Белая армия продолжала отступать. Оставляя Сибирь, отдельные части перебирались в Китай, и генерал М. К. Дитерихс посчитал правильным перевезти туда же останки алапаевских мучеников. В апреле 1920 года через Харбин и Мугден отец Серафим доставил восемь гробов в китайскую столицу, где их с почестями похоронили на кладбище Русской Духовной миссии в двух километрах от Пекина. Была пятница Светлой седмицы. «Когда гробы с останками Царственных мучеников были внесены в церковь, — напишет позднее начальник Миссии архиепископ Иннокентий (Фигуровский), — и когда раздалось пение тропаря: “Да воскреснет Бог”, — настроение наше резко изменилось, и на душе стало радостно. Верилось, что Господь не допустит окончательной гибели России, и Россия вновь восстанет в прежнем величии и мощи, славя Воскресшего из мёртвых».
В кладбищенской церкви Серафима Саровского устроили специальный склеп, но и он не стал для Елизаветы Фёдоровны окончательным местом упокоения. Её сестра Виктория, убедившись в гибели дорогой Эллы, сочла пекинское пригородное кладбище совсем неподходящей территорией для могилы Великой княгини. Выполнить же волю Елизаветы, желавшей быть похороненной в Москве, в своей Марфо-Мариинской обители, было, разумеется, невозможно, и, поразмыслив, Виктория нашла самое оптимальное решение — Иерусалим. Он соединял всё — глубокую веру сестры и её подвижничество, включавшее заботу о Святой земле, присутствие членов Палестинского общества, которое недавно находилось под её руководством и которому можно было доверить её усыпальницу, прекрасную русскую церковь, посвящённую памяти её свекрови, российской императрицы и урождённой гессенской принцессы. Наконец, по итогам войны Иерусалим находился под английским мандатом, что устраняло политические сложности.
Сегодня мало кто знает, что принцесса Виктория хотела перевезти на Святую землю всех алапаевских мучеников, однако Елена Сербская (жена Иоанна Константиновича) вознамерилась самостоятельно решить судьбу других останков (в итоге так ничего и не сделав), а потому в очередную дорогу отправились только гробы Елизаветы Фёдоровны и её келейницы Варвары. 30 ноября 1920 года в сопровождении всё того же отца Серафима и двух послушников их вывезли из Пекина, доставили в Тяньцзинь и на пароходе, через Шанхай, повезли в Порт-Саид. Там, спустя два месяца, скорбный груз встречали принцесса Виктория, её муж Луис Александр Маунтбеттен (маркиз Милфорд-Хейвен) и дочь Луиза, та, что вместе с матерью и тётей Эллой путешествовала по Уралу летом 1914 года. К ним присоединилась супружеская пара Струковых — Николай Владимирович, служивший в своё время секретарём Великой княгини, и Екатерина Николаевна (урождённая Козлянинова), её любимая фрейлина Китти, много лет проведшая рядом с Елизаветой Фёдоровной. Виктория звала и других лиц из окружения сестры, но никто больше не откликнулся. У всех были свои дела, свои проблемы...
Ровно в час дня 28 января 1921 года поезд с останками мучениц прибыл на Иерусалимский вокзал. Отсюда после совершенной на перроне панихиды траурный кортеж двинулся в сторону храма Святой Марии Магдалины. Автомобили-катафалки сопровождались британским губернатором, служащими ИППО, русским и греческим духовенством. По дороге их дополнили сёстры Елеонской обители с крестами и хоругвями, другие русские люди и православные арабы. Третьи похороны Елизаветы Фёдоровны превратились в её второе, посмертное паломничество в Иерусалим. От храма Успения Божией Матери гробы понесли на руках, медленно поднимаясь в гору под пение молитв. Гроб Великой княгини поддерживал супруг Виктории, которому, как вскоре окажется, оставалось жить всего восемь месяцев.
Погребение состоялось 30 января. После совершенных патриархом Дамианом богослужений тела мучениц перенесли в усыпальницу, приготовленную в отдельном помещении нижней части церкви, где они будут находиться шестьдесят лет вплоть до первой канонизации Елизаветы Фёдоровны и её преданной келейницы. Тогда, уже как святые мощи, их положат в храме.