Любопытны отношения Петра Могилы к Москве. В начале своей церковной деятельности он, по всем данным, верно служил интересам Речи Посполитой; но борьба с латино-униатами и возобновлявшиеся гонения на православие, особенно жестокости, наступившие за усмирением казацкого мятежа 1638 года, заставили его пойти по стопам Иова Борецкого и обращаться в Москву ради материального и духовного вспоможения для своей митрополии.
Непосредственным его сношениям с Москвою предшествовало прибытие сюда южнорусских монахов, бежавших из Северских монастырей в 1638 году от польских гонений. То были монастыри мужской Густынский и девичий Ладинский, оба близ города Прилук, на р. Удае. Они основаны в 1610–1614 гг. в землях князей Вишневецких, которые, вместе с Конецпольскими и Потоцкими, получили громадные поместья в левобережной Украине. Фундаторами сих монастырей (наделившими их землями и угодьями) были князь Михаил-Корибут Вишневецкий и супруга его Регина (двоюродная сестра Петра Могилы), оба отличавшиеся усердием к православию. Спустя лет десять, уже по смерти князя Михаила и его супруги, на их землях основался еще мужской монастырь Мгарский. Юный их сын Иеремия, воспитанный под надзором густынского архимандрита Исаии Копинского, по кончине родителей поступил под опеку своего дальнего родственника Константина Вишневецкого, принявшего католицизм (известный зять Юрия Мнишка?), и отдан был на воспитание в Львовское иезуитское училище. Там его, конечно, совратили. Став ревностным католиком, он принялся в своих червонорусских, волынских и украинских владениях воздвигать костелы и кляшторы и притеснять православных. Тщетно бывший его воспитатель, а теперь Киевский митрополит, обратился к нему с посланием, в котором напоминал завет умиравшей его матери и увещевал воротиться к вере предков. Иеремия остался глух к его увещаниям и продолжал фанатически преследовать своих прежних единоверцев. Мало того, когда Копинский был изгнан из Киева и удалился в свою Северскую епархию, Иеремия Вишневецкий отнял у него помянутые монастыри (Густынский и Мгарский), которые передал его счастливому сопернику, а своему родственнику Петру Могиле (1635 г.). Во время казацко-польской войны монахи и монахини Густынские и Ладинские, спасаясь от гонений, покинули свои монастыри, забрав с собою дорогую церковную утварь и книги, и бежали в пограничный московский город Путивль; но прежде чем добрались сюда, все захваченное ими церковное имущество и всякое добро, до 20 возов, было ограблено какими-то «ляхами и жидами». Любопытно, что путивльский воевода Плещеев в своем донесении царю пишет, будто и сам митрополит Петр Могила, по словам бежавших чернецов, отпал от православия. Эта клевета (вероятно, распущенная его соперником Копинским), впрочем, была опровергнута новым донесением Плещеева в том же 1638 году. Мало того, усердием киевского митрополита те же запустевшие монастыри вскоре были обновлены, снабжены новою утварью и книгами, при помощи московско-царских пожертвований.
Первое известное нам посольство Петра Могилы к Михаилу Феодоровичу относится к концу 1639 и началу 1640 года. Оно было довольно многочисленно, имея во главе митрополичьего киево-печерского наместника Игнатия. При нем находились: печерский «уставник» Иринарх, архидиакон Амвросий Быковский, игумен киевобратского Богоявленского монастыря Леонтий, выдубецкий игумен Сильвестр, келарь Николо-Пустынского монастыря Митрофан и несколько митрополичьих чиновников из мирян. Митрополичья грамота к царю главным образом заключала ходатайство о милостыне на обновление и украшение Софийского собора, Печерской лавры, а также Выдубецкого монастыря и других церквей, возвращенных от униатов в самом разоренном состоянии. Подобные же челобитные грамоты привезли упомянутые представители киевских монастырей. Эти киевские старцы удостоились торжественного царского приема 9 апреля 1640 года, одновременно с монахами, прибывшими из Царьграда, Волошской земли и с Афона. От Киевского митрополита были поднесены царю часть мощей великого князя Владимира в серебряном ковчеге и крест с вырезанными на нем Господскими праздниками; по одному подобному же кресту он прислал для царицы Евдокии Лукьяновны и царевича Алексея Михайловича. Приношения эти были благосклонно приняты, а члены посольства одарены соболями, камками и рублями. Старец Игнатий просил еще от имени митрополита, чтобы царь приказал своим «добре художным мастерам, которые рез режут», сделать раку для мощей св. князя Владимира, открытых в Десятинной церкви и положенных теперь в Софийском соборе. Кроме денежного вспоможения киевские игумены просили о пожертвовании им церковной утвари, сосудов, риз и богослужебных книг московской печати; просили также о дозволении приезжать в Москву за милостынею в известные сроки. По-видимому, все эти просьбы были удовлетворены; митрополиту и монастырям послано щедрое вспоможение; первому одних соболей дано на 150 рублей, а трем монастырям каждому по 100 рублей.