Эль-Кано, живо помнивший томительные недели, которые флотилия Магеллана провела в устье Санта-Крус, Согласно Оярсабалю, Акунья, по-видимому, не был виновен в преднамеренном дезертирстве, несмотря на то что арест за стрельбу по португальскому кораблю и приказ Лоайсы отправиться за лодкой «Сан-Габриэля» могли его озлобить. По мнению Оярсабаля, то, что позже утверждал Акунья, соответствует действительности: он пытался вернуться к флотилии, но ему помешал ветер, несколько дней бушевавший у входа в устье Санта-Крус, вследствие чего он пошел на север за водой и провиантом и после долгого и чрезвычайно трудного плавания добрался до бухты Палое, окончательно отбившись от флотилии и испытав затем самые невероятные злоключения. Они повстречали несколько французских судов, и Акунья отправился к ним в лодке, чтобы узнать новости. Однако французы взяли его в плен, так как Франция тогда воевала с Испанией. В конце концов он в утлой лодчонке добрался до Пернамбуко. Его команда, отказавшаяся сдаться французам, вернулась в Испанию, куда возвратился и Акунья.
Вероятно, с дурным предчувствием думал о новой вынужденной стоянке у этих унылых пустынных берегов под негреющим солнцем. Магеллан пробыл в устье Санта-Крус без малого два месяца, Лоайсе пришлось задержаться там на месяц с лишним. После возвращения «Виктории» королевская комиссия в Вальядолиде долго расспрашивала Эль-Кано, почему Магеллан столько времени провел в патагонских бухтах, и он резко осудил Магеллана за эти задержки.
Новой экспедиции пришлось в Санта-Крус немногим лучше, чем первой. Их даже не навещали индейцы, и у них не было никаких развлечений. Лишь с островка, где находилось лежбище тюленей, доносился далекий лай этих животных. Однако, когда испанцы попробовали на них охотиться, тюлени защищались так яростно, что, по словам Урданеты, ломали в щепы алебарды и пики. «На пляже, по которому мы подбирались к тюленям, было столько бескрылых уток (пингвинов. — М. М.), что мы не смогли пройти дальше». Паж Эль-Кано выказывает незаурядную наблюдательность, описывая рыб, пингвинов, хищных птиц, а также драгоценные камни, которые он там находил, и весьма ярко и подробно изображает последствия опрометчивости матросов, вздумавших съесть печень и селезенку единственного убитого ими тюленя: «Они мучились с головы до пят». Однако, несмотря на все эти невзгоды, команды воспрянули духом. Днище флагмана залатали досками и свинцовыми листами, так что корабль мог отправиться дальше.
23 марта, как утверждает Урданета, или 29 марта, как сообщают кормчие Урьярте и де ла Торре, а также капеллан, флотилия покинула устье Санта-Крус и направилась к проливу. Дул штормовой ветер, хотя, на их счастье, попутный, но море было чрезвычайно бурным. То, что Лоайса и его спутники после перенесенных испытаний все-таки пошли на юг, безусловно, доказывает их мужество.
Флотилия (вернее, то, что от нее осталось, — флагман «Санта-Мария-де-ла-Виктория», «Парраль», «Сан-Лесмес» и «Сантьяго») обогнула мыс Одиннадцати Тысяч Дев у входа в пролив 5 апреля. Три дня спустя они вошли в Первое Сужение. Плавание по шестисоткилометровому лабиринту пролива было непрерывной проверкой их мореходного искусства, и тут большим подспорьем для экспедиции послужило обстоятельство, что Эль-Кано бывал здесь раньше. Благодаря этому им удалось сберечь много времени, и даже, как сообщает Урданета, Первое Сужение флотилия прошла за девять часов.
Какие карты были у Эль-Кано? Две — и на обеих был показан маршрут Магеллана. Автором одной из них был Диего де Рибейра, а другой — королевский картограф Нуно Гарсия де Торено, чья планисфера, упоминавшаяся выше, составлялась по данным, полученным от Эль-Кано, когда он после возвращения из первой экспедиции приехал в Вальядолид. Возможно даже, что карта, которой пользовался Эль-Кано во втором плавании, была просто копией этой планисферы. Но он не располагал ценным описанием первого плавания через пролив, принадлежавшим Хинесу де Мафре, так как де Мафра, оставшийся на Тидоре, вернулся в Испанию только в 1529 году. В своем описании де Мафра во многом использовал материалы, полученные от друга Эль-Кано, кормчего и космографа Андреса де Сан-Мартина, того самого, который незадолго до своей гибели на Себу одолжил Эль-Кано два мореходных трактата.