В живой жизни исторически и этнически разные явления часто сосуществовали, и с этим ничего нельзя было поделать — это можно было только понять и принять. Лённрот относился к подобным разновременно-одновременным и сосуществующим явлениям не без облегчающего душу юмора. На Валааме в час положенного послеобеденного отдыха, предписанного монастырским распорядком, он решил вздремнуть на открытом воздухе в лесочке. По рассказам монахов, на острове водилось много змей, причем их запрещалось уничтожать на святой земле. Лённрот в очерке заметил по этому поводу, что ему змеи были не страшны — от их укусов его оберегал весь запас антизмеиных карельских заговоров и заклинаний.
Из своего первого фольклорного путешествия Лённрот возвратился в начале сентября 1828 г. в имение Лаукко к Тёрнгренам. А в конце октября того же года он отправился в Хельсинки учиться медицине. Необходимо было принять решение о будущей профессии, торопили обстоятельства. Лённрот был в долгах, ему и впредь еще предстояло учиться в долг. Зато будущая врачебная профессия сулила постоянный заработок, которого он был до сих пор лишен. К медицине его склоняли и профессор Тёрнгрен, и врач Сабелли, знакомый Лённроту еще по городу Хямеенлинна и иногда помогавший ему материально.
То, что Лённрот поступил на медицинский факультет после окончания философского, не было в ту пору исключением. Напротив, в тогдашнем университете это было почти нормой, многие врачи шли тем же путем: получали предварительное гуманитарное образование и только потом специализировались. Этим отчасти объясняется, почему у ряда финляндских врачей обнаруживались устойчивые гуманитарные наклонности. В качестве примера можно сослаться на С. Топелиуса-старшего, на друга Лённрота доктора Ф. Ю. Раббе, на университетского профессора-медика И. Вассера, лекции которого Лённрот слушал, но который в 1830 г. уехал в Швецию и участвовал там вместе с другим финляндским эмигрантом А. И. Арвидссоном в открытой полемике по вопросам будущего развития Финляндии.
В отличие от древнего Турку, имевшего свои традиции, новая столица Хельсинки, куда в 1827 г. был переведен университет, даже не успел еще стать настоящим городом. В нем преобладали разрозненные деревянные постройки, новые правительственные здания только закладывались. Большие неудобства испытывал университет, в особенности медицинский факультет.
Тем не менее учеба продвигалась, в декабре 1830 г. Лённрот получил степень кандидата медицины. В мае следующего года он сдал лиценциатские экзамены, а в июне защитил диссертацию по народной (магической) медицине и вскоре на официальных промоциях был удостоен степени доктора медицины.
Но фольклорно-филологические и гуманитарные увлечения остались. Уже летом 1831 г. Лённрот совершил свою вторую экспедиционную поездку, вновь намереваясь добраться до Беломорской Карелии и вновь не осуществив до конца своего намерения. На этот раз его как врача срочно отозвали в Хельсинки в связи со вспыхнувшей эпидемией холеры. Город он застал словно вымершим, было уже много больных, воздвигались холерные бараки, люди в страхе уезжали из города, университет был закрыт, всякие увеселения и сборища запрещены. Тогдашняя медицина еще недостаточно знала о холере, инструкции с современной точки зрения были ошибочными и даже опасными, лечение и профилактика были затруднены. Врачей не хватало, их приглашали извне, в том числе из Петербурга, где тоже бушевала холера. Больные не доверяли врачам и лекарствам, по Хельсинки ходили слухи о злонамеренных отравлениях, возникла угроза «холерных бунтов».
Все это Лённрот пережил на себе и работал не покладая рук. Он рассказывал, например, про случай, когда прописанное больному рвотное лекарство родственники сначала дали на пробу кошке, которая от чрезмерной порции не выжила, и лекарство было отвергнуто как отрава.