В конце концов Туркестанский национальный комитет решил позволить Энверу присоединиться к басмаческому движению. Вместе с 30 турецкими офицерами Энвер выехал на север от Бухары. Оттуда поступили сообщения в комитет, что басмачи встретили его настороженно. Сначала ему передали небольшой отряд. Но после первого же успеха в стычках с Красной Армией он сумел присоединить к себе другие отряды.
Энвер выпускал прокламации, которые подписывал: «Заместитель эмира Бухары, зять халифа, сейид Энвер» и заказал себе печать с титулом «Верховный главнокомандующий всеми войсками ислама, зять халифа и потомок Мухаммеда». Он обратился к Валидову с предложением организовать антисоветское восстание в Казахстане, но вскоре выяснилось, что это невозможно. Потом Энвер перебрался в Таджикистан, но и там подвергся своеобразному карантину и с некоторым трудом присоединился к одному из руководителей басмачей, действовавшему в районе юго-восточнее Дюшамбе (Душанбе). Постепенно его силы выросли до 50 тыс. штыков и сабель. Энвер поставил под свой контроль Дюшамбе и Карши. 19 мая 1922 г. он послал в Москву письмо с требованием эвакуировать советские войска из Туркестана, а сам организовал поход на Бухару.
После этого большинство таджиков и афганский эмир отвернулись от Энвера. А Красная Армия нанесла по басмачам ряд ударов. Паша отступал в сторону Афганистана. Разбитый в июне возле Байсуна, он был настигнут у Бальджуана, уже на афганской границе. 4 августа 1922 г. в горах, во время столкновения с красноармейским отрядом, Энвер погиб. Он уже знал, что в Тифлисе был убит дашнаками Джемаль. Что касается Энвера, то имеются данные о том, что, когда с басмачами столкнулись сотрудничавшие с Красной Армией армянские дружины, формировавшиеся из беженцев, один из дружинников опознал Энвера и лично расправился с ним 34.
В Анкаре знали о действиях Энвера в Средней Азии, но это уже не вызывало беспокойства у кемалистов. Напротив, его гибель посчитали закономерной. После судебного процесса в Турции над другими энверистами в 1926 г. их приговорили к смертной казни. В годы второй мировой войны немецкая агентура в Турции попыталась гальванизировать пантюркизм, использовав для того в качестве проводника былой идеи прежнего командующего кавказской Исламской армией Нури, брата Энвера, но особой удачи не снискала. Последовал лишь символический жест: 25 февраля 1943 г. (спустя два десятилетия после перезахоронения в Эрзуруме тела Джемаля) из Берлина в Стамбул переслали прах Талаата. И только в июле 1996 г. из Таджикистана перевезли в Турцию останки Энвера.