Департамент экономической безопасности ФСБ РФ :
Управление по контрразведывательному обеспечению предприятий промышленности (Управление «П»);
Управление по контрразведывательному обеспечению транспорта («Управление Т»);
Управление по контрразведывательному обеспечению кредитно-финансовой системы (Управление «К»);
Управление по контрразведывательному обеспечению МВД, МЧС, Минюста (Управление «М»);
Организационно-аналитическое управление;
Административная служба.
Департамент анализа, прогноза и стратегического планирования ФСБ РФ :
Информационно-аналитическое управление;
Управление координации оперативной информации (УКОИ);
Отдел открытой информации.
Департамент по организационно-кадровой работе ФСБ РФ :
Управление кадров;
Организационно-штатная служба;
Инспекция по личному составу.
Департамент обеспечения деятельности (ДОД) ФСБ РФ :
Финансово-экономическое управление;
Контрольно-ревизионная инспекция;
Управление материально-технического обеспечения (УМТО).
Подразделения центрального подчинения ФСБ РФ:
Следственное управление ФСБ РФ;
Инспекторское управление ФСБ РФ;
Управление кадров ФСБ РФ;
Инспекция по личному составу ФСБ РФ;
Девятое управление (собственной безопасности) ФСБ РФ;
Управление делами ФСБ РФ;
Приемная ФСБ РФ (на правах отдела);
Договорно-правовое управление ФСБ РФ;
Служба специальных мероприятий ФСБ РФ;
НИИ информационных технологий ФСБ РФ;
Центр безопасности связи ФСБ РФ — создан на базе Главного управления безопасности связи ФАПСИ;
Центр информационной безопасности ФСБ РФ — создан на основе Управления компьютерной и информационной безопасности департамента контрразведки;
Оперативно-поисковое управление (ОПУ) ФСБ РФ;
Управление оперативно-технических мероприятий (УОТМ) ФСБ РФ;
Управление программ содействия ФСБ РФ;
Центр общественных связей ФСБ РФ;
Управление регистрации и архивных фондов (УРАФ) ФСБ РФ;
Центральный архив ФСБ РФ;
Научно-исследовательский центр ФСБ РФ;
Следственный изолятор ФСБ РФ;
Управление радиоконтрразведки (управление «Р») ФСБ РФ;
Управление специальной связи ФСБ РФ;
Центр по лицензированию, сертификации и защите государственной тайны ФСБ РФ;
Управление научно-технического обеспечения (УНТО) ФСБ РФ;
Военно-медицинское управление (ВМУ) ФСБ РФ;
Военно-строительное управление ФСБ РФ;
Комендантская служба ФСБ РФ;
Дежурная служба ФСБ РФ;
Служба международных связей ФСБ РФ;
Десятый отдел (военно-мобилизационный) ФСБ РФ;
Академия ФСБ РФ [20].
* Для справки: направление — до 7 сотрудников, отдел — от 8, управление — от 55 человек По указу Президента РФ Бориса Ельцина «Об утверждении Положения о Федеральной службе безопасности Российской Федерации и ее структуры» штатная численность военнослужащих центрального аппарата ФСБ с 1 января 1999 года утверждается в количестве 4000 человек (ранее 6000 сотрудников).
Очередная реформа ФСБ произошла летом 2004 года. Президент РФ Владимир Путин подписал Указ о начале реорганизации ФСБ 11 июля 2004 года. Согласно этому документу директору ФСБ было разрешено иметь одного первого заместителя, начальника Погранслужбы в ранге первого зама и двух заместителей. Кроме того, в ФСБ были упразднены департаменты, а вместо них образованы службы [21].
Структура центрального аппарата ФСБ РФ в 2005 году включала в себя службы и подразделения центрального подчинения.
Директор Службы и семь его заместителей.
Служба контрразведки (СКР) ФСБ РФ :
Управление координации и анализа контрразведывательной деятельности;
Управление контрразведки на объектах;
Управление информационного обеспечения оперативно-розыскной деятельности;
Департамент военной контрразведки.
В настоящее время, помимо борьбы со шпионажем, деятельность Службы контрразведки (СКР) осуществляется в сфере обеспечения безопасности российских учреждений и граждан за рубежом, режима въезда-выезда и пребывания иностранных граждан в Российской Федерации, борьбы с незаконной миграцией, оперативного прикрытия госграницы, оперативного розыска. Кроме того, СКР совместно с заинтересованными подразделениями ФСБ осуществляет меры, направленные на обеспечение безопасности представительств иностранных государств на территории РФ.