Но вот разразилась война. Перед лицом гитлеровского нашествия всю страну, включая интеллигенцию, охватило чувство подлинного патриотизма. Хотя многие понимали, что Сталин, как деспот, сродни Гитлеру, огромную роль сыграла национальная идея. Ведь Гитлер открыто объявил своей целью порабощение славян, уничтожение евреев и не просто завоевание, а покорение страны, установление господства «высшей расы».
Что касается нашей интеллигенции, то Сталин, как он ни презирал и даже ненавидел ее, проявил неожиданное понимание необходимости сохранить ее для будущего страны. Решением Государственного комитета обороны от 15 сентября 1941 г. было категорически запрещено брать на фронт (и вообще использовать не по специальности) всех преподавателей вузов и научных работников (и естественников, и гуманитариев). Поэтому патриотические чувства ученых реализовались в страстной работе над тем, что могло помочь обороне. Такие работы развернулись и в ФИАНе. Но Тамм, посвятивший все последние годы крайне абстрактным, как тогда считали, вопросам теории ядра и элементарных частиц, оказался «не у дел». Он искал приложения своих незаурядных возможностей, и то, что он делал, было действительно нужно. Но все сводилось к мелким (в его масштабе) вспомогательным работам.
Однако в 1943 г. начались и быстро развивались советские работы по созданию атомного (ядерного, — уранового и плутониевого) оружия. Хотя благодаря упомянутому решению ГКО ученые и в этой области были сохранены, и они в конце концов справились со своей задачей, для такой огромной проблемы их все же было мало. К работе привлекали даже аспирантов, отзываемых с фронта, сколько-нибудь близких специалистов из других научных областей. Они быстро осваивали новую тематику.
Казалось бы, вот тут и необходим был Игорь Евгеньевич с его широтой охвата самых разных областей физики, с его блестящим талантом мастера. Однако он сначала не был привлечен к этой сверхсекретной работе. Причину можно усмотреть только в его политической «неблагонадежности» в глазах «органов». Кроме всех его «пороков», упомянутых выше, возможно, влияла и личная неприязнь А. А. Жданова, идеологического руководителя во всех областях культуры. Она проявилась и позже, в 1946 г., когда выбирали новых академиков.
В то время списки кандидатов предварительно проверялись в ЦК партии и необходимо было, чтобы кандидат получил одобрение. Тогда члены партии были обязаны голосовать за него, а многие беспартийные подчинялись из страха, хотя голосование было тайным (такой порядок сохранялся до перестройки). В день выборов в каждом отделении Академии за час до начала заседания собиралась «партийная фракция» (члены Академии, состоявшие в КПСС) и в присутствии представителя Отдела науки ЦК им сообщалось, за кого следует, а за кого не следует голосовать. Можно вспомнить только два случая, когда Академия не подчинилась: в период «оттепели» провалили Нуждина — сподвижника Лысенко (Хрущев в бешенстве хотел разогнать Академию) и в 1966 г. провалили заведующего Отделом науки ЦК, безграмотного Трапезникова, и скандал был очень громкий (даже объявление результатов голосования из страха отложили на два дня).
Благодаря влиянию тогдашнего президента Академии С. И. Вавилова в 1946 г. удалось получить одобрение и избрать действительно хороших физиков. Но кандидатуру Тамма из списка вычеркнул самолично Жданов. Этот «знаток науки», резко критически высказывавшийся по поводу квантовой механики, видимо, считал невозможным допустить «буржуазного идеалиста» Тамма в Академию, хотя для ученого мира это выглядело нелепостью.
Только в 1946 г. Тамма привлекли к рассмотрению некоторых вопросов, более «безопасных» с точки зрения секретности. Так появилась его работа «О ширине фронта ударной волны большой интенсивности», разрешенная к опубликованию лишь через 20 лет. Такова же судьба его работы о взаимодействии ускоряемых частиц в ускорителе (этот вопрос тогда тоже относился к атомной проблеме).
Прошло, однако, всего два года, и то ли потому, что Жданов умер, то ли благодаря личному влиянию И. В. Курчатова (научного руководителя всей проблемы) положение изменилось. Тогда возникла задача создания еще более страшного оружия — водородной бомбы. Игорю Евгеньевичу было предложено организовать в Теоретическом отделе ФИАНа изучение вопроса, хотя сама принципиальная возможность создать такое оружие казалась еще очень проблематичной.