После начала Второй мировой войны работы у Адольфа и его конторы прибавилось. При этом лично он не пролил ни капли еврейской крови. Его непосредственная обязанность заключалась в разработке быстрых, эффективных, а главное — недорогих способов уничтожения неугодного Гитлеру народа. И надо сказать, с этой задачей Эйхман справился блестяще. Одно из первых своих ноу-хау он внедрил в завоеванной нацистами Польше. Он предложил создать в двух крупнейших городах страны — Варшаве и Лодзи — еврейские гетто. Условия содержания там способствовали тому, чтобы люди, как мухи, умирали от голода и болезней. Подобное «самообслуживание» избавляло нацистских палачей от грязной работы и экономило Рейху боеприпасы. Затем Эйхман в соавторстве с Гейдрихом разработал еще один экономичный способ истребления евреев — «газенвагены». Но у этих передвижных машин-душегубок, с точки зрения Адольфа, был один существенный недостаток: они не позволяли уничтожать много евреев сразу. Поэтому глава отдела ИД-IV предложил создать целые лагеря для уничтожения неполноценных рас. Идея была моментально воплощена в жизнь: на юге Польши появилась первая «фабрика смерти» под названием «Освенцим-Биркенау».
Развивая плодотворную идею концлагерей, Эйхман с согласия своего руководства практиковал более эффективные способы истребления, например убийства с помощью ядовитого пестицида «Циклон-Б», что позволяло использовать волосы, золотые зубы и кости жертв на благо Рейха. При этом Адольф, по словам первого коменданта «Освенцима» Рудольфа Гесса (не путайте с наци № 2), аккуратно подсчитывал число убитых и количество произведенной из них продукции. Более того, Эйхман исполнял порученную ему работу не просто качественно, а с огромным удовольствием. Он искренне считал, что именно «окончательное решение „еврейского вопроса“» является для Германии первостепенной задачей. Даже когда война стала приобретать угрожающий для Рейха характер и все ресурсы следовало отдавать армии, Эйхман продолжал требовать от руководства новые эшелоны для перевозки заключенных, сверхплановые цистерны с «Циклоном-Б» и лучших эсэсовцев для охраны лагерей.
В 1944 году, когда войска союзников приблизились к границам нацистского государства, в круг интересов Адольфа попала Венгрия. Эта страна имела статус союзницы Германии, и 800 тысяч проживавших на ее территории евреев до поры до времени оставались в относительной безопасности. Однако Эйхман решил напоследок исправить это досадное упущение. Он отправился в Будапешт, чтобы лично организовать отправку венгерских евреев в концлагеря. И, как обычно, преуспел: с мая по июль 1944 года 437 тысяч человек были погружены в вагоны и отправлены на смерть. Адольф остался доволен проделанной работой: по его собственным словам, борьба с венгерскими евреями стала одним из самых радостных периодов его жизни.
В октябре 1944 года советские войска освободили Будапешт, и Эйхману пришлось вернуться в разрушенный Берлин. Здесь он первым делом гордо сообщил Генриху Гиммлеру о том, что, по предварительным подсчетам, 4 миллиона евреев были уничтожены в лагерях смерти и еще 2 миллиона погибли от рук карательных отрядов, которые действовали в СССР. Адольф гордился своими «производственными показателями». Беспокоило его лишь то, что немалая часть работы осталась невыполненной.
В это время окончательный и бесповоротный крах нацистской Германии стал очевидным, и Эйхман задумался о собственной шкуре. Оригинальничать в этом вопросе идейный вдохновитель Холокоста не стал: он, как и многие другие нацистские бонзы, решил «под шумок» последних дней войны спастись бегством. Но тут же столкнулся с проблемой: ни одна из групп фашистских беглецов не хотела принимать к себе организатора геноцида. Они прекрасно понимали, что в случае ареста присутствие в их рядах Эйхмана вряд ли станет смягчающим обстоятельством.
Итак, Адольф вынужден был бежать в одиночку. Его дважды останавливали американские патрули, и оба раза, что называется, проносило. В первом случае он представился капралом люфтваффе. Потерявшие бдительность солдаты-янки легкомысленно оставили пленника без должного присмотра, поручив ему мыть автомобили. Естественно, никакие машины Эйхман мыть не стал и при первой же подвернувшейся возможности сбежал. Во второй раз Эйхману не удалось так легко отделаться: поймавший его патруль препроводил «обер-палача» в лагерь для интернированных военнослужащих в Силезии. Вскоре в этот лагерь поступила ориентировка, в которой сообщалось, что военного преступника и организатора массовых убийств Ацольфа Эйхмана очень хотели бы видеть на Нюрнбергском трибунале. Неудачливый беглец понял, что его опознание является лишь вопросом времени, и стал лихорадочно искать возможность для очередного побега. Она появилась в январе 1946 года, когда Адольф работал в бригаде ремонтников дорог. Оказавшись на свободе, Эйхман осел в отдаленном немецком городке Целле и спокойно прожил там 4 года. Но в 1950 году нацистский палач, имевший за плечами столь солидный список преступлений против человечества, решил, что ему опасно оставаться в Германии. Он попросил о помощи своего бывшего соратника Отто Скорцени. Тот охотно помог Адольфу: достал фальшивые документы на имя Рикардо Клемента и отправил его по проторенному маршруту всех фашистских преступников — в Аргентину. 2 года спустя Человек со шрамом сделал Эйхману еще один подарок, переправив к нему на Южноамериканский континент жену и двоих детей.