Киевский духовный Собор 1640 года был созван Могилою вследствие вновь усилившихся гонений на православие. Латино-униаты воспользовались для сего рядом неудачных казацких восстаний, после которых и сам король Владислав относился к православным уже не так благосклонно. Вновь начались притеснения духовенству и насильственное отнятие церквей со стороны униатов, во главе которых стоял новый их митрополит Антоний Селява (преемник Рафаила Корсака). В самом Киеве латино-униатская партия действовала под покровительством киевского воеводы Януша Тышкевича.
Петр Могила вновь отправился лично в Варшаву ходатайствовать перед сеймом и королем, и его неослабным усилиям удалось еще раз добиться некоторых конституций, смягчавших означенные гонения. В то же время ему приходилось продолжать усердную борьбу и в сфере литературной полемики.
Известный Касьян Сакович, бывший униатским Дубенским архимандритом и успевший опять переменить веру, т. е. перейти в католичество, издал в Кракове на польском языке сочинение под заглавием: «Перспектива» или «Обозрение заблуждении, ересей и предрассудков церкви Русской». (1642). Тут он с ожесточением напал на православную, преимущественно Южнорусскую церковь, и, как самое заглавие показывает, старался изобразить ее преисполненной всяких суеверий и повреждений, от которых единственным спасением предлагал, конечно, соединение с римским костелом. Православные не могли равнодушно снести его злые нападки, способные соблазнить нетвердых в вере. Спустя два года в ответ ему издана была в Киеве на польском языке книга под названием «или камень с пращи истинной св. православной церкви Русской». Полагают, что она была сочинена или самим Могилою, или под его непосредственным руководством. Здесь со строгою последовательностию разбираются и опровергаются обвинения противника; а затем автор нападает на унию, как славную виновницу беспорядков, возникших в Южнорусской церкви, и подвергает критическому разбору два главные догмата, отличающие Латинскую церковь от Греческой, т. е. об исхождении Св. Духа и о главенстве папы. Книга эта имела большой успех и в литературной борьбе с латино-униатами заметно склонила перевес в пользу православных. Наиболее же известным и прочным памятником трудов Петра Могилы, понесенных на пользу Южнорусской церкви и ради благоустроения ее обрядовой стороны, служит его большой Требник или молитв послов (Евхологион). С течением времени в рукописных и даже печатных требниках оказалось много неисправностей; притом на многие случаи частной и общественной жизни в них недоставало особых молитв и обрядовых указаний. Исправления и дополнения сделаны были при сличении греческих и славянских (в том числе московских) изданий с римскими, а также со старыми харатейными рукописями. Требник Могилы снабжен и объяснительными статьями о значении того или другого таинства, того или другого священнодействия и чинопоследования. (Всего в Требнике до 126 чинов и статей.) Он был издан в 1646 году, незадолго до кончины его знаменитого автора.