Обнаружение, сопровождение и выделение боеголовок, ложных целей и других фрагментов являются главными задачами переходного и всего среднего участка траектории. В это время цель представляет собой ступень разведения. Отчетливый комплекс признаков инфракрасного излучения факела работающих двигателей сменяется более умеренными признаками, обусловленными прерывистой работой двигательной установки ступени разведения и ее меньшей мощностью.
Для перехвата целей после активного участка используются те же боевые системы, которые работали на активном участке. Функциональные требования по обнаружению целей, сопровождению и наведению по существу такие же, как и для активного участка, но имеют некоторые отличия. Нет больше необходимости в определении местоположения цели среди большого числа маскирующих признаков. Точное наведение в пределах нескольких десятков нанорадиан осуществляется на цели, обладающие пониженными и меняющимися ускорениями. Хотя отличительные признаки целей немного слабее, чем на активном участке, тем не менее они достаточно велики для дальнего обнаружения и сопровождения. Индикация объектов на этом участке при разрешающей способности средств слежения 10-20 см с частотой 0,1-1 с позволяет, например, видеть заполнение шаробаллонных ложных целей, раскрутку боеголовок и образование маскировочного облака. Заложенные в память следящих систем характерные признаки этих элементов уменьшают трудность выделения истинных целей.
Особенность среднего участка траектории в том, что полет осуществляется вне атмосферы. В этой связи поражение цели может быть осуществлено лазерным оружием, действие которого ограничивается атмосферными помехами.
Для наблюдения за целями после окончания активного участка используются длинноволновые инфракрасные спектральные системы, микроволновые радиолокаторы на базе устройств с синтезированной апертурой или поперечной синтезированной апертурой, радиолокаторы с фазированной решеткой с когерентным ультрафиолетовым излучением, радиолокаторы, осуществляющие опознавание целей после активного участка, выполняют также операции сопровождения и последующую передачу целей боевым системам.
Цели, которые представляют интерес на среднем участке, имеют защиту от тепловых и аэродинамических атмосферных нагрузок. Поэтому поражение их путем теплового и импульсного воздействия - неэффективно. Для более уверенного поражения цели количество необходимой энергии достигает нескольких десятков мегаджоулей. Продолжительный полет цели на среднем участке траектории (не менее получаса) предоставляет возможность многократного повторения попыток ее поражения. Перехватчики цели на среднем участке, разгоняемые ракетными ускорителями до скорости 5 километров в секунду , способны защитить континентальную часть США при запуске с одной стартовой позиции. Если рассредоточить старты в нескольких зонах, то эти перехватчики будут способны осуществить двухэшелонный перехват целей и обеспечат защиту всей территории Соединенных Штатов. Космическое базирование на низкой орбите боевых средств поражения требует в 4-5 раз больше перехватчиков, чем в системе наземного базирования.
В отличие от прежних систем противоракетной обороны, предназначенных для защиты промышленных и военных зон, предусматривалось обеспечение обороны незащищенных наземных объектов, что требует поражения приходящих боеголовок на высоте не менее 15 км. При взрыве на этой высоте 5-мегатонной головки ударная волна, достигшая земной поверхности, будет иметь в фронте давление не более 0,14 атмосфер.
Система наблюдения за конечным участком способна автономно отфильтровать легкие ложные цели. Для этого обнаружение целей осуществляется на высотах более 140 км с использованием таких признаков, как яркость свечения, мерцание и торможение цели. Обнаружение цели, ее сопровождение выполняется при условии, что на каждую угрожающую цель в диапазоне высот 75-110 км имеется перехватчик, который должен быть выведен в заданную точку пространства, где его система наведения осуществит захват цели и последующее самонаведение на нее. При использовании неядерной головки на перехватчике, например, с большим числом шариков-снарядов, поражающих цель, система управления должна обеспечить самонаведение с точностью не менее одного метра. Поскольку поражение целей происходит выше облачного покрова, используются оптические системы самонаведения пассивного типа. Против маневрирующих боеголовок требуется применение ядерного заряда мощностью до двух килотонн.