Елизавета оправдывала вторжение в Нидерланды в 1589 году тем, что хотела защитить голландцев от инквизиции, но все это было дымовой завесой. На самом деле она преследовала национальные интересы Англии. Она не хотела навязывать англичанам религиозные взгляды, но сдерживала себя не ради принципов, а ради политиков. Она была терпимой, когда нетерпимость была опасной, и нетерпимой, когда опасной была терпимость. В шестидесятых-семидесятых годах XVI века, когда у королевы были основания предполагать, что католицизм погибнет, если не спровоцировать военное сопротивление, проводилась политика религиозной терпимости: даже внешнее проявление нонконформизма наказывалось только во время политических смут, как, например, в случае с восстанием северных графов и публикацией папской буллы о свержении. Ограниченная терпимость католиков была свидетельством тонкого политического чувства: репрессии могли вызвать административные осложнения, особенно при наличии такого большого количества консерваторов среди судей и духовенства, а возможно даже, привести к обратным последствиям. Елизавете удалось политическую необходимость превратить в видимость терпимой добродетели. Но вскоре баланс был нарушен.
С притоком большого количества новых священников-семинаристов в 1574 году и прибытием иезуитов в 1580 году усилилось сопротивление католиков. С пополнением своих рядов старая религия уже не собиралась умирать, ее пришлось бы уничтожать. Елизавета медленно приспосабливалась к обстоятельствам. Она всегда неохотно меняла выбранный политический курс. Возможно, она была ответственной за смягчение наказаний для нонконформистов, предусматривавшихся законопроектом в 1581 и 1582 годах. Лестер возопил: «Ничто не огорчает меня больше, чем наблюдать, как наша королева искренне верит в то, что увеличение числа папистов в ее королевстве не представляет для нее никакой опасности»18. Но, наконец, она сдалась. В 1582 году была издана прокламация, по которой все семинаристы и иезуиты являлись изменниками, так что само это звание приравнивалось к преступлению. Определение приняло силу закона в 1585 году. С 1583 года выявление нонконформистов было поручено специальным комиссиям и усилилось давление на аполитичных католиков. Сохранялась свобода вероисповедания, но католики подвергались штрафам, заключению в тюрьмы и даже казни за то, на что раньше власти закрывали глаза. До 1582 года Елизавета боялась преследовать католиков, позже она боялась этого не делать.
Но, по крайней мере, в первый период царствования, Елизавета старалась избегать ненужных нападок на католиков. Этим объясняются ее конфликты с благочестивыми протестантами — она стремилась обходить те аспекты протестантизма, которые могли вызвать недовольство консерваторов. В этом свете следует рассматривать ее столкновение с архиепископом Гриндалом по поводу толкований Священного предания, потому что по вопросу проповеди, как и по некоторым другим вопросам, попытки Елизаветы умиротворить католиков оскорбляли убежденных протестантов. Толкования были регулярными местными собраниями, на которых священники интерпретировали библейские тексты, а их руководители это комментировали; это были дополнительные занятия, чтобы усовершенствовать качество проповедей, а так как миряне тоже иногда присутствовали, собрания были средством обращения в религию. Толкования подчеркивали протестантизм англиканской церкви, стремились сделать ее миссионерской церковью, а так как часто приходили мировые судьи, они, казалось, связывали государство с миссионерской деятельностью. Должно быть, все эти аспекты обеспокоили королеву относительно реакции католиков, и в 1574 г. Елизавета приказала епископу Сандзу прекратить толкования в Лондоне. Сандз возразил, что собрания хорошо организованы и полезны, и промедлил. Когда архиепископ Паркер распространил то же самое запрещение на епархию Нориджа, епископ Паркхерст заручился поддержкой членов Тайного совета, поскольку пришлось предпринять действия против собраний. В 1575 г. Елизавета приказала епископу Линкольна покончить с толкованиями в его епархии, но он тоже медлил, заручившись поддержкой местных мировых судей, и действовал лишь с крайней неохотой. В 1576 г., во время поездки по центральным графствам, Елизавета услышала, что толкования очень популярны в Саутгеме, и приказала епископу Личфилда покончить с ними.