Явная опасность, по крайней мере для Филби и Берджесса, пока никак не проявлялась. Более того, Берджесс получил назначение в английское посольство в Вашингтоне. Тем временем американские и английские спецслужбы продолжали работать над дешифровкой советских шифртелеграмм и вышли на источник утечки информации из британского посольства в Вашингтоне в 1945–1946 годах. Путем сопоставления указанных в переписке дат встреч в Нью-Йорке и поездок в этот город британских дипломатов они пришли к выводу, что источником советской разведки в Форин Офис, о котором говорили в свое время предатель Вальтер Кривицкий и несостоявшийся перебежчик Константин Волков, был Дональд Маклин, занимавший в то время пост начальника американского департамента Министерства иностранных дел. Ким Филби, принимавший по долгу службы самое непосредственное участие в этом расследовании, знал, что за Маклином установлено наблюдение и его арест может произойти в любой момент.
В этих условиях какие-либо контакты Маклина с советскими связными были исключены. И Филби вместе с Берджессом придумал, как предупредить своего товарища об опасности, не вызывая подозрений контрразведки. Гай Берджесс, имевший репутацию возмутителя спокойствия, за один день был трижды задержан американской полицией за превышение скорости в нетрезвом виде. По этому поводу Госдепартамент сделал британскому послу соответствующее представление. Вкупе с ранее совершенными Гаем прегрешениями оно переполнило чашу терпения посла, и он был отправлен в Лондон. Оказавшись в Лондоне, Берджесс самым естественным образом явился к начальнику американского департамента, а именно к Маклину, чтобы доложить о своем прибытии — на самом деле, чтобы предупредить его и помочь выехать в Советский Союз.
Маклин исчез из Лондона 25 мая 1951 года, буквально накануне его запланированного ареста. Вместе с ним исчез и Берджесс, хотя согласно плану он должен был сопровождать Дональда только до определенного пункта в Европе. Уход Берджесса был для Филби весьма неприятной неожиданностью потому, что он сам попадал под весьма обоснованное подозрение из-за близких отношений с Гаем. Первое, что он сделал, избавился от вещественных улик — фотоаппарата и прочего секретного снаряжения, — закопав их в лесу под Вашингтоном. После этого оставалось только ждать и продумать подготовку к предстоящему служебному расследованию. Филби оценил свои шансы и решил, что будет стоять до конца.
Развитие событий не заставило себя ждать. Через несколько дней Ким был отозван в Лондон, где прямо с самолета был приглашен на беседу в СИС. За первой беседой последовали серия допросов, увольнение «по собственному желанию», сдача паспорта и новая серия допросов, которую проводил известный своим мастерством следователя Вильям Скардон. Именно он сумел подавить волю Клауса Фукса к сопротивлению и выжать из него много полезной для контрразведки информации. Но Филби был ему не по зубам. Благодаря заранее проделанному анализу своей параллельной работы в английской и советской разведках, Ким определил уязвимые моменты своей биографии и был готов ответить на многие вопросы. Позднее он вспоминал, что самым неожиданным было предъявление ему Скардоном фотографического портрета, на котором он был изображен с курительной трубкой. Фото было сделано в молодые годы Филби, и его авторство приписывалось контрразведкой Эдит Тюдор Харт, что указывало на его связь с этой женщиной, находившейся под подозрением контрразведки из-за ее левых взглядов и участия близких ей людей в одной из разведывательных операций. Филби не стал придумывать каких-либо объяснений и сказал, что не помнит, кто и когда сделал это фото. Он говорил правду, так как действительно не помнил этого факта.
Осенью 1952 года контрразведка оставила Филби в покое, который он сам называл вооруженным нейтралитетом. Действительно, поверить в то, что он развеял все подозрения, было бы просто непрофессионально. Но было вполне профессионально предположить, что ни у СИС, ни у МИ-5 не было достаточно веских улик, чтобы дать его делу судебный ход. Филби находился в подвешенном состоянии. Выходное пособие, которое он получил в СИС при увольнении, иссякло, и других источников дохода не предвиделось. Советская разведка соблюдала максимальную осторожность: любая неосторожная попытка контакта с Филби могла оказаться для него роковой. И все же в Лондон был направлен Юрий Иванович Модин, опытный разведчик, который ранее работал с «Кембриджской группой». На одной из публичных лекций Энтони Бланта, который в это время целиком посвятил себя искусству и был инспектором королевских галерей, он установил с ним контакт и передал деньги для Филби. Для Кима это было спасением, так как случайная работа, на которую он мог тогда рассчитывать, позволяла ему лишь перебиваться с хлеба на воду.