В 1450 г. король Аффонсу V лично занялся управлением Сеуты, но управление другими заморскими владениями было оставлено принцу Энрике или поручено другим принцам крови (герцогу Брагансу, инфанту Фернанду и др.). Португальские короли начали активно заниматься колониальными делами лишь после того, как были основаны первые португальские поселения в Гвинее и в Индии и когда работорговля и торговля пряностями стали приносить огромные доходы.
Поняв, какие выгоды сулит организованная в широком масштабе эксплуатация человеческих и природных ресурсов колоний, португальский королевский двор отказался от системы донатариев и взял на себя политическое и экономическое руководство заморскими владениями.
До 1580 г. в Португалии не было ни совета, ни министерства, уполномоченного осуществлять централизованное управление колониями, готовить королевские указы и следить за их исполнением. Короли Ависской династии, после того как они сломили при Жуане II последнее сопротивление крупной аристократии, не хотели больше иметь какие-либо советы или другие политические институты, которые в какой-то степени могли бы ограничивать их власть. Кортесы больше не созывались, а Государственный совет, члены которого назначались королем, превратился к концу XV в. в чисто символический орган управления, имевший почетные функции. Вся власть была сконцентрирована в руках короля и осуществлялась от его имени людьми, которым он выразил свое доверие. Управление колониями, как и управление королевством, практически осуществляли канцлер, казначей, королевские секретари и т. д. [326, с. 81–82].
Только управление финансами еще в 1516 г. подверглось реформе, состоявшей в учреждении должностей инспекторов финансов (vedores da fazenda). Эти чиновники ведали финансами как самой метрополии, так и заморских территорий в Африке и Азии. Они вели учет всех доходов и расходов королевской казны, заключали контракты от имени короля и следили за точностью их исполнения. Их власть распространялась на фактории, занимавшиеся торговлей (в том числе и «живым товаром»), так называемую «Каса да Гинэ» (переименованную в 1482 г. в «Каса да Мина», а позже в «Каса да Индия») — агентство, готовившее грузы, предназначенные для Африки и Индии, и продававшее поступившие оттуда колониальные товары в пользу королевской казны.
Масштабы колониальных дел, которые были в компетенции инспекторов финансов, были весьма значительны, так как на протяжении всего XVI в. королевское правительство занималось главным образом торговой эксплуатацией Индии [там же, с. 83].
Как отмечает бельгийский историк Ш. Данной, «вследствие превалирования торговой политики заведование финансами составляло в XVI в. важнейшую отрасль колониальной администрации Португалии» [там же].
Компетенция инспекторов финансов была ограничена властью различных советов и судов, главным из них был трибунал по делам совести и орденов (Mеsa da cinsiencia e ordens), созданный в 1532 г. Этот политико-религиозный институт среди прочих функций осуществлял от имени короля права, которые принадлежали тому как магистру военно-религиозных орденов. Этот же трибунал ведал религиозной администрацией колоний, представлял на утверждение короля кандидатуры епископов, управлял имуществом Ордена Христа и судил за преступления, совершенные членами военно-религиозных орденов, в том числе и служившими в заморских территориях [там же, с. 84]. Эти многочисленные и неопределенные функции позволяли трибуналу вмешиваться в управление колониями, и его роль в колониальной администрации была очень значительной.
После объединения Испании и Португалии в 1580 г. Филипп II решил коренным образом реорганизовать систему управления колониями. В 1591 г. Филипп II упразднил институт инспекторов финансов, заменив их Советом по делам финансов (Conselho da fazenda), полномочия которого были гораздо более широкими. Этот Совет был разделен на четыре секции, одна из которых руководила делами метрополии, другая — делами Индии, Гвинеи, Бразилии, Сан-Томе и островов Зеленого Мыса, третья — военно-религиозными орденами и островами Мадейра и Азорскими, четвертая — Марокко.
В 1604 г. герцог Лерм, чтобы улучшить управление колониями, учредил специальный орган — Совет по делам Индий, в котором было две секции: одна занималась делами Бразилии и Африки, а другая — португальскими владениями в Индии и других странах Азии.