Хорошо зная повадки и мстительность португальцев, Чингулия понимал, что они обязательно вернутся в Момбасу с еще более сильным флотом. Поэтому он решил не ждать их прихода, а, приказав срубить кокосовые пальмы и фруктовые деревья, погрузил всех своих воинов, артиллерию и провизию на суда, брошенные португальцами, и передав командование вождю племени лангуло, просил его удерживать крепость, пока он не вернется с подкреплениями, которые он надеялся найти в Мекке или в Турции. 16 мая 1632 г. Чингулия покинул Момбасу [95, док. 34, с. 174; 212, с. 91].
Когда известия о бегстве Чингулия достигли Гоа, был срочно созван государственный совет. Сохранился любопытный документ— протокол заседания совета от 29 июля 1632 г.: вице-король де Линьярес спросил, считает ли совет необходимым возвратить крепость Момбасу, и заявил, что если считает, то он должен назначить лицо, которое осуществит это предприятие. Совет ответил на этот вопрос утвердительно и снова назначил командующим экспедицией Франсиску де Мора [39, док. 114, с. 438–439]. 30 сентября 1632 г. состоялось новое заседание совета. На нем один из помощников вице-короля, Фариа-и-Соуза, доложил, что Чингулия «потерял надежду на поддержку и, как мы уже говорили, бежал, захватив с собой более 400 христиан, которых он продал» [там же, док. 145, с. 462]. (Упоминание о 400 христианах дает основание думать, что во время январских событий Чингулия взял в плен половину экспедиционного отряда Франсиску де Мора.) На совете было решено послать в Момбасу восемь судов с войсками и артиллерией, а также судью для расследования поведения вождей племен, поддерживавших Чингулия [там же, с. 463].
Во главе этого войска были поставлены Ф. де Мора и С. Кабрейра, назначенный капитаном Момбасы. Когда их флот прибыл в Момбасу, опасаясь мести со стороны португальцев, все жители города бежали в леса. Об этом свидетельствует документ, относящийся к 1634 г., автор которого писал: «Город мавров… в настоящее время не имеет жителей, кроме одного старика Факевалле (Факи Али), которого вице-король сделал губернатором королевства Мелинде и Момбасы в благодарность за его верность и преданность. Почти все мавры — а в этом городе их было много — были виноваты в предательском мятеже, поднятом упомянутым Жерониму, и все бежали» [95, док. 35, с. 174].
Португальцы прилагали большие усилия, чтобы захватить Чингулия. Но лишь в конце 1638 г. вице-король мог с облегчением доложить королю, что Чингулия мертв. Около входа в Красное море корабль, на котором тот находился, был атакован и ограблен, а сам он был убит арабами. Португальцы наконец избавились от своего грозного врага, доставившего им столько неприятностей.
После подавления восстания в Момбасе было покончено с формальной независимостью этого султаната и город перешел в непосредственное владение испано-португальской короны. Резенди сообщает: «Все королевство Момбаса, которое прежде принадлежало упомянутому тирану (Чингулия. — А. X.), принадлежит теперь Его Величеству, включая материк» [95, док. 35, с. 178]. Тот же источник дает сведения о том, что вице-король приказал переселить 20 португальских поселенцев из Занзибара и других островов в Момбасу, «считая, что это необходимо для возрождения крепости» [там же]. А. Бокарро добавляет, что принимались меры к тому, чтобы португальцы были избавлены от «полной изоляции и того ущерба, который наносили их чести и репутации живущие в этих странах мавры, которые не подчиняются нашей юрисдикции» [308, с. 50].
По словам Е. Аксельсона, «Момбаса никогда полностью не оправилась во времена португальцев от восстания Чингулия. Она никогда снова не имела так много португальских резидентов и никогда уже не достигала такого процветания, как перед восстанием. Это восстание показало, что совершенно бесполезно было пытаться обратить в христианство мусульман-суахили на побережье: они не поддавались ассимиляции. Вопрос заключался только в том, как долго Португалия сможет оставаться господствующей силой на побережье. С приходом каждого северо-восточного муссона гарнизон с беспокойством смотрел в сторону Мекки» [212, с. 96].
Восстание на Пембе удалось подавить лишь в 1636 г. Это видно из сохранившейся местной хроники, которая рассказывает о жестокой расправе, учиненной на острове Сейшасом Кабрейрой, которого она называет «Жожоуном». Кабрейра угрожал отобрать у ширази (местная народность) все имущество и детей в счет уплаты налога, который они задолжали. Десять детей самых знатных жителей были схвачены как заложники. Ширази вынуждены были уплатить большую сумму и дать письменное обязательство регулярно платить налог в будущем. Через два года «Жожоун» вернулся и снова получил от них крупную сумму. Хроника добавляет, что, когда примерно через год «Жожоун умер, народ шираз возблагодарил Бога за его смерть» [308, с. 74]. (На самом деле Кабрейра в 1639 г. уехал из Африки, получив назначение на более высокий пост в Индии.)