Елизавете пришлось встречаться со своим Советом в целом несколько раз в опасные дни 1569–1570 гг. Она присутствовала на совещании 29 апреля 1570 г. при обсуждении взаимосвязанных проблем насчет Марии, Шотландии, английских католиков и угрозы со стороны Франции и Испании. Она, по всей вероятности, сказала советникам, что «у нее самой нет определенного решения, и она сначала выслушает их советы, а уже потом изберет то, что, по ее мнению, больше всего соответствует ее чести»20. Думать о том, что Елизавета спрашивала советов и спокойно их выслушивала, довольно странно, и нет свидетельств, что она еще когда-нибудь поступила так же. Фактически, все ее расследование обнаружило лишь разногласия в Тайном совете между теми (во главе с Сесилом и Бэконом), кто высказывался за агрессивную политику преследования католиков внутри страны и союз с протестантами за границей, и теми (руководимыми Арунделом и, на тот момент, Лестером), кто предлагал примирение с Марией и с Францией, а возможно, и с английскими католиками. Сама Елизавета, похоже, предпочитала вторую стратегию и вскоре представила себя в качестве возможной невесты французского принца: она, вероятно, пришла на заседание Совета, чтобы поддержать позицию меньшинства.
В первый период своего правления королева созывала к себе Совет для весьма специальных дебатов, и делала она это в основном тогда, когда ее собственный взгляд разделяло меньшинство, которому нужна была ее поддержка. Участие в дискуссиях было здравым политическим решением; это мешало ее Совету прийти к согласию и дать ей официальные рекомендации, когда она заведомо знала, что отвергнет их. Позже Елизавета достигала той же самой цели, изолируя себя от своего Совета, особенно по поводу таких спорных проблем, как политика в Нидерландах. В 1578 г. Лестер жаловался: «Наши совещания с Ее Величеством редки и незначительны», и она сохраняла свою политическую дистанцию. В апреле 1586 г. Лестер как командующий армией в Нидерландах жаловался, что Тайный совет ему редко пишет. Вальсингам отвечал от имени Совета: «Это правда, так как Ее Величество не сообщает ничего о направлении целей в той стране и о тех советах, которые она тайком получает; они не знают, что написать или посоветовать»21. Елизавета отказывалась иметь дело со своим Советом в целом и обсуждала политику только с отдельными лицами или мелкими группами.
Елизавета всегда предпочитала встречаться со своими министрами поодиночке или по два и по три. В последние годы своего правления (и, вероятно, гораздо раньше тоже) она обычно встречалась отдельно с избранными советниками, делала замечания по их предложениям, а затем созывала их вместе маленькой группой, чтобы еще раз обсудить проблему вместе: она имела обыкновение прерывать их и подвергать перекрестному допросу, используя свои заметки, чтобы попытаться поймать на чем-то членов Совета. Королева часто действовала через внутренний круг советников, и (особенно в первые годы) они не всегда были членами Совета. Весной 1559 г. испанский посол думал, что Елизавета правит страной при помощи Сесила, Бэкона, Парри и Роберта Дадли. Дадли еще не был членом Тайного совета, и одновременно Елизавета также советовалась с лордом Паджетом — хотя она вывела его из Совета при своем восшествии на престол. Это дает основания предположить, что королева не всегда могла назначать членами Совета тех, кого хотела: ее собственные сомнительные отношения с Дадли и непопулярность Паджета среди протестантов несколько запятнали бы блеск новой власти.