Л. Н. Толстой, работая над романом «Воскресение», в январе 1899 года посещал надзирателя Бутырской тюрьмы И. М. Виноградова и расспрашивал его о тюремном быте.
В апреле 1899 года Толстой приехал в Бутырскую тюрьму, чтобы пройти с отправляемыми в Сибирь осужденными путь до Николаевского вокзала, а затем изобразил этот путь в романе.
Во время декабрьского восстания 1905 года дружинники (в основном, рабочие Миусского трамвайного парка, а также савёловские и брестские железнодорожники) пытались захватить тюрьму, но были отбиты конвойной командой; бои продолжались до 14 декабря, когда Миусский парк был освобождён отрядом драгун. В 1907 г. в тюрьме было создано следственное отделение. В 1908 г. в Бутырской тюрьме было создано каторжное отделение ("Временный централ"). В 1905–10 годах в тюрьме содержались Иван Каляев, Николай Шмидт, матросы с мятежного крейсера «Очаков», Владимир Маяковский.
В 1908 году в Бутырке выступал иллюзионист Гарри Гудини. За 28 минут, к ликованию заключённых, он сумел освободиться из специального транспортного «ящика», в котором арестантов перевозили из Москвы в Сибирь. Маэстро заковали в кандалы и цепи, закрыли в контейнере, придвинув крышкой к стене, но он преодолел все преграды на пути к свободе.
В 1911–1917 гг. в Бутырках содержался Н. И. Махно. Как и все политзаключенные, он был освобожден во время Февральской революции. 1 марта 1917 года был освобождён из Бутырской тюрьмы Феликс Дзержинский, приговорённый за год до этого к 6 годам каторги.
После Октябрьской революции 1917 г. Бутырская тюрьма использовалась как следственная и пересыльная тюрьма. В 1921 г. в Бутырках содержался и был убит часовым бывший командарм Ф. К. Миронов. Тюремный храм в 1922 году был закрыт.
Во время Большого террора в 1937–1938 годах в каждой камере бывало заключено до 170 человек. Всего тогда в тюрьме одновременно содержалось около 20 тысяч человек. Тысячи узников были расстреляны по окончании следствия.
В тюрьме в 1930–1940-е годы содержались Варлам Шаламов, Осип Мандельштам, Сергей Королёв, Александр Солженицын, Евгения Гинзбург, Борис Фомин.
Во время Великой Отечественной войны часть тюрьмы была переоборудована в мастерские, где заключённые работали на нужды армии.
В Бутырской тюрьме снимались сцены в помещениях здания РСХА при съемках сериала "Семнадцать мгновений весны".
В настоящее время тюрьма используется как крупнейший следственный изолятор Москвы. Это комплекс из примерно 20 трёхэтажных корпусов. Также в 1980-х годах под нужды тюрьмы был отдан жилой многоэтажный дом.
(Интересно – не тот ли это корпус, с крыши которого родственники заключённых могли перекрикиваться с заключёнными в камерах – через форточки?)
В тюрьме 434 камеры, из которых 101 – общие камеры размером приблизительно 6×12 метров. Имеющиеся на стенах одёжные крючки свидетельствуют о том, что первоначально в этих камерах предполагалось размещать по 20–25 заключённых. Еще 301 камера имеет меньшую площадь: первоначально в каждой из них предполагалось размещать не более четырёх заключенных. 32 карцера предназначены для дисциплинарных наказаний.
В общей сложности в Бутырской тюрьме должно быть не более 3 500 заключённых, в настоящее время в ней содержатся менее 2 700 человек.
До реконструкции в больших камерах площадью 75 квадратных метров могли находиться до 60 человек, которые спали здесь в 3–4 смены (в 1996 году в таких камерах бывало более 120 заключённых).
В тюрьме с 1992 г. вновь действует православный Покровский храм.
В мае 1994 года несколько «авторитетов», бывших заключённых, во главе с Сибиряком (Сергеем Липчанским) решили навестить товарищей в Бутырской тюрьме, договорившись с сотрудниками учреждения. Но об этом стало известно правоохранительным органам, и было задержано 34 человека – сотрудников изолятора и «гостей». Двое сотрудников тюрьмы были осуждены к году лишения свободы, многих уволили по собственному желанию или отправили на пенсию.
С 1996 года в Бутырскую тюрьму, за исключением психиатрического отделения больницы, больше не помещают женщин. Одним из самых известных заключённых тюрьмы последнего времени можно назвать Владимира Гусинского, который в июне 2000 года провел в тюрьме три дня.
28 января 2008 года заместитель директора Федеральной службы исполнения наказаний РФ Владимир Семенюк рассказал журналистам, что "были желающие выкупить у нас это здание, но мы сказали: постройте нам изолятор, а этот заберите". Однако, по его словам, когда инвесторы стали более детально просчитывать стоимость строительства нового следственного изолятора, то они отказались от сделки.