Преобразования затронули и органы государственной власти. В 1552 г. была заведена специальная Дворовая тетрадь – полный список Государева двора, в который вошло около 4 тыс. человек. Эти люди именовались дворовыми детьми или дворянами, тогда как бояре и их дети составляли нижний слой служилых людей. В Дворовой тетради дворяне были записаны по тем уездам, в которых они владели землей. Именно из их числа выходила потом дворянская знать: воеводы и городские головы, дипломаты и администраторы. Развивалась и система приказов. Первое письменное упоминание о приказах относится к 1512 г. На момент прихода к власти Ивана IV существовало около 20 приказов, а к концу же века их насчитывалось уже около 30. Наряду с учреждениями общегосударственной власти (например, Посольский приказ, занимавшийся связями с другими государствами, или Разбойный приказ, ведавший судами над «лихими людьми») появляются и территориальные приказы, например приказ Казанского двора. Своеобразной попыткой поставить под контроль приказную и местную администрацию было учреждение Челобитного приказа, который должен был разбирать самые разнообразные жалобы. Суд и административная власть концентрировались теперь в руках губных и земских старост, которые обязаны были заниматься распределением налогов и повинностей, а также осуществлять сыск и следствие по государственным делам.
Естественно, реформы не могли обойти церковную власть на Руси. В январе 1551 г. по инициативе митрополита Макария и царя Ивана Грозного был созван Собор русской церкви. На нем были одобрены как принятие Судебника 1550 г., так и те реформы, которые осуществлялись в Русской земле. Кроме этого, Собор унифицировал церковные обряды, создал единый пантеон святых и принял меры для искоренения пороков в среде духовенства. Церкви запретили заниматься ростовщичеством; кроме того, решено было передать в руки царя все земли, приобретенные церковью до Собора, а впредь приобретать и продавать земельную недвижимость только по разрешению царя. Решения Собора были записаны в сборнике, состоявшем из 100 глав – отсюда и его название «Стоглав».
В ноябре 1559 г. заболела, а затем и скончалась жена Ивана Грозного Анастасия Захарьина. Недавние соратники Ивана Грозного Сильвестр и Адашев были обвинены в отравлении царицы, после чего Сильвестр был сослан в Соловецкий монастырь, а Адашев отправлен воеводой в далекую Ливонию. Что касается митрополита Макария, защищавшего Сильвестра, то от опалы и казни его «спасла» его собственная смерть в 1563 г. В апреле следующего года, опасаясь преследований царя, бежал в великое княжество Литовское Андрей Курбский. Там он возглавил враждебное Руси войско.
В начале декабря 1564 г. Иван IV неожиданно покидает Москву. Поездив некоторое время по окрестным селам, он оседает в Александрове, откуда и посылает два письма в столицу. В одном, адресованном митрополиту, он объявляет о своем намерении оставить престол из-за измены боярства, а в другом, посланном посадским людям Москвы, Иван признается, что на них у него гнева нет. Обеспокоенные москвичи посылают к царю делегацию, которая умоляет Ивана Грозного не покидать их и вернуться на русский престол. Иван соглашается при условии выполнения особых условий этого возвращения. Прежде всего царь потребовал единоличного права судить бояр и налагать на них опалы. Кроме этого, он хотел, чтобы вся страна была поделена на две части: на Земщину, где будет сохранена как царская власть, так и власть Боярской думы, и Опричнину, на которую власть бояр распространяться не будет. Земли в опричнину царь должен будет отобрать сам, по своему усмотрению. И наконец царь требовал, чтобы на земщину был наложен огромный налог в 100 тыс. рублей для заведения опричного войска. (Его численность изначально составляла 1 тыс. человек, но впоследствии там было уже около 5 тыс. опричников.)
Воспользовавшись доносом о том, что новгородцы намерены предаться Литве, Иван Грозный предпринимает поход на Новгород. Захваченный город он отдает на разграбление опричникам, и те за полтора месяца убивают там, по разным данным, от трех до десяти тысяч мирных жителей. По дороге к Новгороду было разгромлено еще несколько городов, в том числе Клин, Торжок, Тверь и др. Вернувшись в Москву, царь занялся разбором дел «соучастников» новгородской и псковской «измены». В результате были подвергнуты пыткам и казнены более сотни москвичей из самых знатных родов. Вскоре дошла очередь и до самих опричников. Многие из них были казнены или просто убиты. В то же время некоторые опричники, как, например, Малюта Скуратов или В. Грязной, вошли в Боярскую думу в качестве думных дворян. В 1575 г. царь попытался возродить опричнину. Сам он принял титул «князя Московского», назначив Великим князем Симеона Бекбулатовича. Однако через полтора года он отменил свое «чудачество», вернул себе престол, а Симеона сослал в Тверь. В третий раз Иван Грозный отрекся от престола в 1582 г., после убийства собственного сына Ивана. Но и на этот раз он в конце концов дал себя «уговорить».