Но не все были довольны переменами. Среди недовольных был старший брат Преподобного Стефан. Покинув в свое время пустынную обитель, он успел побывать и настоятелем столичного монастыря, и великокняжеским духовником; но превратности жизни вновь привели его под кров Сергиевой обители. Однажды, когда Преподобный Сергий был в алтаре, совершая субботнюю вечерню, Стефан, стоявший на клиросе, спросил канонарха, кто ему дал эту книгу. Услышав в ответ: «Игумен», он сказал: «А кто на этом месте игумен? Не я ли прежде сел на этом месте?» К этому он прибавил слова, которые автор жития предпочел не цитировать. Преподобный услышал это из алтаря. После службы он, не заходя в келью, незаметно, один ушел из монастыря и направился в Махрищский монастырь, к своему другу и «собеседнику» преп. Стефану, основателю этой обители. Он просил Стефана дать ему в сопровождение кого-нибудь из братии и отправился искать пустынное место для монастыря. Обойдя много мест, он решил основать обитель на реке Киржач, там, где со временем возник город того же имени. Преподобный Сергий все начал, как и в первый раз. Сначала он поставил келью и тут же приступил к строительству церкви, получив на это благословение святителя Алексия. Когда в Троицком монастыре узнали, где скрылся их отец, к нему начали один за другим приходить оттуда монахи, которых он с любовью принимал в новую свою обитель. Троицкому монастырю грозило запустение, и монахи, не желавшие этого допустить, зная, что их кроткий авва может быть совершенно непреклонным, отправились к святителю Алексию, чтобы он своим архипастырским словом побудил Сергия к возвращению. Митрополит отправил к Сергию посольство из двух архимандритов. Они передали Преподобному благословение святителя, его радость о том, что и на новом месте служение его благоплодно. Однако митрополит призвал Сергия избрать кого-нибудь из «в добродетели искусных» учеников своих начальствующим в новом монастыре вместо себя и вернуться к скорбящим о разлуке с ним братиям Троицкого монастыря, откуда владыка готов был удалить всех досаждающих Сергию. Ответ Преподобного остается образцом послушания священноначалию: «Все от твоих уст, как от Христовых уст, приму с радостью и ни в чем не преслушаю тебя». После четырехлетнего отсутствия Преподобный вернулся в Троицкую обитель, с любовью и радостью встреченный всеми любящими его.
Преподобный Сергий кормит пришедшего к нему медведя
Святитель Алексий настолько почитал Преподобного Сергия, что хотел, чтобы он стал его преемником на Московской кафедре. Но Преподобный так твердо отказался от этого, что святитель не стал продолжать уговоры. 12 февраля 1378 года святитель Алексий почил о Господе. Вновь предложили Преподобному стать его преемником, и вновь он отказался. Он считал, что преемником святителя Алексия должен стать митрополит Киприан, еще в 1376 году поставленный на Киевскую кафедру по просьбе Литовского князя. Это поставление означало разделение Русской Церкви на две митрополии; утверждение Киприана в Москве означало бы воссоединение Русской Церкви. Но Великий князь Димитрий Иванович уже наметил своего кандидата — новоспасского архимандрита Михаила, великокняжеского духовника. Эта мысль и раньше приходила Великому князю: еще при жизни святителя Алексия он пытался добиться у него благословения Михаилу на митрополию. Однако святитель твердо отказался, сославшись на то, что дело решается в Цареграде патриархом и Собором (Русская Церковь в то время была митрополией в составе Константинопольского патриархата). Архимандрит Михаил (которого все называли Митяем) попытался сломать этот порядок и убедил Великого князя собрать епископов в Москве и совершить хиротонию митрополита без обращения в Константинополь, но один из епископов, Дионисий Суздальский, противостал Митяю, и хиротония не состоялась. Дионисий был арестован, но выпущен, назвав своим поручителем Преподобного Сергия. Выпущенный, он тут же отправился в Константинополь для противодействия Митяю. Митяй негодовал и грозился разорить Сергиеву обитель. А святитель Киприан отправился из Киева в Москву, где его жестоко обидели и выставили обратно. На разных этапах этого путешествия он написал три послания, которые все адресованы св. Сергию и св. Феодору, племяннику Сергия и будущему архиепископу Ростовскому. Святитель Киприан писал им как своим союзникам. А Михаил-Митяй скончался на корабле, подплывавшем к Константинополю, чем исполнилось пророчество Преподобного Сергия о том, что он не увидит Константинополя. Мы не можем здесь следить за всеми этапами постигшей Русскую Церковь смуты, но для нас важно отметить твердость канонической позиции Преподобного Сергия, поддерживавшего святителя Киприана.