Впрочем, солнца не было, день был пасмурным. Выйдя из лодки, Елизавета в изнеможении присела на осклизлый камень у ворот, оттягивая момент, когда они закроются за ней. Комендант Тауэра заботливо предупредил ее, что нехорошо сидеть на холодном мокром камне, и она с печальной улыбкой заметила, что это лучше, чем сидеть в каменном мешке. Никогда она не рассчитывала вступить в Тауэр — древнюю цитадель английских королей — столь бесславно.
Елизавета была не единственной узницей крепости в это время. В одной из башен находились в заключении братья Дадли — сыновья Нортумберленда, среди которых был и друг ее детства Роберт. Принцесса провела три долгих месяца в башне с колокольней, прогуливаясь изредка во внутреннем дворике. Она безуспешно умоляла о встрече с королевой, ее «доброй сестрой», желая доказать свою невиновность, но получала неизменный отказ. Ей не давали ни чернил, ни бумаги, чтобы написать разъяренной сестре. Елизавета предалась мрачному отчаянию. Позднее она признавалась, что не сомневалась в скорой смерти и лишь хотела просить Марию, чтобы в виде особой милости ее, как и ее мать, обезглавили не грубой секирой, а мечом, на французский манер.
Но даже в Тауэре она встречала знаки искренней симпатии. Говорили, что йомены-стражники преклоняли перед ней колени и шептали: «Господь спаси вашу милость», а маленький мальчик, сын одного из стражей Тауэра, носил молодой узнице цветы. В самом Лондоне сочувствие к обреченной принцессе росло день ото дня, ее считали невинной мученицей за протестантскую веру.
Летом 1554 года в Англию должен был прибыть Филипп — будущий супруг Марии. Готовясь к венчанию, королева пребывала в радостно-возбужденном состоянии. 19 мая Елизавету выпустили из Тауэра, очевидно, чтобы разрядить обстановку и избежать нового всплеска антииспанских настроений. Не последнюю роль сыграли и предсмертные слова Томаса Уайатта, поклявшегося перед казнью, что «миледи Елизавета никогда не знала ни о заговоре, ни о моем восстании».
Когда королевская баржа с Елизаветой отошла от Тауэра и повезла ее вниз по реке по направлению к королевскому дворцу в Ричмонде, прослышавшие об этом лондонцы шумно возрадовались, а из Стил-Ярда — торговой резиденции ганзейских купцов, которые были протестантами, раздался салют в ее честь. По всему ее пути на берега реки высыпали люди, чтобы посмотреть на принцессу Елизавету и поздравить ее с чудесным избавлением. Сердобольные хозяйки приносили цветы и провизию в таких количествах, что вскоре баржа стала напоминать плавучий склад. Однако радость была преждевременной. Елизавету всего лишь отправили в Вудсток (графство Оксфордшир) под наздор некоего сэра Генри Бедингфилда. Сей педантичный страж скрупулезно выполнял инструкции, предписывавшие пресекать все ее попытки связаться с внешним миром. Ей по-прежнему не давали ни бумаги, ни чернил, а если она просила привезти книгу, будь то Библия или Цицерон, тюремщик запрашивал Лондон, и проходили недели, прежде чем она получала желанный том. Елизавета часто жаловалась на нездоровье, приступы мигрени, слабость, но когда Мария, не доверявшая сестре, присылала к ней собственных врачей, та предусмотрительно отказывалась от их услуг, опасаясь яда. Друзья и верные слуги не покинули ее, превратив расположенный неподалеку постоялый двор «Бык» в свой штаб. Туда часто наведывались преданные Елизавете дворяне, передавая последние новости через прислугу, выходившую за ворота ее оксфордширской тюрьмы.
В июле в Англию прибыл принц Филипп и обвенчался с королевой Марией на полпути к Лондону, в Винчестере. В его лице Елизавета неожиданно обрела адвоката: ее вернули ко двору и поселили во дворце Хэмптон-Корт рядом с покоями кардинала Реджинальда Пола, папского легата, очевидно, для острастки. Филипп справедливо полагал, что лучше не делать из Елизаветы религиозную мученицу, а склонить ее к принятию католической веры и выиграть очко в политической борьбе с протестантами.
У его невестки не было особого выбора: Мария перешла к жестоким репрессиям против тех, кто оставался верен реформированной религии. Повсюду горели костры, на которых, корчась в огне и задыхаясь от дыма, отдавали души Богу упорствующие в протестантской вере ученые-теологи, священники и простолюдины, женщины и старики. В Оксфорде одного за другим сожгли трех епископов — сподвижников Генриха VIII в деле Реформации: Ридли, Латимера и Кранмера, бывшего архиепископа Кентерберийского, который некогда защищал принцессу Марию от гнева ее отца. Королева Мария была не против сохранить старику жизнь при условии, что он вернется в лоно истинной католической церкви. Однако, даже став свидетелем страшных мук Ридли и Латимера, он не покорился и предпочел последовать за ними.