Мы работаем, молимся, надеемся, и каждый день чувствуем милость Божию. Каждый день мы испытываем постоянное чудо. И другие начинают это чувствовать и приходят в нашу церковь, чтобы отдохнуть душой. Молитесь за нас, моя дорогая».
На третий день Пасхи, 7 мая (24 апреля старого стиля), когда отмечался праздник Иверской иконы Божией Матери, в обитель приехал патриарх Тихон. Отслужил молебен, побеседовал с настоятельницей и сёстрами. А примерно через полчаса после его отъезда в ворота обители позвонили. На всю жизнь сёстры запомнят этот звонок — громкий, долгий, настойчивый. В сопровождении латышских стрелков появились чекисты, сразу предъявившие мандат на арест Великой княгини. Распоряжение исходило от председателя ВЧК Ф. Э. Дзержинского.
Поднялась паника. Со всех сторон сёстры бежали к больничной церкви, плакали, крестились. Елизавета Фёдоровна стояла в Марфо-Мариинском храме, бледная, но спокойная. «Не плачьте, не плачьте, — говорила она, — на том свете увидимся». Ей дали тридцать минут на сборы, в течение которых она ещё успела поблагодарить сестёр и отца Митрофана. Всех благословила. Было около шести часов вечера, когда Великую княгиню вывели из ворот обители.
Вместе с ней вызвались ехать две крестовые сёстры, Екатерина Петровна Янышева и Варвара Алексеевна Яковлева. Екатерина приходилась невесткой (вдовой сына) протопресвитеру Иоанну Янышеву, когда-то наставлявшему Елизавету Фёдоровну в православии и совершившему обряд её перехода в Русскую церковь. Варвара происходила из мещанской семьи Тверской губернии, в тридцатилетием возрасте поступила в обитель одной из первых и вместе с Екатериной выполняла обязанности келейницы (служанки) Великой княгини. Чекисты не возражали. Трёх женщин посадили в машину и под охраной повезли навстречу последним испытаниям судьбы.
Поезд шёл медленно. Тянулись бесконечные вёрсты, сменялись станции и полустанки, менялись часовые у дверей. В вагоне не хватало элементарного, включая стаканы и чайник, которые пришлось добывать самостоятельно. Больше всего Великую княгиню угнетала невозможность питаться, как давно привыкла, по-вегетариански, отчего приходилось полуголодать. Она держалась. Читала Святое Писание и книгу святителя Иоанна Тобольского, черпая в них силу и находя ответы на то, что волновало.
На второй день пути Елизавета Фёдоровна написала письмо сёстрам обители, которое чудом дошло до адресатов: «Не могу забыть вчерашний день, все дорогие, милые лица. Господи, какое страдание в них, о, как сердце болело. Вы мне стали каждую минуту дороже. Как я вас оставлю, мои деточки, как вас утешить, как укрепить? Помните, мои родные, всё, что я вам говорила. Всегда будьте не только мои дети, но и послушные ученицы. Сплотитесь и будьте как одна душа все для Бога, и скажите как Иоанн Златоуст: “Слава Богу за всё”. Я буду жить надеждой скоро опять быть с вами, и хочется всех найти вас вместе. Читайте вместе послания Апостолов, кроме Евангелия. Старшие сёстры, объединяйте сестёр ваших. Просите патриарха Тихона “цыпляточек” взять под своё крылышко...
Если нигде не будет опоздания, тогда на пятый день только прибудем. Екатерина вернётся поскорее к вам, всё расскажет, как мы устроились. Нам даны очень милые Ангелы-хранители. Мало спали, потому что думы, думы ползут. Спасибо за провизию. По дороге достанем ещё... Не могу выразить, как я до глубины души тронута, обрадована вашими письмами. Все без исключения вы мне написали, что будете стараться жить так, как я часто с вами об этом говорила... Господь нашёл, что нам пора нести Его крест. Постараемся быть достойными этой радости. Я думала, что мы будем так слабы, не доросли нести большой крест. “Господь дал, Господь и взял”. Как угодно было Господу, так и сделалось. Да будет имя Господне благословенно навеки».
Прибыли в Пермь. Сначала разместиться удалось в Успенском женском монастыре, где монахини помнили приезд Великой княгини летом 1914 года и теперь делали всё возможное, чтобы облегчить её положение. Было ли известно ей, что в Перми находился в это время отбывающий ссылку брат императора, Великий князь Михаил Александрович? Скорее всего, да. И наверняка в свою очередь Михаил узнал о приезде тёти Эллы, но в личных дневниках он не обмолвился об этом ни словом. Страх и осторожность определяли теперь многие слова и поступки, однако и при таких обстоятельствах Великая княгиня не побоялась послать в Екатеринбург томящейся в заключении Царской семье пасхальные гостинцы — яйца, шоколад, кофе.