С точки зрения самого Бормана, единственной возможностью обрести статус не военного преступника, а военнопленного было бы заключение перемирия. Как известно, большинство соратников Гитлера, в первую очередь Геринг и Гиммлер, вынашивали планы заключения сепаратного мира с западными союзниками — Англией и США. Но Борман и Геббельс пошли по другому пути: было принято решение вести переговоры с советским командованием. Так они и оставались возле Гитлера вплоть до его самоубийства 30 апреля 1945 года. Советские ученые Даниил Мельников и Людмила Черная даже считают, что «братья по оружию» ненавязчиво подталкивали фюрера к этому шагу. «Утро 30 апреля проходило так же, как всегда, — пишут они в исследовании «Преступник номер 1». — Обсуждали военное положение; в 14 часов Гитлер пообедал… Потом начались новое прощание, новые рукопожатия и невнятный лепет фюрера. Затем он и Ева Браун удалились в комнату Гитлера. На этот раз Борман и Геббельс остались дежурить под дверью в узком коридорчике, причем Борман уже заблаговременно подготовил канистры с бензином, чтобы сжечь труп фюрера». Так сказать, на всякий случай, чтобы нацистский вождь не передумал.
Гитлер перед смертью оставил политическое завещание, согласно которому власть в Третьем рейхе передавалась Борману, Геббельсу и Деницу. Буквально на следующий день Борман и Геббельс направили в расположение советских войск своего парламентера с предложением заключить перемирие. Однако Сталин отказался от переговоров. Это означало, что новые правители Германии в любом случае будут рассматриваться как военные преступники. Узнав об этом, Геббельс и все члены его семьи — жена и шестеро детей — приняли яд, а Мартин Борман подался в бега.
Однако время было упущено, и выбраться из обреченного Берлина, окруженного плотным кольцом советских войск, было весьма непросто. И все-таки Борман попытался добраться до земли Шлезвиг-Гольштейн, где немецкие силы под командованием гросс-адмирала Карла Деница все еще удерживали позиции. О последовавших затем событиях рассказали на Нюрнбергском процессе их участники — те, кто сделал ставку на побег, участвовал в прорыве и остался в живых.
Разрозненные свидетельства очевидцев крушения Третьего рейха подтверждают, что 30 апреля 1945 года, сразу после сожжения трупов Гитлера и Евы Браун, Борман направил телеграмму адмиралу Карлу Деницу, в которой уведомлял о своем скором прибытии в его расположение.
1 мая 1945 года в 4.30 утра Борман собрал оставшихся в последнем укрытии фюрера фашистов и ознакомил их со своим планом спасения. По одной из версий, пробиваться через кольцо советских войск решили на танках. В 8.00 обитатели бункера, готовые предпринять попытку прорыва, выбрались из рейхсканцелярии. Кроме Бормана, в группу вошли секретарь Ставки Науманн, вождь Гитлерюгенда Артур Аксманн, шофер Гитлера Эрих Кемпке, военный врач СС доктор Штумпфеггер и некоторые другие. Перебежками пробираясь по улицам, они вышли к мосту Вайдендамм. Под прикрытием нескольких танков одного из вооруженных подразделений СС, продолжавших с упорством обреченных фанатично сопротивляться советским войскам, беглецы переправились через реку Шпрее.
В подтверждение данной версии шофер фюрера Кемпке утверждал, что танк, на котором Борман пытался вырваться из окружения, был подбит прямым попаданием бронебойного снаряда. Из этого Эрих сделал вывод, что Мартин выжить внутри него не мог. «Несколько танков с вооруженным десантом на борту прорвались через мост сквозь дорожное заграждение. Борман находился сразу за головным танком, который служил мишенью. Машина была подбита противотанковым снарядом, выпущенным из окна, и взорвалась. Место, где находился в тот момент Борман, было охвачено пламенем. Взрывом меня бросило в сторону, и я потерял сознание. Придя в себя, я ничего не мог видеть», — свидетельствовал шофер на судебном процессе в Нюрнберге. Вместе с тем, Кемпке однозначно утверждал, что перед взрывом все-таки успел заметить сильно обожженное тело Бормана.