Но, как свидетельствует Норман Джонс7, путь создания протестантской церкви оказался тернистым. Сначала все шло хорошо. В феврале 1559 года Тайный совет направил в Палату Общин билль с требованием восстановления королевской власти над церковью и два билля с требованием возродить протестантские службы времен Эдуарда. К 21 февраля эти три документа были объединены в Билль о реформации, одобренный Палатой Общин. Но в Палате Лордов билль встретил сопротивление: из него было исключено требование о восстановлении Книги общих молитв, хотя и в таком исправленном виде Билль позволял королеве быть во главе церкви при ее желании. Оппозицию возглавили католические епископы, которые пользовались столь мощной поддержкой светских пэров, что стали угрозой для официальной политики. Протестантским советникам удалось перехватить инициативу через сочетание политической силы и политической удачи: развернувшиеся на религиозной почве споры выставляли католических священников мракобесами и консерваторами, двое из них были арестованы, а сила остальных была сломлена болезнями и смертью.
После Пасхи правительство сыграло наверняка, направив в Палату Общин два билля: один с требованием верховенства, а другой по вопросу литургии. Содержание биллей было менее обидным для консерваторов, и оба они проняли через Палату Общин. Билль о верховенстве делал королеву главой церкви и отменял законы о ереси. Билль был утвержден Палатой Лордов, несмотря на возникшую оппозицию со стороны католических священников, частично благодаря тому, что пыл консервативных пэров был охлажден спорным вопросом о церковных землях. Билль о единообразии прошел более сложный путь: в Палате Лордов он был принят с перевесом всего в три голоса, встретив оппозицию со стороны всех епископов, двух тайных советников и еще семерых пэров. Сила консерваторов при голосовании была ослаблена арестами, а также уступками, предпринятыми королевой, чтобы сделать молитвенник менее обидным для них. Были изменены слова обряда причастия, которые приводились в соответствие с католической верой о наличии тела и крови Христа в хлебе и вине; одежды священнослужителей и украшения церкви были заимствованы из католической мессы; из литании были исключены бранные слова папы, а во время церковных служб священнослужители должны были стоять там, где обычно предписывалось стоять католическим священникам. Эти улучшения свидетельствовали о преемственности связи с католическим прошлым. Из-за сопротивления консерваторов в Палате Лордов королева сочла нужным пойти на компромисс.
Одно время существовала точка зрения, что причиной компромисса стало сопротивление радикалов в Палате Общин. Сэр Джон Нил выдвинул предположение, что Елизавета хотела сделать церковь еще более «католической», но в связи с тем, что консервативные епископы отказались принять королевское верховенство над церковью, ей пришлось пойти на уступки протестантам и предпринять более радикальные изменения8. Это предположение едва ли верно. Нил придает особое значение мирным переговорам в Като-Камбрези. Он полагает, что Елизавета была вынуждена проводить консервативную политику по крайней мере до тех пор, пока был подписан мирный договор и Англия благополучно вышла из войны. Но Елизавета сама задерживала подписание мирного договора, выдвинув невыполнимые требования о возвращении Кале, и переговоры не определяли ее парламентской стратегии. Не будет выглядеть фантастическим и предположение о том, что Елизавета целенаправленно затягивала заключение мира, чтобы ослабить сопротивление пэров-консерваторов ее предложениям о религии. Нил, кроме того, преувеличивает политический вес протестантских радикалов в Палате Общин. Только 19 изгнанников времен Марии были выбраны в парламент в 1559 году, и многие из них вернулись слишком поздно для того, чтобы играть сколько-нибудь заметную роль. Радикалы не составили фракции, которая могла бы оказать давление в Палате, контролировавшейся Советом и его агентами. Тактика королевы была направлена на то, чтобы сдерживать консервативную оппозицию в Палате Лордов, а не давление радикалов в Палате Общин. Помимо всего прочего, версия Нила относительно 1559 года просто не стыкуется с нашими знаниями о религии королевы и ее советников. Даже если не принимать во внимание деятельность королевы как политика, то навряд ли можно предположить, что Вильям Сесил, Николас Бэкон, Фрэнсис Ноуллз и граф Бедфорд стали бы возглавлять какой-либо иной режим, кроме протестантского. Елизавета и ее окружение хотели установления протестантской церкви в Англии и всеми силами стремились к этому.