Хайзенберг не отрицал своего конформизма. В 1942 году он написал: «Нам ничего не остается, кроме как обратиться к простым вещам: надо добросовестно исполнять свои обязанности и решать задачи, которые жизнь ставит перед нами, не спрашивая слишком часто, почему да зачем… А затем надо ждать, что произойдет… реальность трансформирует себя сама, без нашего участия». Однако после войны он объяснял свою позицию уже совершенно иначе, намекая на то, что, выполняя научные задачи, не служил нацистам. Хайзенберг сказал: «Лозунг правительства был: «Мы должны использовать физику в военных целях». Мы переделали его: „Мы должны использовать войну в интересах физики“».
Позже, став одним из лидеров антивоенного движения, Хайзенберг неоднократно рассказывал о своей поездке в Копенгаген. Он сообщал, что спросил у своего учителя, имеет ли ученый моральное право работать над проблемами атомной энергии в военное время. Якобы тот философски ответил, что в любой стране применение физики в такой период неизбежно, а потому вполне оправдано. Кроме того, Хайзенберг утверждал, что пытался через Бора договориться с коллегами в антигитлеровском лагере о взаимном моратории на военное применение энергии деления ядра. Последний до конца жизни молчал об этом разговоре — он не подтвердил, но и не опроверг слов своего ученика.
Основываясь на данном факте, версию немецкого физика поддерживали многие исследователи, в том числе и российский историк действительный член Российской академии естественных наук Валентин Белоконь. Он пишет: «В сентябре 1941 года Хайзенберг встретился с Бором перед бегством последнего из Копенгагена в Швецию (Бор имел для этого все основания хотя бы потому, что его мать была еврейкой) и попытался инициировать взаимную договоренность с физиками антинацистской коалиции о неразработке бомбы. Для подтверждения своего доверия к учителю даже сунул тому в карман схему немецкого сверхсекретного атомного котла. Он рисковал безумно, однако реакция Бора была совершенно неадекватной: он сделал вывод, что немцы не только видят перспективы создания бомбы, но уже и делают ее. Оказавшись накануне 1944 года в Лос-Аламосе лицом к лицу с генералом Гровсом (американским либеральным вариантом Берии) и Оппенгеймером, Бор торжественно вынул из кармана набросок Хайзенберга: я, мол, достал вам схему немецкой атомной бомбы. Оппенгеймер взглянул и, улыбаясь, разъяснил, что это не бомба, а всего-навсего реактор. «Значит, немцы собираются сбросить на Лондон реактор!» — настаивал Бор. Оппенгеймер не стал его разубеждать, так что Бор «со знанием дела» и опираясь на свой авторитет принялся убеждать американские власти поэнергичнее финансировать «Манхэттенский проект». Дали не менее двух миллиардов долларов».
Однако сегодня достаточно распространенную точку зрения о попытках Хайзенберга воспрепятствовать разработке атомной бомбы в фашистской Германии поставили под сомнение. Причиной этого стали обнародованные в 2005 году черновики письма великого датчанина своему ученику. Это незаконченное и неотправленное письмо было написано в 1957 году. В нем есть такие строки: «Я лично помню каждое слово наших бесед, происходивших на фоне глубокой печали и напряжения для всех нас здесь, в Дании. В особенности сильное впечатление на меня, как и на всех, с кем вы разговаривали в институте, произвела ваша абсолютная убежденность в том, что Германия победит и что посему глупо с нашей стороны надеяться на другой исход войны и проявлять сдержанность по поводу германских предложений о сотрудничестве. Я также отчетливо помню нашу беседу в моем кабинете в институте, в ходе которой вы в туманных выражениях говорили так, что ваша манера не давала мне повода усомниться: под вашим руководством в Германии делается все для того, чтобы создать атомную бомбу. Вы сказали, что нет смысла говорить о деталях. поскольку вы с ними знакомы и последние два года работали в той или иной мере исключительно над подготовкой этого проекта. Я молча слушал вас, поскольку речь шла о важной для всего человечества проблеме, в которой, несмотря на нашу дружбу, нас следовало рассматривать как представителей двух противоположных сторон в смертельной битве».
Однако свидетельство великого датского физика убедило не всех. Часть исследователей продолжает придерживаться прежней версии. Даже нашли объяснение письму Нильса Бора. Опубликовавший его историк Финн Асеруд считает, что к этим текстам следует подходить с осторожностью: они написаны через 16 лет после встречи ученика и учителя в Копенгагене и явно отражают, сколь нелегкой для Бора была попытка точно изложить свои воспоминания. Оправдывающее немецкого физика толкование эпизода предлагает в книге воспоминаний и исследователь Эдвард Теллер: «Информация, которую я собрал, приводит меня к мысли, что Хайзенберг отправился к Бору за моральным советом. Я также полагаю, что встреча состояла из двух частей. В помещении Хайзенберг, опасаясь, что нацисты прослушивают дом, сообщил, что работает на свою страну. Затем, гуляя по саду, Хайзенберг объяснил, что участвует в нацистском проекте. Он добавил, что, к счастью, сделать атомную бомбу для Германии невозможно, и он надеется, что британским и американским ученым это тоже не удастся. Почему Бор не рассказал о второй части беседы? Причина может быть простой. Как только Хайзенберг сказал, что работает для своей страны. Бор перестал его слушать».