Безусловным победителем декабрьских выборов, по официальным данным, стал Демократический фронт Албании, получивший 93 % голосов избирателей и легально взявший власть. Он, однако, не был монолитным. Там были люди, которые вполне серьезно относились к выдвигавшимся во время избирательной кампании лозунгам о демократизации страны. Тем временем коммунистическое большинство отстаивало на заседаниях парламента схему управления, типичную для партизанских отрядов или подпольных партийных структур. Недовольны такой системой управления были в первую очередь депутаты от города Шкодер, по большей части торговцы и служащие. Они составляли большинство в депутатской группе, проявившей себя в парламенте в феврале 1946 года. Лидером в ней стал Риза Дани. «Депутатская группа» во время заседаний затевала дискуссии (обычно оборачивавшиеся банальными скандалами) о монополизации коммунистами важнейших должностей в государстве, на которые были поставлены люди необразованные и примитивные, но с партизанским прошлым. Угрозы Энвера Ходжи непокорным парламентариям были реализованы в декабре 1946 года. Членов «Депутатской группы» лишили мандатов, а в сентябре 1947 года прошел суд, на котором несколько человек (Риза Дани, Фаик Шеху, Ислам Радовицка, Косте Бошняку) были обвинены в создании подрывной организации, названной «Центральным комитетом».
Ликвидацию легальных некоммунистических структур ускорило так называемое Пострибское восстание – крупнейшее вооруженное антикоммунистическое выступление, названное так по имени города Постриба, где сосредоточились отряды повстанцев. Это была кульминация деятельности партизанских отрядов, не сложивших оружие в конце 1944 года. С 1945 года одной из серьезнейших угроз для коммунистической власти были силы, подчинявшиеся главам крупнейших родов на севере. В регионе Хоти – Кастрати – Шкрели возникло Горное Собрание (ГС), задачей которого было координировать вооруженные действия в этом районе. В 1946 году особенно активно действовали отряды, нацеленные на физическое уничтожение деятелей нового режима. На борьбу с ГС были направлены отряды, состоявшие из бывших партизан, которые при помощи югославских офицеров проводили на севере страны масштабную «зачистку». Людей, схваченных с оружием в руках, расстреливали на месте, подозреваемых отдавали под военный трибунал.
Остававшиеся в стране деятели крупных движений сопротивления «Легальность» и «Национальный фронт» вместе с группой интеллигенции из Шкодера создали Объединенный комитет, координировавший подготовку восстания. Они сознавали слабые стороны антикоммунистического движения сопротивления: рассредоточенность и недостаточную координацию действий. Под лозунгом «За веру и отечество – долой коммунистов!» сконцентрированные в Пострибе отряды 8 сентября 1946 года с трех сторон ударили по Шкодеру, чтобы захватить находившиеся в городе военные склады. Главную роль в этом сыграли силы, собранные крупнейшими северными кланами (в общей сложности около 450 человек). Эта нескоординированная атака не была, как ожидали организаторы, поддержана местным населением, ее пресекли уже в пригородах верные правительству воинские части. 12 схваченных повстанцев подверглись публичной казни в Шкодере. Погоня за крупнейшими из оставшихся отрядов вынудила их лидеров Мухаррема Байрактари, Хасана Крюэзиу и братьев Гани бежать из страны вместе с группой самых надежных приверженцев. Большинство антикоммунистических движений сопротивления к концу 1946 года прекратило свою деятельность. Те, что остались, были малочисленны – менее чем по 20 человек. Бóльшая их часть действовала в районе Мирдите, население которого отличалось консервативностью.
Пострибское восстание привело к усилению преследований духовенства, однако отношение коммунистов к религиозным объединениям было неодинаковым. Православным и мусульманам удалось найти взаимопонимание с властями: коммунистическое руководство обозначило духовенству допустимые пределы его пастырской деятельности, а религиозные лидеры обещали властям свою пропагандистскую поддержку. В этой ситуации главный удар преследователей пришелся на Католическую церковь, с которой власти связывали повстанческие действия на Севере. Преследование Католической церкви было обусловлено восприятием ее как силы, способной координировать действия потенциальной оппозиции. В первую очередь официальная пропаганда вменяла католикам в вину сотрудничество с Италией. По сути, первая волна репрессий была связана с отказом Католической церкви полностью подчинить свои структуры государству, а также с ее поддержкой антикоммунистических организаций на Севере. В январе 1946 года были арестованы и расстреляны иезуитские священники и монахи. Наибольший размах репрессии против католического духовенства приняли сразу после подавления Пострибского восстания. В период до 1949 года были убиты больше половины священнослужителей. Компромисс был достигнут только в июле 1951 года. Католическая церковь сохранила право поддерживать контакты с Ватиканом, хотя коммунистические власти и старались свести их к минимуму.