В философской метафизике Д. Скота характерны его взгляды на материю и его понимание индивидуального бытия (principium individuationis). Д. Скот понимает всеобщность отрицательно – не как полноту всех определений, а напротив, как их отсутствие: самое общее бытие для него есть самое неопределенное, пустое; таковым он признает материю самое по себе (materia prima). Он не разделяет ни Платонова взгляда, по которому материя есть не сущее (to mh on), ни Аристотелева, по которому она есть только потенциальное бытие (to dunmei on): по Д. Скоту материя актуально выделяется из ничего и есть действительный предел творения. Всё существующее (кроме Бога) слагается из материи и формы. Существование материи или ее реальность независима от формы, которою определяется только качество материального бытия. Различные подразделения материи, различаемые Д. Скотом, выражают только различные степени определенности, которую материя получает от своего соединения с формой; сама она везде и всегда одна и та же. Таким образом понятие материи у Д. Скота совпадает с понятием всеобщей субстанции, единого реального субстрата всех вещей. Неудивительно, поэтому, что, вопреки всем схоластическим авторитетам, Д. Скот приписывал материальность человеческим душам и ангелам. Весьма замечателен следующий аргумент: чем какая-нибудь форма совершеннее, тем она действительнее (актуальнее), а чем она актуальнее, тем сильнее внедряется она в материю и прочнее ее с собою соединяет; но формы ангела и разумной души суть совершеннейшие и актуальнейшие, и, следовательно, всецело соединяют с собою материю, а потому и не подвергаются количественному распадению, так как имеют свойство силы единящей.
Полагая в основу всего существующего в мире единую неопределенную материю или субстанцию и понимая совершенство как форму всецело овладевшую материей и определившую ее, Д. Скот представлял себе мироздание как постепенное восхождение от общего к индивидуальному, от слитного к раздельному, от неопределенного к определенному, от несовершенного к совершенному. Невольно соединяя схоластические понятия с древними образами северной мифологии, он сравнивает вселенную с огромным деревом, которого корень – первая материя, ствол – видимое вещество, ветви – физические тела, листья – организмы, цветы – человеческие души, а плоды – ангелы. Д. Скот первый из философов христианского мира стал в космологии на точку зрения генетическую, ясно и решительно высказал ту идею постепенного развития (снизу вверх), которая во всей своей односторонности была в наши дни разработана его соотечественником Гербертом Спенсером. Представление вселенной как самостоятельного, из себя развивающегося целого, есть философ. заслуга Д. Скота, хотя он не сумел связать этой идеи с основными истинами теологии, в которые искренно верил. В каком действительном отношении формы природного бытия находятся к соответствующим идеям божественного ума? И далее: если идеи божественного ума становятся действительными вещами чрез привхождение к ним актов божественной воли, а с другой стороны, основа всякого реального бытия в мире есть всеобщая субстанция или первая материя, то спрашивается: в каком же отношении между собою находятся эти два первоначала всякой реальности? Удовлетворительного, в философском смысле, решения обоих этих допросов мы не находим у Д. Скота. Отожествляя всеобщее с неопределенным в своей materia prima и видя в ней низшую ступень, minimum бытия, Д. Скот естественно признавал положительный полюс бытия, maximum реальности, за существованием единичным или индивидуальным, как представляющим высшую степень определенности. Вопреки большинству своих предшественников и современников в философии Д. Скот понимал индивидуальность не как что-то привходящее (accidens) к сущности, а как нечто существенное, само по себе (entitas). Совокупность свойств, характеризующих Сократа и отвечающих на вопрос, что есть Сократ – так назыв. у схоластиков quidditas – еще не составляет индивидуального существа Сократа, как этого лица, ибо вся эта совокупность мыслимых свойств могла бы принадлежать нескольким субъектам в следовательно не есть настоящая индивидуальность этого субъекта, действительного Сократа. Эта последняя не есть что-либо качественно определимое, она не может быть высказана как что-нибудь, а только указана как это. Эта неизреченная индивидуальная сущность не есть ни материя, ни форма, ни сложное из обоих, а крайняя реальность всякого существа (ultima realitas entis). Ученики Д. Скота изобрели для его principium individuationis название haecceitas в противоположность с quidditas.