Нервы были на пределе, организм ослаб — летом Великая княгиня заболела, но быстро поправилась, продолжив трудиться и следить за происходившим. 15 августа в Успенском соборе Кремля открылся Всероссийский поместный собор, готовившийся одиннадцать лет и предполагавший восстановление патриаршества. Это вселяло надежду на укрепление духовного здоровья России, однако политические события постоянно ухудшали ситуацию. Бесконечная демагогия, анархия, делёж власти, провал вооружённого выступления Корнилова, провозглашение республики...
Марфо-Мариинскую обитель навестил отец Серафим Кузнецов, игумен Серафимо-Алексеевского скита возле Перми. За последние годы он тесно сошёлся с Великой княгиней, увидевшей в нём единомышленника, понимающего собеседника, родственную душу. Бывая у неё в гостях, отец Серафим служил в обительском храме (последний раз на Рождество 1916 года) и всегда удостаивал проникновенной духовной беседы. Теперь, поражённый видом похудевшей и измученной настоятельницы, он старался утешить её в новых скорбях, а она, не скрывая слёз, говорила о крушении своих идеалов, о растерянности, о боли за Россию, за народ, за Царскую семью. Игумен предложил уехать на Урал, где можно было укрыться в старообрядческих скитах. Елизавета Фёдоровна отказалась. И на прощание добавила: «Если меня убьют, то прошу вас, похороните меня по-христиански».
Очередной, сокрушительный удар по стране был нанесён в конце октября. В Петрограде, где фактически уже никто ничего не контролировал, большевистский переворот произошёл легко и быстро. Но в Москве дела обстояли иначе. Вспыхнув одновременно с петроградским, здешнее восстание быстро столкнулось с сопротивлением части офицеров и юнкеров. В городе начались перестрелки, отдельные объекты переходили из рук в руки, захваченный Кремль большевики уступили юнкерам. Улицы ощетинились баррикадами, кое-где рылись окопы, отовсюду звучали выстрелы. На четвёртый день развернулась упорная борьба за центр.
В ту пору в Москве оказалась племянница Елизаветы Фёдоровны, Мария. Служившая во время войны сестрой милосердия в Пскове, она с началом революции вернулась в Петроград, где познакомилась с князем Сергеем Путятиным, за которого вскоре вышла замуж. Чтобы представить нового мужа тете Элле, а заодно забрать из банка фамильные драгоценности, Мария приехала в Первопрестольную и тут же попала в самую гущу событий. Вышедших из дома супругов окатил град пуль. В поисках укрытия они бросились бежать, смешались с толпой, метались по улицам. Мимо проносились грузовики с солдатами, палившими без разбора во все стороны; свист пуль и звон разбитых стёкол гнали по городу обезумевших от ужаса москвичей. «Они падали, — вспоминала Мария, — вставали или оставались лежать на земле; крики и стоны смешивались с грохотом выстрелов и взрывами снарядов; в воздухе висела плотная пелена отвратительно пахнувшей пыли». На Театральной площади её вместе с мужем едва не расстреляли прямой наводкой, спасение можно было объяснить только чудом.
Ударила тяжёлая артиллерия. Орудия большевиков палили с Воробьёвых гор, били с набережных, со Швивой горки. Методично, бессмысленно и беспощадно красногвардейцы крушили Москву. Мощной бомбардировке подвергся Кремль — снаряды пробили купол Успенского собора, изрешетили церковь Двенадцати апостолов, сильно повредили Николаевский дворец и Чудов монастырь. Никольскую башню искорёжили выбоины, у Беклемишевской снесло верхушку, на Спасской были разбиты куранты. 3 ноября ценой сотен жертв в городе окончательно установилась советская власть.
Потрясённая, подавленная Елизавета Фёдоровна восприняла трагедию по-христиански. «Святой Кремль, с заметными следами этих печальных дней, — признавалась она графине А. А. Олсуфьевой, — был мне дороже, чем когда бы то ни было, и я почувствовала, до какой степени Православная Церковь является настоящей Церковью Господней. Я испытала такую глубокую жалость к России и к её детям, которые в настоящее время не знают, что творят. Разве это не больной ребёнок, которого мы любим во сто раз больше во время болезни, чем когда он весел и здоров? Хотелось бы понести его страдания, научить его терпению, помочь ему. Вот что я чувствую каждый день. Святая Россия не может погибнуть. Но Великой России, увы, больше нет». Все её упования возлагались теперь лишь на Божию милость, возможную с прозрением народа, с покаянием. Ведь не могут же люди без конца находиться в заблуждении, в страшном дурмане. Побывав на службе только что избранного патриарха Тихона, Великая княгиня смогла почувствовать какую-то призрачную надежду на исцеление страны, но как и откуда оно может прийти, оставалось неизвестным. «Пути Господни неисповедимы, — напишет Елизавета Фёдоровна сестре Виктории, — и, может быть, то, что мы не можем знать нашего будущего, — великая благодать. Страна наша распадается на кусочки, всё, что было приобретено за века, разрушается нашим народом, теми, кого я любила всем сердцем. Поистине, душа его больна, он ослеплён и не видит, куда мы все идём, и от этого болит сердце. Но я не испытываю горечи — можно ли критиковать или осуждать человека, находящегося в горячке, лунатика? Его можно лишь пожалеть и уповать на то, что найдутся добрые проводники, которые смогут удержать его от разрушения всего и убийства всех, кто попадётся ему под руку».