На том последнем в их жизни свидании, 3 декабря 1916 года, сёстры не поняли друг друга. Расстались с тяжёлым чувством, с обидой. Именно после той встречи Елизавета Фёдоровна отправилась в Саровскую обитель, стремясь, помимо прочего, восстановить душевное равновесие, а императрица вместе с дочерьми совершила паломничество в Новгород, где в Десятинном монастыре навестила знаменитую старицу-затворницу Марию Михайловну. «Мы пришли к ней пешком по мокрому снегу, — напишет Александра Фёдоровна супругу. — Она лежала на кровати в маленькой тёмной комнате, потому мы захватили с собой свечку, чтобы можно было разглядеть друг друга. Ей 107 лет, она носит вериги (сейчас они лежат около неё), — обычно она беспрестанно работает, шьёт для каторжан... Она седая, у неё милое, тонкое, овальное лицо с прелестными, молодыми, лучистыми глазами, улыбка её чрезвычайно приятна. Она благословила и поцеловала... Мне она сказала: “А ты, красавица — тяжёлый крест — не страшись” — (она повторила это несколько раз)». Александра не страшилась. А если чего-то и боялась, то, как и Елизавета, лишь одного — оказаться слабой в исполнении христианского долга и недостойной Божией милости.
Между тем победу одержали те, кто давно отпал от истинной веры и, поправ элементарную мораль, пошёл на убийство. Выстрелы в Юсуповском дворце на Мойке поставили точку в «распутинской» истории. Елизавета Фёдоровна расценила это как неизбежный результат, как вынужденный поступок людей, желающих спасти монархию и Россию. «Не хочу знать подробности, — писала она Николаю II, — говорят, замешаны очень многие, все высланы в разные края, и слава Богу, что это было сделано, преступление остаётся преступлением, но это, будучи особого рода, может быть сочтено дуэлью и делом патриотизма, а за такие проступки закон, я думаю, смягчает наказание».
Дмитрия Павловича и Феликса Юсупова поместили под домашний арест. Они содержались в принадлежавшем теперь Дмитрию Сергиевском дворце под охраной вооружённого караула внутри и жандармов снаружи. На телеграмму тёти Эллы племянник не ответил. Его выслали на турецкий фронт в Персию (чем невольно спасли от гибели в революцию), Юсупову предписали выехать в его имение Ракитное.
Наступил 1917 год... Накануне Елизавета Фёдоровна попросила не поздравлять её с Рождеством Христовым и с Новолетием. Было совсем не до праздников. Точно так же, через объявление в газетах, она ещё в сентябре отказалась принимать поздравления с тезоименитством, объясняя свой шаг условиями войны. Россия переживала трудное время, когда радость и душевный подъём могли исходить лишь от работы в помощь стране и от молитвы о скором её спасении. Утром 1 января Великая княгиня отправилась в Троице-Сергиеву лавру. Спустя три дня она вновь посетила обитель преподобного Сергия и снова, уже последний раз в жизни, поехала туда в конце месяца. Что-то усиленно тянуло её тогда к этой святыне — к Божиему угоднику, который всегда так высоко ею почитался. К тому, чьё имя было ей особенно дорого, к тому, чей праздник станет и днём её святой памяти.
В начале года Елизавета Фёдоровна написала княгине 3. Н. Юсуповой: «Я работаю, как всегда, много, и это меня поддерживает. Всё грустно, грустно и затянуто тучами, громы войны и глухой ропот беспокойных душ — когда взойдёт солнце? Когда Бог благоволит снять с нас бремя, которое дьявол возверг из ада на бедную Россию? Нужны молитвы, терпение и надежды. Мы не можем всего понять, понять причину, но Богу она ведома, и если совесть чиста, а вера крепка, всё можно перенести, как мученики в давние времена».
Новости, приходившие из Петрограда (стачки, демонстрации, солдатский бунт), всколыхнули Москву. Забастовки переросли в митинги, митинги — в восстание. 1 марта, по примеру столицы, на сторону восставших перешёл военный гарнизон, после чего власть в городе сменилась, доставшись комиссару Временного правительства.
В тот же день у ворот Марфо-Мариинской обители собралась большая толпа. Шумели, кричали, пытались прорваться за ворота. Подъехала новая группа «революционеров» — в основном выпущенные из тюрем уголовники. Потребовали впустить их на территорию, где, как считали, хранилось оружие, грозили арестовать настоятельницу по подозрению в шпионаже. Осмотрев обитель и поговорив с Великой княгиней и отцом Митрофаном, «борцы свободы» разошлись, явно разочарованные. Новые городские власти поспешили с извинениями, рекомендуя Елизавете Фёдоровне переехать для безопасности в Кремль — царивший в Москве хаос мог обернуться чем угодно. Она осталась в обители. Работала вместе с сёстрами, ухаживала за больными. Только обязанности председателя в некоторых учреждениях решила с себя снять. Для безопасности других людей.