Наряду с оккупацией ряда пунктов на побережье в начале XVI в. португальцы захватывают также прибрежные острова Занзибар и Пемба. Еще в 1503 г. одно из судов флотилии, имевшей задачей чинить препятствия арабскому судоходству, которым командовал Раваску Маркиш, наткнулось на острова, которые он назвал «Земзибар». Двигаясь на север между Занзибаром и материком, Раваску захватил и ограбил 20 богатых судов, нагруженных слоновой костью, шелком, рисом и т. д. После этого он обогнул остров и вошел в порт, где стояло на якоре множество арабских судов [43, дек. I, кн. VII, гл. 4, с. 270]. По свидетельству Барруша, султан Занзибара, разгневанный бесчинствами португальских пиратов, пытался захватить чужеземное судно, послав против него войско в четыре тысячи человек во главе со своим сыном, но занзибарцы были рассеяны огнем корабельных пушек [там же, с. 271]. Султан вынужден был просить мира. Как сообщает Барруш, португальцы «увидели мавра, бежавшего с водруженным на шест знаменем, на котором были изображены королевские гербы Португалии, и кричавшего по-арабски: "Мир! Мир! Мир!" Когда он [Раваску] узнал знамя, то, поскольку он видел священную и достойную почитания вещь, он снял с головы шлем и встал на колени, низко кланяясь, как если бы он видел своего короля, что повторили и все другие, бывшие с ним» [там же].
Мир был заключен на борту португальского судна. Султан вынужден был признать себя вассалом короля Португалии и обязался ежегодно платить дань в 100 миткалей золота и 30 баранов капитану Раваску, «который будет за ними приезжать». Такая тяжелая дань была наложена на султана, по словам Барруша, «не только потому, что тот стал вассалом короля дона Мануэла», но «и за то, что прятал у себя знамя с королевскими гербами Португалии, которое (по словам занзибарцев) Жуан да Нава дал племяннику короля Мелинды для беспрепятственных плаваний» [там же, с. 272].
Это был один из ярких примеров режима морских захватов, которые в ту эпоху были обычной нормой международных отношений и которые колонизаторы считали столь же естественными, как и право на войну. В захваченных ими районах восточно-африканского побережья и на прибрежных островах португальцы ввели режим ничем не ограниченного произвола, насилия и разбоя. Даже дружественно настроенный к португальцам «союзник» короля Португалии султан Малинди по имени Али вынужден был пожаловаться ему в одном из писем: «Наша преданность вам… столь велика, что вряд ли можно найти такую другую в мире в наши дни… Когда мы видим ваших людей, мы готовы носить их на головах, но их дела и слова в отношении нас грубы, они плохо относятся к тем, кто приезжает в наш порт, и даже захватывают их… ваши люди захватывают здесь много тканей и товаров мавров и индийцев и отняли у них 9500 рулонов ткани» [82, т. VI, с. 46]. В другом письме Али сообщал: два португальских судна «прибыли в порт Малинди, и [португальцы] начали его разорять, давать взятки и захватывать ткани… А когда мы потребовали, чтобы они прекратили делать такие вещи, они ответили: "Нам повелел так делать король"». Они захватили суда, направлявшиеся в Малинди, и избили матросов, «причинив им огромный вред» [там же].
Местное население — суахили — было лишено элементарных человеческих прав, подвергалось беспрерывным унижениям, насилиям и грабежам, для которых использовались самые нелепые поводы.
В этой связи весьма характерно следующее свидетельство португальского хрониста Ж. душ Сантуша. «Если цыпленок, принадлежащий мавру, — рассказывает Ж. душ Сантуш, — забрел в жилище христианина и этот мавр спросит о нем, христианин отвечает, что цыпленок пришел в его дом, так как хочет стать христианином, и поэтому он не может его вернуть. С помощью того же метода грабежа они берут коз и свиней, которых мавры выращивают для продажи португальцам. Если христианин, перешагнувший порог дома мавра, случайно ушибется или споткнется о камень или причинит себе иной вред, несчастный мавр или мавританская женщина, которым принадлежит жилище, должны полностью возместить этот ущерб тканями, курами или мешками риса, по желанию этого христианина» [131, гл. XI].
В 1508 г. лиссабонский двор назначил Дуарти де Лемоса губернатором провинций Эфиопия и Аравия. С 1509 г. резиденцией губернатора стала Софала. Исходя из признания султаном Занзибара своего вассалитета в отношении короля Португалии, де Лемос выехал для сбора дани с островов Занзибар, Пемба и Мафия. Мафия подчинилась, но жители Пембы, уничтожив урожай и ничего не оставив в своих домах, бежали в Момбасу. Отчаянное сопротивление португальцам оказали жители города Занзибара, но город был захвачен и, как обычно, отдан на разграбление солдатам. Султан Мвени Мкуу отступил на север, а население бежало в леса, после того как, по словам современника, значительная часть «была изрублена на куски остро отточенными мечами наших людей» [319, с. 100].