Вообще постановленный сеймом раздел церквей между униатами и православными, вместо успокоения, вызвал жестокие столкновения и еще более обострил их отношения. Под давлением жалоб и криков, поднятых латино-униатской партией, сам король вынужден был изъявить свое неодобрение действиям комиссаров, и некоторые отобранные в пользу православных церкви приказал возвратить униатам. Но он все еще не покидал мысли о примирении враждующих сторон и с этой целью в том же 1636 году возобновил проект, явившийся при Сигизмунде III: взаимными уступками привести униатов и православных к соглашению и соединить их в одну церковь под главенством собственного Западнорусского патриарха. Кандидатом на эту патриаршую кафедру, очевидно, намечен был не кто другой, как киевский митрополит Петр Могила, который, как известно, в бытность свою печерским архимандритом благосклонно относился к идее примирения православия с унией. Но теперь, в сане митрополита, он убедился, что при таком внешнем примирении Православная церковь в действительности будет порабощена папскому престолу. Поэтому, хотя он и не возражал открыто на проект короля, но принял все меры, чтобы из его паствы были выбраны самые ревностные православные в депутаты на предстоявший сейм (1637 г.), на котором должен был обсуждаться вопрос об учреждении Западнорусского патриархата. В свою очередь, сейм этого вопроса не решил, и затея короля окончилась ничем. Тем не менее она дала повод некоторым врагам Петра Могилы, в особенности Исаии Копинскому, распустить клевету, будто киевский митрополит отпал от православия и подчинился римскому папе.
Еще до избрания Могилы на митрополию началось слияние его Лаврского училища с Богоявленскою братскою школою. Теперь слияние это совершилось: новый митрополит окончательно перевел свой фундуш или записанные за училищем имения на Братскую школу; причем испросил ей от короля разные привилегии и наименование ее коллегией. Наставники, получившие образование за границей, и преобладание латинского языка среди учебных предметов продолжали по временам волновать киевлян, опасавшихся за чистоту православия и подстрекаемых злонамеренными людьми. Но митрополит и его сотрудники своими речами и сочинениями умели рассеивать эти опасения. Киево-Могилянская коллегия скоро дала хорошие плоды; из нее вышел целый ряд ученых и писателей, получивших значение в истории не только южнорусского, но и всего русского просвещения. Она надолго послужила образцом среди средних и высших русских училищ.
Петр Могила согласился занять митрополичью кафедру с тем условием, чтобы за ним оставлена была Киево-Печерская архимандрия. Соединив таким образом в своих руках ведение ее имуществами с доходами митрополии, он широкою рукою употреблял эти средства на нужды Южнорусской церкви, на свои просветительные учреждения и благолепие храмов. Кафедральный Киево-Софийский собор был возвращен от униатов в совершенно запущенном состоянии. В одной жалобе православных говорится, что наместник униатского митрополита (Садковский) ободрал оловянную кровлю и продал ее, а храм покрыл тресками (жердями), даже не соломою, которая не допускала бы течи и происходящего отсюда разрушения. Митрополит обновил собор, украсил живописью и вновь освятил. Он обновил и Выдубецкий монастырь, возвращенный православным в обмен на Гродненский (по сеймовой конституции 1635 года); очистил от земли развалины Десятинной церкви и т. д. Вообще в митрополичьем сане Петр Могила продолжал все начинания, предпринятые им в качестве Киево-Печерского архимандрита. Между прочим, он много заботился о более исправном издании богослужебных книг и требовал, чтобы таковые прежде своего печатания представлялись на его рассмотрение и разрешение. Кроме неисправностей в рукописях и прежних изданиях, к этой мере побудило его также коварство иезуитов и униатов, которые стали издавать на польском и русском языках книги, якобы православные, но заключавшие в себе католические, а иногда и протестантские примеси, вызывавшие соблазн среди православных. Например, в Женеве около того времени появилось на латинском и греческом языках сочинение, озаглавленное «Восточное исповедание православной веры» и ложно подписанное именем константинопольского патриарха Кирилла Лукариса. Это сочинение, написанное в духе кальвинского учения, произвело большую смуту на Востоке и повлекло за собою свержение неповинного в ней Лукариса. Подобное обстоятельство побудило Петра Могилу издать для Западнорусской церкви катехизис, который был составлен под его руководством и озаглавлен: «Православное исповедание веры». Книга эта была рассмотрена и одобрена на Киевском соборе 1640 года, а впоследствии подтверждена и восточными патриархами. В сокращенном виде она была издана тем же митрополитом под именем «Краткий катехизис» (принятый как руководство и в Московской Руси).