Замечательная сохранность разнообразных жизненных стадий у темноспондилов отчасти объясняется их большим размером, что повышает вероятность их сохранения, а также делает их легче заметными для палеонтологов во время работы в поле.[14] A родственная группа, лепоспондилы, была, как и самые ранние «амфибии», представлена мелкими формами: в размерном диапазоне от 5 до 20 сантиметров. Об онтогенезе лепоспондилов почти ничего известно, и это бросает вызов палеонтологам, пытающимся точно установить их родственные связи и происхождение современных земноводных, используя данные об индивидуальном развитии.
Значительное разнообразие путей онтогенеза демонстрирует группа одних из самых ранних позвоночных с ногами, или четвероногих, похожих на тритонов — бранхиозавриды. Почти все двадцать видов этой группы сохраняли личиночные особенности, такие, как наружные жабры или зубчики на жаберных дугах во взрослом состоянии; это неотенические признаки. Некоторые другие виды претерпевали метаморфоз и утрачивали свои личиночные признаки во взрослом состоянии. Все представители группы были мелкими, в противоположность прочим темноспондилам. Тысячи экземпляров некоторых бранхиозаврид известны из местонахождений в Германии, включая одно в бассейне Тюрингенского Леса. Там Ральф Вернебург много лет изучал ископаемые остатки темноспондилов, таких, как бранхиозавры. Некоторые виды бранхиозаврид обладали особенностями, которые позволяли считать их ручьевыми формами; другие, с видимыми наружными жабрами, описаны как озёрные формы. Один из спорных вопросов для экспертов — могут ли в некоторых случаях два типа возникать как различные экоморфотипы одного и того же вида, продвигая онтогенетическую изменчивость ещё на один шаг вперёд, демонстрируя случай «фенотипической пластичности», тему, которую я обсуждают в главе 2.
Как и в вышеприведённых примерах, любая стадия на протяжении развития индивидуума может изменяться. Это демонстрировалось опытным путём для многих видов позвоночных и стадий процесса. Эволюционируют все стадии онтогенеза, а не только взрослые, объект приложения усилий многих исследователей. Многие авторы представляют данные и идеи, призванные подвергнуть критике «соломенное чучело», защищающее наивную рекапитуляционную идею, согласно которой онтогенетические и эволюционные преобразования точно отражают друг друга. И важнее всего тут то, что желание исследовать фундаментальный аспект того, как эволюционировало индивидуальное развитие, привело к пристальному изучению организмов из многих групп, и итогом этого стало несколько значительных открытий. Например, Майк Ричардсон и немного позже Ингмар Вернебург документировали внешнюю морфологию эмбрионов, которая уже в первом приближении показывает, что в более или менее сопоставимые периоды индивидуального развития имеются существенные различия в пропорциях и формах, а также в размере желтка у рыб, змей, лягушек, птиц, ящериц и млекопитающих, в том числе людей. Эта особенность — лишь одна из многих, иллюстрирующих различные физиологические и морфологические особенности на протяжении времени индивидуального развития и у различных видов.[15]
15
Ричардсон и его коллеги сравнили различные виды позвоночных и даже количественно определили морфологическое изменение; они не обнаружили ничего в поддержку как явления рекапитуляции, так и идеи филотипической стадии (Bininda-Emonds, Jeffery, и Richardson 2003). В двух недавних работах утверждается, что существует своего рода филотипическая стадия на геномном уровне развития, и приводятся обширные данные и анализ для видов: мухи Drosophila (Kalinka и др. 2010) и данио Danio (Domazet-Lošo и Tautz 2010). Этот оригинальные работы на геномном уровне касались близкородственных видов, тогда как морфологические работы, которые эти авторы использовали для сравнения своих молекулярных результатов, относились к очень отдалённо родственным таксонам, таким, как позвоночные в целом (в противоположность видам одного рода у мух). Позже Ирие и Куратани (2011) исследовали проблему филотипического периода, сравнивая сходство транскриптомов с использованием четырёх различных статистических тестов, на мыши (Musmusculus), курице (Gallus gallus), лягушке (Xenopus laevis) и рыбе данио (Danio rerio). Они сравнили набор всех молекул РНК, произведённых в целой популяции клеток за данное время, которые отражают, таким образом, гены, активно экспрессируемые на этой стадии. Ирие и Куратани (2011) пришли к заключению, что самая высокая степень сходства между видами наблюдается во время прохождения стадий развития между нейрулой и фарингулой.