Наиболее западные памятники среднестоговской культуры открыты на правобережье Днепра, но основная их масса локализуется в Поднепровье (между Никополем и Черкассами) и в Днепро-Донском междуречье, прежде всего, в бассейне Оскола и Северского Донца, а на востоке — в низовьях Дона. На этой значительной территории выделены три локальных варианта культуры. Первый — днепровский — рассматривается как основное «ядро» данной культуры, отмеченное наибольшим сосредоточением памятников как раннего, так и позднего этапов ее развития (Телегiн Д.Я., 1973, с. 27, рис. 3). К нему относятся эпонимное поселение Средний Стог II, поселения Стрильча Скеля, Молюхов Бугор, Дереивка и др., Дереивский, Чаплинский, Петрово-Свистуновский и другие могильники. Второй, осколо-донецкий, вариант именуется также александрийским по названию основного его памятника — поселения и некрополя близ хутора Александрия на левобережье Оскола. Третий вариант — нижнедонской или константиновский — охватывает низовья Дона и также представлен поселениями (Константиновна, Бесергеневка, Ливенцовка) и погребальными памятниками (Константиновский, Койсугский и другие могильники). Отмеченные три варианта охватили весьма значительную территорию. Все они либо непосредственно связаны друг с другом, либо соединены открытыми степными пространствами и бассейнами рек. Определенная культурная нивелировка этой территории позволяет объединить все варианты и предполагать наличие здесь единой археологической культуры. Черты единства, давшие тому основание, выражены в характере поселений, погребальном обряде, керамике.
Связанные, как уже отмечалось, с экологическими особенностями лесостепных районов поселения базировались на производящих отраслях экономики и носили стационарный характер. Они состояли из наземных или несколько углубленных в землю прямоугольных жилищ, наряду с которыми имелись хозяйственные постройки и открытые очаги. Во всех трех вариантах сохраняются и основные черты погребального обряда: небольшие могильники без наземных признаков (лишь в отдельных случаях кромлехи или каменные закладки); индивидуальные грунтовые ямы (реже — каменные гробницы) с одиночными (в отдельных случаях парными) погребениями; трупоположения на спине с подогнутыми в коленях ногами; свободная ориентировка с преобладанием восточной и северо-восточной; обильная посыпка красной охрой. Культурное единство подтверждается и составом инвентаря, достаточно многочисленного и разнообразного, что также более характерно для лесостепных, нежели для собственно степных энеолитических общностей. Близкие формы кремневых ножей, глиняных сосудов, роговых, костяных, медных, раковинных украшений отмечены во всех локальных вариантах. Вместе с тем выявляются и некоторые особенности отдельных групп, в том числе вытянутое на спине положение погребенных (наряду со скорченным) в Александрии, каменные конструкции могильников так называемой Новоданиловской группы и, наконец, появление курганных насыпей в могильниках Яма и Койсуг. Если первая из этих особенностей связана с длительной погребальной традицией предшествующих неолитических культур, то во второй можно видеть результат кавказско-крымских влияний (Телегiн Д.Я., 1973, с. 115), а в третьей — нарождающуюся собственно степную традицию. Не случайно оба названных могильника расположены в степи, в восточной части ареала среднестоговской культуры.
Подобное сочетание единства и локальных особенностей представляет и керамика. Основные ее технологические группы (пористая керамика с примесью толченой раковины в тесте и керамика с примесью в глине песка и травы), как и основные формы (высокогорлые остродонные горшки, тюльпановидные сосуды) и виды орнаментации (гребенчатый, накольчатый, прочерченный, позднее — гусеничный и шнуровой) едины для всех вариантов. Подчеркнем, что формы и орнаментация связаны здесь с древними неолитическими традициями охотничье-рыболовческого населения лесостепи и леса (Телегiн Д.Я., 1973, с. 146). Вместе с тем специфика отдельных вариантов обусловливает и появление в них особых керамических групп: в этом отношении показательна красноглиняная керамика нижнедонского варианта, появившаяся под влиянием кавказского энеолита (Телегiн Д.Я., 1973, с. 26, 100, 146).