное войной ограничение выпуска ряда важных товаров потребовали централизованного распределения в плановом порядке гораздо большего количества продуктов, чем в мирное время. В период войны количество продуктов, распределяемых из единого центра по государственному плану, увеличилось более чем в 2 раза.
Народнохозяйственное планирование велось на научной методологической основе. Среди важнейших научных принципов планирования особое значение приобрели принцип ведущего звена и тесно связанный с ним принцип наибольшей экономической эффективности. В военно-хозяйственные планы закладывалось такое использование потенциальных возможностей социалистической экономики, которое давало возможность превзойти по производству военной техники гитлеровскую Германию, несмотря на то что она использовала экономические и трудовые ресурсы почти всей оккупированной ею Европы. В планах учитывались главные, решающие участки военной экономики и на них сосредоточивался максимум материальных, денежных и трудовых ресурсов. В планировании широко применялись балансовый метод, экономические расчеты наиболее эффективного использования производственных мощностей, трудовых ресурсов, сырья, материалов и т.д.
Плановый характер советской экономики, обусловленный господством общественной социалистической собственности на средства производства, обеспечил возможность установления пропорций между отраслями и предприятиями на основе государственного плана и дал возможность в короткий срок коренным образом изменить пропорции мирного периода в интересах победы над врагом. В распределении труда и материальных фондов преобладающую долю заняли военное производство и кооперированные с ним отрасли военного хозяйства.
Изменение пропорций в народном хозяйстве, направленное на быстрейшее развитие военной экономики и обеспечение нужд фронта, нашло отражение в балансе народного хозяйства. Он включал научный анализ основных пропорций и взаимных связей между отраслями за предыдущий плановый период и научно обоснованные расчеты по важнейшим показателям производства и использования общественного продукта и национального дохода на планируемый период. Баланс народного хозяйства базировался на использовании экономических законов социалистического воспроизводства, позволял рационально распределять производственные, материальные, финансовые, трудовые ресурсы и определять оптимальные задания по развитию военной экономики в интересах разгрома врага.
В годы войны в планировании при разработке планов, согласовании и координировании всех сторон и отраслей воспроизводства с целью обеспечения быстрейшего создания слаженного военного хозяйства использовался закон планомерного, пропорционального развития народного хозяйства, но с некоторыми ограничениями. Это проявилось в том, что единый народнохозяйственный план балансировался на односторонней основе максимально возможного удовлетворения потребностей фронта при ограничении и лимитировании остальных потребностей общества и поэтому не мог обеспечить то оптимальное сочетание потребления и накопления, присущее социализму, а также I и II подразделений общественного производства, которое обеспечивалось в мирное время. Действие этого закона сказалось в том, что полностью использовались производственные мощности отраслей, взаимосвязанных с военной промышленностью. Экономически это означало, что закон планомерного, пропорционального развития действовал в условиях несколько ограниченного проявления основного и других экономических законов социализма, а потому сфера его действия тоже имела некоторые ограничения.
В период войны не получил должного простора в планировании и принцип демократического централизма, поскольку именно в планировании особенно усилилась централизация.
С первых дней войны вся работа по перестройке экономики на военный лад, развертыванию военной промышленности и других оборонных отраслей проходила строго по плану. Составляемые Госпланом СССР и утверждаемые СНК СССР и ГКО военно-хозяйственные планы имели силу закона, содержали обширную программу военного производства, давали ясную перспективу развития военной экономики. Они играли большую мобилизующую и организующую роль. Наряду с главной задачей — максимальным развитием военной промышленности в планах предусматривался и соответствующий уровень развития металлургии, топливной промышленности, энергетики, отраслей машиностроения, транспорта, сельского хозяйства, т.е. тех отраслей, без развития которых не могло быть прочного подъема военной экономики.