Из наблюдений Лённрота следует, что тогдашняя граница между Финляндией и российской Карелией не изолировала людей настолько, чтобы исключить всякие контакты, в том числе в вопросах веры. В Финляндии были православные приходы со своими священниками, сотни карельских коробейников ежегодно ездили в Финляндию. В пограничных российско-карельских деревнях наблюдался, по свидетельству Лённрота, и некоторый интерес к лютеранству. «Народ здесь очень религиозный, — писал он, — но все же не настолько, чтобы презирать наше вероисповедание. Когда наши священники проводят в деревнях по финскую сторону границы проверки по чтению катехизиса и объясняют Библию, многие крестьяне из ближних русских деревень обычно приходят их послушать. Некоторые, я слышал, говорили, что им больше нравится, как объясняют слово Божье наши священники, чем свои».
Отчасти это могло происходить именно потому, что лютеранская церковь приучала людей к грамоте. В карельских деревнях грамотных крестьян, по представлению Лённрота, было мало, разве что один человек из ста. В каждом приходе (волости) полагался священник, но в Вуоккиниеми его не было. Приезжий священник бывал раз-другой в год, совершал спешно обряды — крестил, венчал, отпевал. О продвижении грамотности среди крестьян в этих условиях говорить было трудно, к тому же у жителей не было религиозных книг. «А учиться они безусловно хотят, — считал Лённрот. — Если бы сочли грамотность полезной, то ее развитию можно было бы способствовать, нанимая учителей из числа православных финнов в приходах Иломантси и Липери. В обоих приходах крестьяне свободно читают финские книги и могли бы, не испытывая особых затруднений, обучить этому своих единоверцев».
Одной из черт рационалистической натуры Лённрота было то, что он не испытывал особого пиетета к священнослужителям — ни к лютеранским, ни к православным. Среди его знакомых были пасторы, с которыми он поддерживал деловые и дружеские отношения, но скорее светского характера. Впрочем, о Лённроте рассказывают, что поскольку он уже в отрочестве был начитан в церковных книгах, местные прихожане в Самматти иногда просили его прочесть проповедь в церкви, в чем он не отказывал. Такое, по рассказам, случалось и в позднем возрасте, когда Лённрот жил на профессорской пенсии в Самматти. Неизвестно, о чем проповедовал Лённрот в церкви, — скорее всего о нормах христианской морали и о более или менее земных людских заботах. Во всяком случае его письма к знакомым священникам были обычно «мирскими» и не затрагивали непосредственно вопросов веры; в них шла речь о каких-нибудь практических делах, например, о просветительной деятельности, об издании газет и т. д.
Была, правда, одна тема, обязывавшая Лённрота касаться вопросов религии, хотя тоже больше со стороны практической жизни. Тема эта — уже упоминавшееся пиетистское религиозное течение внутри лютеранства. К пиетизму Лённрот относился отрицательно, причем еще и как врач, поскольку ему приходилось сталкиваться со случаями, когда крайние формы изнуряющей религиозной экзальтации и фанатизма приводили к психическим расстройствам и даже к гибели людей. В области духовной пиетисты осуждали все светское образование, просвещение и даже народную культуру, якобы противопоказанные истинному христианству.
В 1835 г. Лённрот выступил в газете «Гельсингфорс Моргонблад» со статьей о пиетистском сектантстве в округе Кайнуу, которая вызвала ответную полемику со стороны пиетистских священников. Лённрота обвинили в «безбожии», в том числе за его просветительную и фольклорно-публикаторскую деятельность; он вынужден был напечатать в своем журнале «Мехиляйнен» статью-протест пастора-пиетиста Ю. Ф. Берга, который вступил с ним также в частную переписку. Из двух ответных писем Лённрота к Бергу явствует, что ему необходимо было как-то определиться в своих собственных религиозных убеждениях. В письмах Лённрот упоминал о своем прежнем «безверии» (имелись в виду сомнения в некоторых религиозных догматах, например, в воскрешении из мертвых), допускал мысль о возможной односторонности своих суждений о пиетизме и выражал надежду, что ему удастся как-то приблизиться к Богу, а молодым пиетистским священникам — придать движению более приемлемое направление.