Година по-късно Шин Бет участва в нова съмнителна операция. През май 1987 г. израелският Върховен съд установява, че службата е използвала незаконни методи за разпит и е предала фалшиви свидетелски показания в случая за шпионаж на лейтенанта от армията Изат Нафзу, представител на националните малцинства (черкезка община). Войникът, освободен след 7 и половина години затвор, е бил набеден от Шин Бет, че продава тайни и крадени оръжия на палестински партизани, и е бил осъден.
Сътрудници на Шин Бет са представили фалшиви доказателства на военния трибунал, който е съдил Нафзу. Съдийската комисия, създадена да разследва методите и начина на действие на Шин Бет, излиза с доклад през 1987 г., в който се отбелязва, че през последните 17 години следователите на Шин Бет системно са лъгали в съда за методите си на разпит. Комисията твърди също, че редовно са били използвани физически и психологически тормоз, за да се стигне до признание.
Преди края на 1987 г. се разкрива, че от Шин Бет са били отстранени трима сътрудници, защото уж са се опитали да прикрият обстоятелствата за смъртта на 23-годишен палестинец, който е починал в затвора след разпити, проведени през юли 1987 г. На следващата година Йосиф Хармелин подава оставка като директор на Шин Бет.
През декември 1987 г. загрижеността за вътрешната сигурност нараства с началото на палестинското въстание, известно като Интифада. Млади араби от Западния бряг и от ивицата Газа започват да се бунтуват, като замерят и убиват с камъни членове на израелските сили за сигурност, чупят прозорците на арабски магазини, останали отворени по време на часовете на стачката, и възбуждат духовете. Израелският отговор е сила — сълзотворен газ, побоища, гумени куршуми, а понякога и истински: Шин Бет и полицията откриват огън с истинско оръжие срещу младите момчета, въоръжени с камъни.
Въстанието създава ново, по-младо поколение на войнствено настроени палестински лидери. У тях надделява идеята, че трябва да разчитат сами на себе си, да преодолеят религиозните, политическите, икономическите и социалните различия, за да създадат общ фронт срещу израелския контрол в района.
Интифадата, която продължава до 1990 г., е основната „заплаха“ над Израел. През 1993 г. се появява друга заплаха за вътрешната сигурност — стават известни тайните разговори между Израел и Организацията за освобождение на Палестина (ООП). Части от Западния бряг на река Йордан и ивицата Газа по-късно ще бъдат предадени под контрола на ООП.
В Израел веднага надига глава дясната опозиция, протестираща срещу преговорите с палестинците. Но Шин Бет недооценява нейното влияние и сила. А през това време израелците, които живеят в окупираните територии — много малък брой заселници, скоро преминават от думи към дела. Нападения над араби, в това число масовото убийство на вярващи в джамия по време на намаз от обезумял стрелец, създават нови грижи на израелската служба за сигурност. Шин Бет не успява да предотврати убийството на министър-председателя Ицхак Рабин на 4 ноември 1995 г. Мисълта евреин да убие друг евреин по „политически“ причини очевидно е толкова ужасна и невъзможна, че службата дори не е допускала и разглеждала подобен вариант.
Убийството, снимано с видеокамера от случайно лице, ясно показва с каква лекота убиецът се е приближил до обекта си. Карми Гилон — директор на Шин Бет, поема пълна отговорност за неуспеха да бъде защитен Рабин. Приемникът му — контраадмирал АМИ АЯЛОН, точно тогава се е оттеглил от поста ръководител на израелския военноморски флот. Той е първият директор на Шин Бет, който е оповестен официално при назначението, което е очевидна стъпка към възстановяване на общественото доверие в службата за сигурност.
Сред директорите на Шин Бет, изброени по-долу, прави впечатление, че Йосиф Хармелин е оглавявал агенцията 2 пъти. Исер Харел е единственият човек, който е служил като директор и на Шин Бет, и на Мосад.
1948–1952 — Исер Харел.
1952–1953 — Изи Дорот.
1953–1963 — Амос Манор.
1964–1974 — Йосиф Хармелин.
1974–1981 — Аврам Ахитув.
1981–1986 — Аврам Шалом.
1986–1988 — Йосиф Хармелин.
1988–1994 — Якоб Пери.
1995–1996 — Карми Гилон.