Un año después, tras un mes de asedio y con la ayuda de máquinas de asalto, los cruzados tomaron Jerusalén y masacraron, en el sentido más literal del término, a toda su población. La sangre en las calles era tanta, que los caballos se encabritaban y relinchaban espantados y los soldados no podían caminar. En mitad de esta carnicería, Godofredo de Bouillon se dirigió a la basílica del Santo Sepulcro para tomar en sus manos la Vera Cruz, pero no la encontró. Ordenó que todos los staurofílakes que hubieran sobrevivido fueran llevados a su presencia, pero no se halló a ninguno. Sometió a tortura a los sacerdotes ortodoxos hasta que estos confesaron que, entre ellos, había tres staurofílakes camuflados: los tres monjes más jóvenes, llamados Agapios, Elijah y Teófanes, los cuales habían permanecido en Jerusalén para vigilar la reliquia. Godofredo los torturó hasta la muerte, azotándolos, sometiéndolos al fuego y, más tarde, desmembrándolos. Teófanes, el más débil, no lo resistió. Con los brazos y las piernas atados ya a los caballos, en el último momento gritó que la Madera se hallaba escondida en la cripta secreta bajo la basílica. Prácticamente sin sentido y llevado a rastras por los soldados de De Bouillon, señaló a duras penas el lugar. Luego, fue abandonado en la calle, a su suerte, y su suerte fue morir apuñalado por manos desconocidas.
La Vera Cruz se convirtió, de este modo, en la reliquia más importante de los cruzados y estos la llevaron consigo, desde entonces, a todas las batallas. Era mostrada a los soldados antes de las contiendas para que les sirviera de estímulo y, durante más de cien años, gracias a la Madera de Cristo, decían, jamás fueron vencidos. Multitud de Lignum Crucis salieron hacia Europa, enviados como regalo tanto a reyes como a papas, a monasterios y a las familias nobles de Occidente. El Leño Santo fue troceado y repartido como si fuera un pastel, pues allá donde llegaba una de sus astillas, afluía la riqueza en forma de peregrinos y devotos. Los staurofílakes contemplaron a distancia tal segmentación, sin poder hacer nada por impedirla. Su contrariedad derivó en un resentimiento ciego, y juraron recuperar lo que quedase de la Vera Cruz costara lo que costase. Pero la tarea resultaba, por el momento, imposible.
Según narraba en su crónica Catón LXXII -el septuagésimo segundo-, algunos de los hermanos se infiltraron entre los cruzados para poder vigilar los movimientos de la Madera. Su miedo era que cayera en manos musulmanas durante alguna batalla o escaramuza, pues los árabes y los turcos conocían perfectamente el significado que tenía para los latinos y sabían que, arrebatándosela, mermarían sus victorias. En aquella misma época (en torno al año 1150), otros grupos de staurofílakes partieron rumbo a las principales ciudades cristianas de Oriente y Occidente. Su plan era establecer relaciones con gentes influyentes y poderosas de manera que pudieran mediar en favor de la hermandad o, llegado el caso, exigir la devolución de la reliquia. Aquellos que partieron, con el tiempo, entraron en contacto con algunas de las muchas organizaciones y órdenes religiosas de carácter iniciático que proliferaban en la Europa medieval y cuyas bases estaban firmemente asentadas en el cristianismo: desde los templarios europeos y los cátaros, hasta la Fede Santa, la Massenie du Saint Graal, el Compagnonnage, los Minnesánger o los Fidei d’Amore, casi todos fueron contactados por los staurofílakes, produciéndose intercambios de información y militancias comunes (muchos staurofílakes entraron en estas órdenes u organizaciones y viceversa). Reclutaron también a muchos de los jóvenes más destacados y principales de las ciudades en las que se habían asentado, con el objeto de que madurasen a la sombra de la hermandad antes de ocupar las posiciones de poder que les estaban destinadas por familia y nacimiento, pero para estos muchachos ser guardianes de la Vera Cruz era algo intangible; la Madera Santa continuaba radicada en Jerusalén y Jerusalén quedaba demasiado lejos. Muchos de ellos abandonaban la hermandad a los pocos años de haber entrado y fue, precisamente, uno de estos prófugos quien comunicó a las autoridades eclesiásticas de Milán todo lo que sabía sobre los staurofílakes. Para aquel jovenzuelo su delación no tuvo la menor importancia, su vida no se vio alterada y no volvió a recordar el asunto. Un año después, sin embargo, en Jerusalén y Constantinopla, los miembros de la hermandad, incluido Catón LXXV, fueron detenidos en sus casas y llevados a prisión, donde se les recordó que eran excomulgados y que su hermandad había sido disuelta cien años atrás por Godofredo de Bouillon, por lo que se les consideraba relapsos y, por tanto, reos de muerte. Todos, sin excepción, fueron ajusticiados.
El siguiente Catón, que refería estos tristes acontecimientos al inicio de su escrito, fue uno de los staurofílakes que se había establecido en Antioquía. Convocó a todos los hermanos a una asamblea en esta ciudad a finales del año 1187 y tuvo que empezar su salutación con la terrible noticia que estaba ya en boca de todos: el caudillo ayyubí, Saladino, había derrotado a los cruzados en la batalla de Hattina, en Galilea, y, según los staurofílakes que habían estado presentes, había arrancado de las manos del rey cruzado vencido, Guy de Lusignan, la reliquia de la Vera Cruz. El Madero de Jesucristo había caído en manos musulmanas.
Muchas cosas importantes se decidieron en aquel encuentro de Antioquía, que se prolongó a lo largo de varios meses. Además de elegir a los hermanos que se infiltrarían en el ejército de Saladino para vigilar de cerca la Vera Cruz y, si era posible, robarla (Nikephoros Panteugenos, Sophronios de Teila, Joachim Sandaiya, Dionisios de Dara y Abraham Abdounita), se expresó la necesidad de seleccionar cuidadosamente a los aspirantes a staurofílax, de modo que no volviera a producirse nunca la traición que había terminado con la vida de los hermanos de Jerusalén y Constantinopla y con Catón LXXV. Por ello, otros quince hermanos de Roma, Rávena, Atenas, Antioquía y Alejandría se encargarían de preparar un proceso de iniciación lo suficientemente riguroso como para que sólo los mejores y los más devotos entraran realmente en la hermandad. No habría piedad para quien no superara dichas pruebas y su boca sería cerrada para siempre. Un grupo de doce staurofílakes fueron comisionados para encontrar el lugar más recóndito y seguro del orbe, donde sería escondida la reliquia en cuanto fuera recuperada. Una vez que la Verdadera Cruz volviera a manos de la hermandad, nunca más saldría de dicho lugar y nunca más se permitiría que ningún profano pudiera volver a tocarla. Ni a tocarla ni a verla, pues el escondite debía ser realmente inexpugnable. Los doce hermanos recorrerían el mundo hasta hallar el sitio idóneo y, mientras tanto, todos los esfuerzos del resto de staurofílakes debían encaminarse a la recuperación urgente de la reliquia. Más de ochocientos años de existencia no podían terminar con un fracaso.
Al cabo de pocos meses, toda Tierra Santa había caído en poder de Saladino y los cruzados se vieron obligados a replegarse hacia las costas de Tiro, en el Líbano. Los staurofílakes estuvieron detrás de la organización de la segunda Cruzada.
En agosto de 1191, Ricardo Corazón de León puso sitio, por fin, a los ejércitos musulmanes y los derrotó en numerosas batallas. Los musulmanes aceptaron empezar a negociar la devolución de la Vera Cruz y un grupo de enviados del rey cristiano, entre los que había un staurofílax, pudo ver la reliquia y venerarla; pero, entonces, Ricardo, en un gesto absurdo e inexplicable, mató a dos mil prisioneros musulmanes y Saladino rompió las conversaciones.
El grupo de staurofílakes encargado de organizar el proceso de iniciación de los aspirantes a entrar en la hermandad, culminó su trabajo en julio del año 1195. La información se hizo llegar a todos los hermanos a través de emisarios que recorrieron las principales ciudades del mundo y, poco tiempo después, el primer candidato inició las pruebas. Catón LXXVI describía así el contenido de las mismas: