В начавшейся в октябре 1912 г. I Балканской войне империя снова понесла территориальные потери. Но теперь ими воспользовался «Иттихад». На тайном заседании комитета по предложению Энвера, ставшего к тому времени подполковником, было решено свергнуть проанглийское правительство Кямиль-паши. И в январе 1913 г. Энвер, явившись с группой офицеров к великому везиру, заявил: «Нация не желает видеть вас на этом посту. Подавайте в отставку». Передав султану заявление Кямиль-паши об отставке, Энвер добивается назначения на пост великого везира члена комитета, германофила, ученика генерала фон дер Гольца Махмуда Шевкет-паши. Через полгода Шевкет-пашу убили, и тогда же вспыхнула II Балканская война. Энверу поручили командование корпусом, который вступил в г. Адрианополь (Эдирне), оставленный болгарскими войсками. Он получил прозвище «Спаситель Эдирне» (также: «Спаситель отечества»). Так он увеличил свою популярность. Султан вручил ему высокий орден Меджиди. Но Энвер хотел большего — стать военным министром, и это ему удалось. Несмотря на возражения великого везира, египетского принца Саид-Халим-паши, в декабре 1913 г. Энверу присвоили звание полковника, а 1 января 1914 г. он стал пашой (то есть генералом), был назначен военным министром и начальником Генерального штаба. Ему было тогда 34 года. Породнился он и с султанским двором, женившись на 15-летней племяннице Абдул-Хамида, от брака с которой имел двух дочерей и сына. Переехав в султанский дворец, Энвер стал вести образ жизни принца, полюбил восточный оркестр и увеселительные игры. Он носил звание вице-генералиссимуса (генералиссимусом был султан).
Его усилия как лица, ставшего самым влиятельным членом кабинета, были направлены на подготовку к войне. В Турции находилась тогда немецкая военная миссия, третья по счету, генерала Лимана фон Сандерса. В Генштабе страны почти все должности были заняты немцами. Энвер, омолаживая офицерский состав, увольнял старых служак и тех, кто выступал против участия армии в политике. Активный политикан, новый военный министр стал ярым пропагандистом идей пантюркизма — объединения под эгидой Турции всех тюрок. Проповедником этой идеологии был социолог Зия Гекальп. Энвер оказывал ему полную поддержку, стремясь сочетать его взгляды с панисламизмом — единением всех мусульман. Им была основана из молодых офицеров «Тешкиляти Махсуса» («Особая организация») для осуществления «стратегии Турана» — слияния в Туранском (то есть общетурецком) государстве Кавказа, Ирана, Средней Азии, Поволжья и Крыма. Эта организация принимала потом активное участие в армянской резне 1915 года. Она поддерживала тесные связи с шейхами и другими религиозными деятелями в Алжире, Тунисе, Египте, Средней Азии, Иране, Афганистане, Индии и на Кавказе. Туда тайно ехали эмиссары Энвера.
В правительстве Турции теперь играл решающую роль триумвират военного министра Энвер-паши, министра внутренних дел Талаат-паши и морского министра Джемаль-паши. Остальные члены кабинета были простыми фигурантами. Когда 1 августа 1914 г. вспыхнула мировая война, 2 августа стамбульское правительство объявило о своем нейтралитете, но в тот же день заключило секретное соглашение о военном союзе с Германией, и Энвер подписал его. 10 августа немецким крейсерам «Гебен» и «Бреслау» разрешили войти в Дарданеллы, а 25 октября, по указанию Энвера — и в Черное море. Вместе с турецкими кораблями они вскоре подвергли бомбардировке порты Одессы и Севастополя. Так Османская империя вступила в первую мировую войну. Авантюризм «триумвиров» во главе с Энвером заключался в том, что слабую в экономическом и военном отношении страну они втянули в авантюру. В первой же (и последней) операции, которой непосредственно руководил Энвер в той войне, проявилась его тактическая и оперативная неграмотность. Он командовал армией, которая в Восточной Анатолии должна была прорвать русские укрепления и захватить Закавказье. В ходе Сарыкамышского сражения (декабрь 1914 г.) его армия потеряла 90 тыс. солдат убитыми, замерзшими в горах, ранеными и пленными. После этого поражения Энвер уже не осмеливался более командовать войсковыми соединениями непосредственно на поле боя.