Более или менее самостоятельной фигурой Иван IV стал только после своего венчания на царство, которое произошло в январе 1547 г. в Успенском соборе, и женитьбы в феврале того же года на Анастасии Захарьиной. Его царствование началось крайне неудачно. Уже в июне того же года в Москве произошел страшный пожар: за два дня город выгорел почти дотла, при этом в огне погибло около 4 тыс. москвичей. «Доброжелатели» обвинили Глинских в поджоге. Разгневанный народ ворвался в Успенский собор и убил Юрия Глинского, бывшего на тот момент главой рода. Напуганный происшедшим, Иван IV бежал из Москвы в село Воробьево. Однако на этом беды не кончились. Уже на третий день народ явился к царю, требуя выдать остальных предполагаемых виновников пожара. Волнения начались и в других городах, например в Пскове, Устюге. И, хотя все народные восстания были жестоко подавлены, они показали, что Московская Русь нуждается в немедленных и радикальных преобразованиях.
Началом эпохи перемен считают февраль 1549 г. Тогда на Красной площади было созвано народное вече, перед которым царь покаялся в своих ошибках, обвинил во всех бедах бояр и пообещал в скором времени во всем разобраться. На этом Соборе, называемом иногда «Собором примирения», была зачитана и программа реформ. Этот первый Земский собор стал высшим сословно-представительским учреждением, на которое опиралась власть царя в период сословно-представительской монархии. При этом собор так и не стал законодательным органом: решения его только тогда принимали силу закона, когда в его работе принимала участие Боярская дума во главе с царем. Решения Собора должны были приниматься единогласно. Но такая форма правления Российским государством просуществовала недолго – до середины XVII в.
Что касается реформ, предложенных царем народу, то их программа была выработана узким кругом советчиков Ивана Грозного и включала в себя несколько основных моментов. Прежде всего было принято решение о необходимости создания нового Судебника. Его составили на основе Судебника 1497 г., приняв во внимание то, что с тех пор ситуация в государстве несколько изменилась. Так, например, были подтверждены и уточнены нормы крестьянского перехода в Юрьев день, распространено действие Судебника на те земли, которые за последние полвека были присоединены к Московскому государству, и ликвидировано право монастырей не уплачивать податей в казну. По новому закону было запрещено продавать в холопы боярских детей, а дворяне освобождались от подсудности боярам-наместникам. Введены были также наказания для бояр и дьяков-взяточников.
В середине этого века была реформирована и система взимания налогов, Прежде всего была установлена общая для всего государства единица налогообложения – соха. В зависимости от социального положения владельца земли, плодородия почвы и некоторых других условий соха составляла от 400 до 600 га земли. В городах же в «соху» включалось определенное количество дворов. После отмены кормлений в 1556 г. население стало платить общерусский «кормленичный откуп». Сбор этого налога осуществлялся через губные учреждения. За счет «кормленичного откупа» служилым людям платили «подмогу» для поступления на военную службу. Таким образом, многие реформы середины XVI в. были направлены на создание боеспособного, сильного войска и определение порядка несения воинской службы. Службу «по отечеству» проходили дворяне и боярские дети. В 1556 г. было принято «Уложение о службе», в котором устанавливалось, что дворянская служба теперь переходила по наследству и начиналась с 15 лет. Согласно этому «Уложению» с каждых 100 четвертей земли в одном поле (что соответствовало 170 га) должен был идти на службу один всадник. С первых 100 четвертей отправлялся на службу сам землевладелец, с последующих – его вооруженные холопы. В 1550 г. созданные еще при Василии III отряды пищальников были преобразованы в стрелецкое войско. Стрельцами назывались «служилые люди по прибору». Первоначально стрельцов было около 3 тыс., затем их число было доведено до 25 тыс. Они получали денежное, хлебное или земельное жалование, огнестрельное оружие и обмундирование. Руководил ими специально созданный для этого Стрелецкий приказ. Во время ведения войн войско пополнялось людьми, которых приводили с собой земледельцы («боярские люди»), и теми, которых выставляли тягловые дворы городов и деревни («сборные люди» и «посошные люди»). Кроме того, в русском войске служило около двух с половиной тысяч иностранцев.