И в Вавилоне, как и в Египте, Александр повел себя не как завоеватель, а как «законный» царь. Он оказал надлежащие почести местным культам, распорядился «восстановить» разрушенный Ксерксом храм Мардука. Он оставил сатрапом Мазея, хотя в соответствии с принятой им системой управления и назначил македонцев Алоллодора и Асклепиодора руководителями военного и финансового ведомств. На первых порах Мазей даже продолжал чеканить серебряную монету прежнего образца. Александр назначил также перса Митрена сатрапом Армении. Это назначение было лишь номинальным, так как Армении Александр не покорил; но самый факт назначения персов на должность сатрапов был одним из выражений стремления создать единое государство, где покоренные народы должны занять такое же правовое положение, как завоеватели-македонцы.
Из Вавилона Александр двинулся в Сузы и занял древнюю столицу Элама без боя. Здесь он захватил 50 000 талантов; в числе добычи оказалась скульптурная группа тираноубийц работы Антенора, увезенная Ксерксом из Афин. Александр возвратил ее в Афины.
Дальнейшее движение в Перейду оказалось не столь легким, Александру пришлось преодолеть сопротивление горцев и выдержать бой с сатрапом Ариобарзаном. Благодаря смелому и быстрому обходному маневру персидское войско было уничтожено, а Ариобарзан бежал. Столица Ахеменидов, Персеполь, сдалась на милость победителя. 120 000 талантов достались Александру в Персеполе. Но он не удовлетворился воен ной добычей. Персеполь должен был поплатиться за разорение Аттики за 150 лет до того Ксерксом. По приказу Александра город подвергся разграблению и разорению, великолепный дворец Ксеркса был сожжен. Поскольку Александр раньше щадил покорившиеся без боя города, разгром Персеполя и его дворца приходится признать намеренным символическим актом, означавшим выполнение первоначальной миссии — мести персам за походы в Элладу —· и крушение Персидского царства; вместе с тем эта расправа должна была служить предостережением для других сатрапий — не пытаться силой противостоять победоносному шествию царя.
Дарий тем временем оставался в Экбатане в окружении нескольких сатрапов во главе с Бессом, сатрапом Бактрии. Неизвестно, собирал ли он новое войско или выжидал каких-нибудь событий, которые могли бы повернуть исход войны, например восстания в тылу Александра.
В Греции действительно в то время активизировались силы, враждебные Македонии. Спартанский царь Агис открыл враждебные действия и осадил Мегалополь, оплот Македонии в Аркадии. Но Аитипатр мобилизовал значительное войско и разбил греков, осаждавших город. Агис пал в битве. В результате Греция потеряла надежду на освобождение от Македонии, которая стала теперь властвовать в Элладе, сведя фактически на-нет фикцию добровольной симмахии под руководством выборного главы — Александра. Теперь с этой стороны Александру ничего не грозило.
Дарий не решился вступить в борьбу с победителем, и когда Александр вступил в Экбатану, он там не застал уже персидского царя, бежавшего дальше на восток.
В Экбатане Александр отпустил домой бывшие в его войске отряды Коринфского союза и фессалийской конницы. Таким образом, он фактически порвал те нити, которые хотя бы формально связывали его с греками. Эллада больше не является участницей его походов и не может участвовать в его успехах. Александр больше не στρατηγός αύτοκράτωρ Коринфского союза; он — правитель созданного им царства, причем его титул βασιλεύς может означать не титул македонского властителя, а унаследованное от Ахеменидов положение «великого царя», «царя царей». Об этом пока еще нет речи, но что к этому дело шло, становилось ясно уже в то время, и это привело, как увидим дальше, к росту оппозиции в лагере македонской знати.
Узнав о бегстве Дария, Александр стремительным маршем выступил на преследование врага; в пути он узнал, что сатрапы, в первую очередь Бесс, свергли Дария и держали его у себя уже как узника. Оставив на месте все войско, Александр с 500 всадниками совершил беспримерный бросок через пустыню, покрыв в шесть дней 350 километров. При его приближении Бесс и его группа разбежались, предварительно поразив кинжалом Дария. Александр застал его уже мертвым. Он оказал его трупу почести и отправил его для погребения в Персеполь. Так закончилась война с Дарием (330 г.), показавшая не только превосходство македонского полководца и его армии, ее военной выучки и дисциплины, но прежде всего слабость, рыхлость конгломерата народов, какой представляло государство Ахеменидов.