1-й отдел (США и Латинская Америка);
2-й отдел (Великобритания и страны Британского Содружества);
3-й отдел (ФРГ, Австрия и страны Скандинавии);
4-й отдел (Франция и остальные страны Европы);
5-й отдел (Япония, Австралия);
6-й отдел (развивающиеся страны);
7-й отдел (туристы);
8-й (остальные иностранцы);
9-й отдел (студенты);
10-й отдел (журналисты, служба безопасности таможни);
Отдел по борьбе с терроризмом.
Нагрудный знак «Особые Отделы КГБ СССР»
Третье Главное управление КГБ СССР — военная контрразведка (создано 18 марта 1954 года, с февраля 1960 года до июня 1982 года — Третье управление). Главку подчинялись Особые отделы военных округов, дислоцированных на территории Восточной Европы групп войск, а также особые отделы отдельных видов сухопутных войск и ВМФ. Еще военные чекисты занимались контрразведывательным обеспечением внутренних войск МВД СССР.
Особые отделы в военных округах Советского Союза:
Краснознаменный Белорусский военный округ (Белоруссия);
Краснознаменный Дальневосточный военный округ (Амурская, Камчатская, Сахалинская области, Приморский, Хабаровский края);
Ордена Ленина Забайкальский военный округ (Иркутская, Читинская области, Бурятская, Якутская АССР, а также войска, дислоцированные в Монголии);
Краснознаменный Закавказский военный округ (Азербайджанская Армянская, Грузинская ССР);
Краснознаменный Киевский военный округ (Ворошиловоградская, Днепропетровская, Донецкая, Киевская, Кировоградская, Полтавская, Сумская, Харьковская, Черкасская, Черниговская области Украинской ССР);
Ордена Ленина Ленинградский военный округ (Архангельская, Вологодская, Ленинградская, Мурманская, Новгородская, Псковская области, Карельская АССР);
Ордена Ленина Московский военный округ (Белгородская, Брянская, Владимирская, Воронежская, Горьковская, Ивановская, Калининская, Калужская, Костромская, Курская, Липецкая, Московская, Орловская, Рязанская, Смоленская, Тамбовская, Тульская, Ярославская области);
Краснознаменный Одесский военный округ (Молдавская ССР, Запорожская, Крымская, Николаевская, Одесская, Херсонская области Украинской ССР);
Краснознаменный Прибалтийский военный округ (Латвийская, Литовская, Эстонская ССР, Калининградская область);
Краснознаменный Приволжский военный округ (Куйбышевская, Оренбургская, Пензенская, Саратовская, Ульяновская области, Башкирская, Марийская, Мордовская, Татарская, Чувашская АССР);
Краснознаменный Прикарпатский военный округ (Винницкая, Житомирская, Ивано-Франковская, Львовская, Луцкая, Ровенская, Тернопольская, Ужгородская, Хмельницкая, Черновская области Украинской ССР);
Краснознаменный Северо-Кавказский военный округ (Краснодарский, Ставропольский края, Дагестанская, Кабардино-Балкарская, Калмыцкая, Северо-Осетинская, Чечено-Ингушская АССР, Астраханская, Волгоградская, Ростовская области);
Краснознаменный Сибирский военный округ (Алтайский, Красноярский края, Кемеровская, Новосибирская, Омская, Томская, Тюменская области, Тувинская АССР);
Краснознаменный Среднеазиатский военный округ (Казахская, Киргизская, Таджикская ССР);
Краснознаменный Туркестанский военный округ (Туркменская, Узбекская ССР; в т. ч. 40-я общевойсковая армия — основная часть Ограниченного контингента советских войск в Афганистане);
Краснознаменный Уральский военный округ (Коми, Удмуртская АССР, Кировская, Курганская, Пермская, Свердловская, Челябинская области).
Управления Особых отделов в группах советских войск, дислоцированных в социалистических странах Восточной Европы:
Северная группа войск (Польская Народная Республика);
Центральная группа войск (Чехословацкая Социалистическая Республика);
Южная группа войск (Венгерская Народная Республика).
Управление Особых отделов в Группе советских войск в Германии. С 1954 года в составе этого подразделения действовал 3-й отдел (закордонная разведка). Его сотрудники совместно с коллегами из Первого главного управления КГБ и МГБ ГДР сосредоточили свое внимание, прежде всего, на разработке отдельных органов спецслужб Западной Германии и НАТО. Речь шла о внедрении в эти органы (включая шифровальные и дешифровальные) своей агентуры, а также о нейтрализации деятельности и дезинформации технической разведки противника.
Управление Особых отделов в Ракетных войсках Стратегического назначения.
Особые отделы в войсках ПВО Советского Союза.
Особые отделы в ВВС СССР.