Пето управление — осигурява охраната на държавни, партийни и правителствени лица, осъществява държавните комуникационни връзки.
Шесто управление — контролира политическия живот в държавата, включително в БКП, наблюдава дейността на малцинствените групи, води борбата срещу тероризма и противодейства срещу незаконния трафик на културно-исторически ценности.
През 1990 г. се извършва промяна в службите за сигурност и е ликвидирана системата за Държавна сигурност. На подчинение на председателя на Държавния съвет (след приемането на новата конституция — на президента на Република България) са предадени Първо главно управление, преименувано Национална разузнавателна служба, и Пето управление, преобразувано в Национална служба за охрана, като й е отнета функцията за осъществяване на правителствените комуникации, останала като дейност в системата на МВР. Задачите, решавани от Трето управление, минават към Министерството на отбраната и се създава управление Военно контраразузнаване. Шесто управление е закрито, като част от дейностите му отиват към Национална служба за сигурност и Националната служба за борба с организираната престъпност. Главно следствено управление е извадено от органите на МВР и е обособено като самостоятелен орган към съдебната система.
Сега (декември 2000 г.) на подчинение на президента на страната са Националната разузнавателна служба, която извършва разузнавателна и контраразузнавателна дейност, и Националната служба за охрана, която обезпечава сигурността на държавни и правителствени лица. На подчинение на Министерството на отбраната са Управление Информация към Генералния щаб, което извършва военноразузнавателна дейност, и служба Сигурност към министъра на отбраната, която изпълнява функциите на военно контраразузнаване и военна полиция.
В системата на Министерството на вътрешните работи са Националната служба за сигурност — основният контраразузнавателен орган на републиката; Националната служба Гранична полиция — осъществява охраната, отбраната, пропускателния режим на държавната граница, Националната служба за борба с организираната престъпност — организира борбата срещу тероризма, търговията с психотропни вещества, незаконния трафик на културно-исторически ценности и търговията с хора; Национална служба Полиция — регистрира пребиваващите чужди граждани на територията на страната. Министерството на финансите създаде звено за финансово разузнаване, но то все още не извършва оперативно-изпълнителни действия, независимо че законът му е предоставил тези правомощия.
Общественият контрол върху специалните служби в страната и координацията на дейността им се осъществяват от Консултативния съвет по национална сигурност при президента на републиката и от Съвета по сигурност при Министерския съвет.
Българското военно разузнаване е най-старата специална служба в България. През януари 1908 г. е формирана постоянна разузнавателна секция към щаба на българската армия, на която са възложени следните задачи: придобиване на информация за намеренията на съседните страни за влизане в един или друг военнополитически съюз в Европа; наблюдение на дислокацията на частите на балканските армии и тяхното превъоръжаване; опазване на военните планове на страната, превъоръжаване и разположение на войските; разкриване и неутрализиране на чуждите разузнавателни домогвания към българските военнополитически и военни тайни; пресичане опитите на политическите партии и обществените организации да постигат основните си цели чрез войниците и офицерите в българската армия. Освен това секцията изпълнява и функциите на военна полиция.
По време на Балканските и на Първата световна война военноразузнавателната служба не се променя структурно, а само разширява полето на дейността си — осигурява сведения от военен и политически характер за държавното ръководство.
В средата 30-те години силното военизиране на победените европейски държави през Първата световна война засяга и България. Наред с реорганизацията на армията по нов начин се организира и разузнавателната дейност, и то предимно военната. С влизането на България във Втората световна война на страната на Германия в Генералния щаб на армията се формират разузнавателни отдели с няколко отделения: придобиване на военна и политическа информация — дейността е разпределена по отделни страни (информацията за и от военноморските и военновъздушните сили е отделена и е специализирана); събиране на сведения и данни от радиотехническото и въздушното разузнаване (технически разузнавателни средства); осигуряване на държавните и военните комуникации и на тяхната криптографска защита; извършване на разузнаване и контраразузнаване в пограничните райони и борба с контрабандната дейност; неутрализиране на чуждото разузнаване и проникването му в армията; опазване на военната тайна и тайната на производствата с военно предназначение, като в това отношение се налага строга цензура върху печата; недопускане на дейност на политическите организации и партии сред личния състав в армията; провеждане на военни действия съвместно с полицията и жандармерията за ликвидиране на партизанското движение; осъществяване на контрол върху обществения ред от страна на подофицерите и войниците.