Универсализм Богданова, представленный в эмпириомонистической версии марксизма, противостоит его иной, «объективистской» разновидности, выдвинувшей идею постепенной трансформации капитализма путем улучшающих его социальных реформ (Э. Бернштейн, правые социал-демократы). «Активистская» версия марксизма Богданова видела в реформах в лучшем случае побочный, промежуточный продукт классовой борьбы, имеющий лишь относительное значение. Подлинное освобождение трудящихся, с этой точки зрения, мыслилось только через революционную борьбу и революционное преобразование общества. Революция представлялась не только наиболее быстрым и радикальным средством разрешения внутренних противоречий капитализма, но и высшей формой социального творчества, создающего принципиально новые формы жизни. Это отвечало стремлению определенной части революционно настроенных марксистов перенести акценты с «непреложного хода истории» на «делание истории», выдвинуть на первый план проблематику действия и деятельности. Не случайно основные представители «активистского» марксизма политически примкнули к большевикам, образовав самое левое их крыло.
Однако задача перевода социального протеста в радикально революционные формы в философско-методологическом плане могла обосновываться по-разному. Те теоретические решения, которые предлагали Богданов, Базаров, Луначарский, во многих отношениях были слишком радикальными и шли значительно дальше прагматических соображений политики. Активность субъекта простиралась у них за пределы чисто социальной плоскости в плоскость философского учения о бытии и познании. Для целей политической мобилизации и для большевизма как политического течения такая интерпретация марксизма оказалась в конечном счете неприемлемой.
Увлечение Богданова энергетизмом В. Оствальда, а затем учением Э. Маха еще более углубляло его расхождения с Лениным. Эти расхождения резко политизировались, выливаясь в борьбу двух идеологий внутри большевизма. Окончательный разрыв предопределила организация Богдановым и его единомышленниками партийных школ на Капри и в Болонье, которые должны были стать центрами по формированию кадров богдановской фракции. Ленин незамедлительно принимает против своего бывшего союзника, а теперь оппонента самые решительные меры. В 1908 г. им была написана книга «Материализм и эмпириокритицизм», посвященная критике «махистского поветрия» в рядах российских социал-демократов. Одной из главных задач книги было показать несовместимость гносеологии эмпириокритицизма и его модификаций с философией марксизма. Вслед за этим Ленин добивается исключения Богданова из партии за фракционную деятельность (1909).
Влияние Богданова до некоторой степени возобновилось после Октябрьской революции 1917 г., когда он становится идеологом Пролеткульта — массовой (в 1920 г. до 400 тысяч членов) и разветвленной организации, претендующей на роль монопольного разработчика и хранителя «пролетарской культуры» в ее специфических, независимых от буржуазного влияния формах. Однако после резких выступлений Ленина, озабоченного как реставрацией «богдановщины», так и тенденцией противопоставить социалистическую культуру всей мировой культуре, Богданов отошел от политической деятельности. В этой обстановке мыслитель полностью отдается научному творчеству. В 1926 г. он создал и возглавил первый в мире Институт переливания крови; погиб, поставив на себе научный опыт.
Как мыслитель Богданов довольно рано проявил склонность к конструированию философской системы, дающей целостную картину мира. Основу этой целостности он усматривал в «социальном материализме» Маркса. Свое философское творчество он считал реализацией Марксовой программы революционной философии, берущей действительность не созерцательно, в форме нейтрального по отношению к человеку объекта, а как преодолевающую противоположность субъекта и объекта практику. Вместе с тем Богданов полагал, что Маркс решил поставленную им задачу лишь частично — применительно к сфере социального познания. Свою роль он видел в том, чтобы решить ту же задачу «в общефилософском масштабе», включая также познание и преобразование природы. Поэтому Богданов никогда не считал себя связанным «буквой» марксистских текстов и относился к ним лишь как к основе, которую еще надо дополнять и достраивать. Рассматривать мир явлений как социальную практику — значит, по Богданову, видеть в нем поле коллективного труда, где сталкиваются человеческая активность и стихийное сопротивление вещей. «Активность» и «сопротивление» — основные понятия богдановской «онтологии практики». Все формы, которые принимает действительность, суть не что иное, как различные сочетания активностей и сопротивления. В постоянном обновлении этих форм удерживаются те, в которых активности и сопротивления даны в наиболее устойчивом, гармоническом сочетании. Эту обобщенную схему действительности Богданов характеризует как всеорганизационную точку зрения. Ее корни лежат в коллективном труде, и задача состоит в том, чтобы, организуя человеческую деятельность, побеждать стихийное начало мира и в дальнейшем формировать мир в интересах человечества. Подобные представления нашли отражение в его романах «Красная звезда» (1908) и «Инженер Мэнни» (1912).
Всеорганизационная точка зрения, по Богданову, — это не просто интеллектуальная позиция. Она носит классовый характер, она совершенно чужда буржуазному индивидуализму, но естественна для класса, который своим трудом организует вещный мир и самого себя, т. е. для пролетариата. Рабочий класс представляется в этой связи наиболее адекватным субъектом организующей деятельности и прообразом человечества как некоего глобального трудового коллектива. Вот почему ему необходимо выработать и сознательно применять собственную систему организующих природу и общественную жизнь методов, составляющих в совокупности совершенно особую пролетарскую культуру.
Исходя из «организационной точки зрения», Богданов и разрабатывает свое философское учение — эмпириомонизм, которое представляет собой теорию и одновременно философскую критику опыта, понимаемого как некая первичная и, в сущности, единственная реальность, с которой имеет дело человек.
Понятие опыта Богданов в принципе берет в той интерпретации, которая была предложена создателями эмпириокритицизма Э. Махом и Р. Авенариусом (за что и подвергался резкой критике Плехановым и Лениным) и в соответствии с которой он раскладывался на некие непосредственные данности — «элементы», объединяемые затем в «комплексы элементов» по принципу «экономии мышления» («наименьшей траты сил»). Однако он считал, что Мах и Авенариус не смогли снять дуализм физического и психического; из их концепции неясно, почему в опыте, который в сущности должен быть субстанциально однородным, одни элементы приобретают статус «физических» явлений, тогда как другие противопоставляются им в качестве «психических образов» этих явлений. Богданов продолжал связывать различие физического и психического с различиями в типе организации опыта. Элементы, из которых построены и объективная реальность, и наше сознание, одни и те же (это цвет, конфигурации формы и т. п.). Но они могут быть по-разному связаны между собой. Физическое — это социально организованный опыт, психическое — опыт сугубо личный, индивидуальный, не вошедший составной частью в коллективно выработанные системы представлений.